中共軍隊(duì)入北平前夕，朱家驊、胡適等曾三次安排陳垣上飛機(jī)離京，但陳垣決意留下。他自己陳述的理由是，對(duì)國(guó)民黨無(wú)好感，而自己二十多年不問(wèn)政治，不會(huì)有危險(xiǎn)。在隨后幾年針對(duì)知識(shí)分子的思想改造運(yùn)動(dòng)中，陳垣表露了當(dāng)時(shí)留京的心態(tài)：“我是抱著懷疑的心理要看一看，到底什么原因共產(chǎn)黨能打敗國(guó)民黨的幾百萬(wàn)軍隊(duì)？這一定有個(gè)道理。”一位京城著名校長(zhǎng)、著作等身的老學(xué)人能有這樣初步的思想傾向性，無(wú)疑讓中共高層有所欣然和期盼。

對(duì)中共所指定的《新民主主義論》、《國(guó)際主義與民族主義》等理論書(shū)籍，陳垣始終持“認(rèn)真閱讀”（校黨委評(píng)語(yǔ)）的態(tài)度。在一件帶有“絕密”字樣的校方整理《陳垣小傳》（1958年12月）中寫(xiě)道：“解放以來(lái)他對(duì)黨的領(lǐng)導(dǎo)是尊重的，時(shí)事學(xué)習(xí)從未間斷，特別是對(duì)主席和中央其他負(fù)責(zé)同志的講話或報(bào)告反復(fù)閱讀。”1954年全國(guó)人大辦公廳《情況匯編》第一期中曾記載，病中的陳垣不顧醫(yī)囑，仍執(zhí)意要去參加全國(guó)人大小組會(huì)議，他說(shuō)：“能參加這次大會(huì)感到很高興，好久沒(méi)看到毛主席了，一定要積蓄精力，參加有毛主席出席的會(huì)。”

有感于國(guó)家經(jīng)濟(jì)的迅速恢復(fù)和發(fā)展，他在不同層次的學(xué)習(xí)會(huì)上這樣表述過(guò)：“解放區(qū)來(lái)的干部是好干部，共產(chǎn)黨是一個(gè)不平常的黨。”“對(duì)今天這樣的政府之下的生活，還有什么理由對(duì)政治灰心，對(duì)政治不聞不問(wèn)呢？”他有一句名言常常為統(tǒng)戰(zhàn)部門(mén)的工作報(bào)告所引用：“過(guò)去幾十年自己太無(wú)知了，恨自己接觸黨太晚了。”

1953年至1956年，陳垣在學(xué)校大小會(huì)上時(shí)常發(fā)言，大都是號(hào)召師生積極參加黨的運(yùn)動(dòng)，努力配合政府各項(xiàng)任務(wù)。這些發(fā)言稿多是學(xué)校辦公室年輕干部們幫忙起草的，講話要點(diǎn)大都出自中共最新公布的文件精神，四平八穩(wěn)，必然帶有十足的概念化。但陳垣每次講述起來(lái)都揉進(jìn)不少激情，稍加一些個(gè)人發(fā)揮，減弱了草稿中社論一般的生硬程度。譬如1953年冬天因面粉供應(yīng)緊張，市政府決定收縮供應(yīng)并憑證售出。此事一出，遭致社會(huì)各界較大的不解和埋怨，也引起市委、市政府的不安和焦慮，趕緊布置相關(guān)的解釋排憂的工作，希望將負(fù)面影響降至最低。陳垣為此在全校群眾大會(huì)上積極闡發(fā)這一政策，希望師生多從正面理解和響應(yīng)，他說(shuō)：“解放四年的經(jīng)驗(yàn)，使我們深刻認(rèn)識(shí)到黨和國(guó)家的一切政策都是以人民的最大利益出發(fā)的，大家應(yīng)該信賴(lài)政府，從大處著眼，從長(zhǎng)遠(yuǎn)利益的全局出發(fā)來(lái)考慮問(wèn)題，不要只看到小的利益，要把好的執(zhí)行，保證國(guó)家工業(yè)化的建設(shè)任務(wù)。”（見(jiàn)1953年11月6日市高校黨委《各校教授對(duì)面粉計(jì)劃供應(yīng)的反映》）

這些言語(yǔ)確是充滿政治上的剛性特點(diǎn)，沒(méi)有老學(xué)者所推崇的柔美、滋潤(rùn)的文字長(zhǎng)處，說(shuō)到學(xué)者的嘴上多少有些糾結(jié)、拗口。從當(dāng)年會(huì)議記錄原稿來(lái)看，那幾年陳垣應(yīng)約念了不少這樣強(qiáng)烈政治化的稿件，通過(guò)個(gè)人影響和名氣來(lái)配合政府的諸多事務(wù)工作，以高度熱情的語(yǔ)言姿態(tài)來(lái)化解一些學(xué)界的矛盾和困惑，其中肯定有真切的投入，也會(huì)有不自主的盲從和苦澀。