胡佛在擔任聯邦調查局局長期間，為打擊美國犯罪活動做出了很大的努力，在打擊黑社會組織和搶劫犯罪團伙方面，在收集情報和反間諜活動方面，都取得了一些成績，獲得了美國公眾的好評。比如在二戰(zhàn)期間的1942年，德國派遣到美國的8名間諜就一舉被美國聯邦調查局抓獲。

但是美國的許多批評者認為，胡佛的行為已經超出了聯邦調查局的職責范圍。如，他利用聯邦調查局調查與騷擾政治異見者和政治活動分子，使用非法手段收集整理政治領袖的秘密檔案，被聯邦調查局秘密調查的疑似顛覆者和激進人士達數萬人。

1945年，美國政府以美國國內工人頻繁發(fā)動罷工是因為工會被共產黨滲透為由，在全國開展了清除美國國內的所謂共產主義意識形態(tài)的行動。美國聯邦調查局趁機對一些媒體進行了查抄，并逮捕了一些編輯。從1947年12月開始，杜魯門政府在美國進行所謂“忠誠調查”，大約有2000多萬美國人受到聯邦調查局的審查。令人啼笑皆非的是，美國學校的教師在上課時，必須咒罵前蘇聯和共產主義，以表明自己的政治立場；參加角逐美國小姐的候選人，必須陳述她們對卡爾·馬克思的看法。在朝鮮戰(zhàn)爭爆發(fā)時，胡佛向杜魯門總統(tǒng)提交了一份有1.2萬名對美國不忠的嫌疑人名單。

20世紀50年代初，名噪一時的美國參議員麥卡錫，在胡佛的支持下，把反共運動推向了高潮。在麥卡錫的煽動下，包括史沫特萊在內的美國75位作家的書籍被列為禁書，連馬克·吐溫的作品也被列入“危險書籍”，美國一些城市和學校的圖書館紛紛查禁或焚毀“任何可疑的書籍和雜志”，甚至包括愛因斯坦的《相對論》，被剔除的書籍總數約200萬冊。中國人民的老朋友埃德加·斯諾在“麥卡錫主義”的迫害下，不得不離開美國前往瑞士定居。一批電影界和文藝界的人士受到聯邦調查局的審查或被逮捕，著名演員卓別林被從美國掃地出門。

由于美國聯邦調查局對愛因斯坦贊同共產主義理想、支持民權運動感到不安，特別擔心愛因斯坦這樣的名人批評美國政府在社會上產生的負面影響，美國聯邦調查局對愛因斯坦進行了嚴密的監(jiān)視。為了找到把愛因斯坦驅逐出境的罪證，秘密建立了愛因斯坦長達1400多頁的檔案，上面記錄著美國聯邦調查局調查愛因斯坦的各項內容。

另一方面，為了阻止在美國的一些華人科學家回國參加新中國的建設，美國聯邦調查局千方百計陷害想要回國的這些人員。美國聯邦調查局非法拘留錢學森，不讓錢學森離開美國，并派遣特工闖入錢學森研究室及住宅進行破壞行動，就是典型的例子。

聯邦調查局的調查手段包括滲透、監(jiān)視、竊聽、偽造文件和散布針對目標的謠言，乃至使用暴力和謀殺。

1961年7月2日，美國著名作家海明威因不堪忍受美國聯邦調查局長期對他的監(jiān)視，在家中開槍自盡。

美國聯邦調查局對外國外交官和其他外國人員的監(jiān)視活動遠遠早于美國國家安全局。美國《外交政策》雜志報道，在2006年至2009年期間，在美國首都華盛頓西北部中國新大使館建設工地上，每天都有直升機在上空盤旋，拍攝中國新大使館建筑工地的照片。這些直升機就隸屬于聯邦調查局，目的是為了確定中國大使館的通信中心位置。針對美方的監(jiān)視行為，中方建筑人員用帆布將工地蒙了起來。