教會(huì)權(quán)力和威望在教皇英諾森三世治下于1200年達(dá)到頂峰，約在1300年左右，它進(jìn)入了一個(gè)衰落期，在下一個(gè)世紀(jì)里，它為分裂和異端所困擾。從1309年到1377年間，教皇的皇廷設(shè)在羅納河（Rh?ne River）上的一個(gè)教皇采邑阿維農(nóng)（Avignon），這個(gè)選址起初是為了在卜尼法斯八世與腓力四世之間災(zāi)難性沖突以后便于同法國(guó)國(guó)王談判（參見(jiàn)第3講）。教廷遷址的反對(duì)者聲稱(chēng)，這些教皇受法國(guó)國(guó)王的控制，因此給它一個(gè)諢名曰“巴比倫之囚”。阿維農(nóng)的教皇們是極其高效的施政者，特別是在財(cái)政領(lǐng)域，但他們也往往玩世不恭，放蕩不羈。

阿維農(nóng)的教廷差一點(diǎn)在1378年壽終正寢，是年的一次新的災(zāi)難即教會(huì)大分裂（Great Schism）將教會(huì)投入到更大的混亂之中。教皇格里高利十一世統(tǒng)治時(shí)期（1370—1378年），教廷于1377年遷回羅馬，但格里高利教皇在1378年便去世了。在其后推舉一位意大利人做教皇時(shí)，法國(guó)的一些紅衣主教們宣稱(chēng)受到脅迫，并遷回了阿維農(nóng)。當(dāng)法國(guó)的紅衣主教們推選出一位新教皇時(shí)，西方基督教王國(guó)便分裂為兩個(gè)教皇管轄區(qū)（obedience，即教皇控制地區(qū)之稱(chēng)謂）、兩個(gè)教皇、兩個(gè)紅衣主教團(tuán)、兩個(gè)教廷。世俗國(guó)家的權(quán)力急劇上升，顯見(jiàn)于統(tǒng)治者支持這一方或那一方教廷。法國(guó)、西西里、蘇格蘭、卡斯提爾（Castile）、阿拉岡和葡萄牙支持阿維農(nóng)的教皇；英國(guó)、佛蘭德斯、波蘭、匈牙利、德國(guó)和意大利其余地區(qū)則繼續(xù)忠于羅馬教皇。教廷遭受重創(chuàng)，隨著虔誠(chéng)的基督徒的迷茫和厭惡，教皇的權(quán)力削弱了。

后面還有更糟的事發(fā)生。1409年，兩派紅衣主教在比薩（Pisa）召開(kāi)了一次宗教會(huì)議以彌合裂痕。比薩宗教會(huì)議推舉了一位新教皇，并要求其他兩個(gè)教皇辭職。此二人拒絕，教會(huì)乃面對(duì)著三個(gè)均訴求教皇權(quán)威的統(tǒng)治者。宗教大分裂最終在康士坦茨宗教會(huì)議（Council of Constance，1414—1418年）上獲得解決，該宗教會(huì)議廢黜了阿維農(nóng)統(tǒng)治者，接受羅馬訴求者的辭職，無(wú)視比薩宗教會(huì)議的人選，推舉了一位新教皇，馬丁五世（Martin V）。

由于康士坦茨會(huì)議的成功，會(huì)議統(tǒng)治（由宗教會(huì)議來(lái)統(tǒng)治）作為抑制教皇權(quán)力的一種辦法看來(lái)會(huì)在教會(huì)里贏取支持。但是，馬丁五世（1417—1431年任教皇）一被推選為教皇便拒絕了這一理念。盡管如此，會(huì)議統(tǒng)治運(yùn)動(dòng)仍活躍到15世紀(jì)中葉，斯時(shí)，強(qiáng)有力的教皇重申教皇之職的君主權(quán)力。這些教皇盡管強(qiáng)大，卻未能應(yīng)對(duì)緊迫的道德和精神關(guān)切，因?yàn)樗麄兩钕菀獯罄魏推渌浪钻P(guān)注，他們?cè)诮袒蕠?guó)里幾乎是作為世俗君主進(jìn)行統(tǒng)治的。