胡佛在擔(dān)任聯(lián)邦調(diào)查局局長期間，為打擊美國犯罪活動(dòng)做出了很大的努力，在打擊黑社會(huì)組織和搶劫犯罪團(tuán)伙方面，在收集情報(bào)和反間諜活動(dòng)方面，都取得了一些成績，獲得了美國公眾的好評(píng)。比如在二戰(zhàn)期間的1942年，德國派遣到美國的8名間諜就一舉被美國聯(lián)邦調(diào)查局抓獲。

但是美國的許多批評(píng)者認(rèn)為，胡佛的行為已經(jīng)超出了聯(lián)邦調(diào)查局的職責(zé)范圍。如，他利用聯(lián)邦調(diào)查局調(diào)查與騷擾政治異見者和政治活動(dòng)分子，使用非法手段收集整理政治領(lǐng)袖的秘密檔案，被聯(lián)邦調(diào)查局秘密調(diào)查的疑似顛覆者和激進(jìn)人士達(dá)數(shù)萬人。

1945年，美國政府以美國國內(nèi)工人頻繁發(fā)動(dòng)罷工是因?yàn)楣?huì)被共產(chǎn)黨滲透為由，在全國開展了清除美國國內(nèi)的所謂共產(chǎn)主義意識(shí)形態(tài)的行動(dòng)。美國聯(lián)邦調(diào)查局趁機(jī)對(duì)一些媒體進(jìn)行了查抄，并逮捕了一些編輯。從1947年12月開始，杜魯門政府在美國進(jìn)行所謂“忠誠調(diào)查”，大約有2000多萬美國人受到聯(lián)邦調(diào)查局的審查。令人啼笑皆非的是，美國學(xué)校的教師在上課時(shí)，必須咒罵前蘇聯(lián)和共產(chǎn)主義，以表明自己的政治立場；參加角逐美國小姐的候選人，必須陳述她們對(duì)卡爾·馬克思的看法。在朝鮮戰(zhàn)爭爆發(fā)時(shí)，胡佛向杜魯門總統(tǒng)提交了一份有1.2萬名對(duì)美國不忠的嫌疑人名單。

20世紀(jì)50年代初，名噪一時(shí)的美國參議員麥卡錫，在胡佛的支持下，把反共運(yùn)動(dòng)推向了高潮。在麥卡錫的煽動(dòng)下，包括史沫特萊在內(nèi)的美國75位作家的書籍被列為禁書，連馬克·吐溫的作品也被列入“危險(xiǎn)書籍”，美國一些城市和學(xué)校的圖書館紛紛查禁或焚毀“任何可疑的書籍和雜志”，甚至包括愛因斯坦的《相對(duì)論》，被剔除的書籍總數(shù)約200萬冊。中國人民的老朋友埃德加·斯諾在“麥卡錫主義”的迫害下，不得不離開美國前往瑞士定居。一批電影界和文藝界的人士受到聯(lián)邦調(diào)查局的審查或被逮捕，著名演員卓別林被從美國掃地出門。

由于美國聯(lián)邦調(diào)查局對(duì)愛因斯坦贊同共產(chǎn)主義理想、支持民權(quán)運(yùn)動(dòng)感到不安，特別擔(dān)心愛因斯坦這樣的名人批評(píng)美國政府在社會(huì)上產(chǎn)生的負(fù)面影響，美國聯(lián)邦調(diào)查局對(duì)愛因斯坦進(jìn)行了嚴(yán)密的監(jiān)視。為了找到把愛因斯坦驅(qū)逐出境的罪證，秘密建立了愛因斯坦長達(dá)1400多頁的檔案，上面記錄著美國聯(lián)邦調(diào)查局調(diào)查愛因斯坦的各項(xiàng)內(nèi)容。

另一方面，為了阻止在美國的一些華人科學(xué)家回國參加新中國的建設(shè)，美國聯(lián)邦調(diào)查局千方百計(jì)陷害想要回國的這些人員。美國聯(lián)邦調(diào)查局非法拘留錢學(xué)森，不讓錢學(xué)森離開美國，并派遣特工闖入錢學(xué)森研究室及住宅進(jìn)行破壞行動(dòng)，就是典型的例子。

聯(lián)邦調(diào)查局的調(diào)查手段包括滲透、監(jiān)視、竊聽、偽造文件和散布針對(duì)目標(biāo)的謠言，乃至使用暴力和謀殺。

1961年7月2日，美國著名作家海明威因不堪忍受美國聯(lián)邦調(diào)查局長期對(duì)他的監(jiān)視，在家中開槍自盡。

美國聯(lián)邦調(diào)查局對(duì)外國外交官和其他外國人員的監(jiān)視活動(dòng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)早于美國國家安全局。美國《外交政策》雜志報(bào)道，在2006年至2009年期間，在美國首都華盛頓西北部中國新大使館建設(shè)工地上，每天都有直升機(jī)在上空盤旋，拍攝中國新大使館建筑工地的照片。這些直升機(jī)就隸屬于聯(lián)邦調(diào)查局，目的是為了確定中國大使館的通信中心位置。針對(duì)美方的監(jiān)視行為，中方建筑人員用帆布將工地蒙了起來。