北師大雖然在行政上建立了校長(zhǎng)教務(wù)長(zhǎng)的聯(lián)席會(huì)，但只是拿一些瑣碎具體事在會(huì)上談?wù)摚視?huì)前大都沒(méi)有準(zhǔn)備，與會(huì)者在會(huì)上隨便聊幾句就走過(guò)場(chǎng)。學(xué)校的核心或中心工作一般不拿到聯(lián)席會(huì)上討論，而由黨委會(huì)去決定。1953年3月聯(lián)席會(huì)有一次開(kāi)會(huì)討論一般性的教學(xué)計(jì)劃，預(yù)定下午兩點(diǎn)開(kāi)會(huì)，上午十一時(shí)半身為副校長(zhǎng)的何錫麟才去找陳垣和副教務(wù)長(zhǎng)林傳鼎商量，下午兩點(diǎn)前告知另外一位副教務(wù)長(zhǎng)祁開(kāi)智。由此也可見(jiàn)出，在這樣天生隔閡、保密至上的組織體制下，黨員校長(zhǎng)對(duì)非黨校長(zhǎng)、教務(wù)長(zhǎng)的漠視和應(yīng)付是習(xí)慣使然的。

1953年4月上旬市高校黨委統(tǒng)戰(zhàn)部來(lái)人調(diào)查，記錄這樣幾件小事。何錫麟有一次曾拿一個(gè)計(jì)劃草案交給校辦公室金永齡，金問(wèn)：“陳校長(zhǎng)看過(guò)沒(méi)有，有什么意見(jiàn)？”何說(shuō)：“他提不出什么意見(jiàn)來(lái)?！边M(jìn)步群眾劉逎和反映，有時(shí)陳垣在辦公室里轉(zhuǎn)圈，說(shuō)：“你說(shuō)我應(yīng)該干些什么呢？”“老了，做不了什么事。”有一次說(shuō)：“年輕人（指何錫麟）那么能干，偏偏身體不好。我這老頭子沒(méi)有能力，身體反而那么好?！眲⑥澓瓦€驗(yàn)證了校內(nèi)傳言甚久的“牌位說(shuō)”，說(shuō)陳校長(zhǎng)“過(guò)去是傀儡，今天是牌位”。

有一次某系學(xué)生慕名來(lái)辦公室請(qǐng)陳垣校長(zhǎng)題字，陳高興地答應(yīng)了，親自擬好題詞的內(nèi)容，多是鼓勵(lì)性的簡(jiǎn)單言辭，思慮再三，最后還得請(qǐng)何錫麟看看題詞妥當(dāng)不妥當(dāng)才提筆揮就。（見(jiàn)1953年4月20日高校黨委統(tǒng)戰(zhàn)部《各校上層統(tǒng)戰(zhàn)工作情況》）

在北京高校中，非黨校長(zhǎng)不受重視而被忽略，是左傾政策推行后必然帶來(lái)的一種工作常態(tài)。陳垣的境遇并不是偶然的個(gè)例，也不是北師大獨(dú)有的現(xiàn)象。譬如在財(cái)經(jīng)學(xué)院，所有需院長(zhǎng)簽字的材料如黨委書(shū)記秦穆陽(yáng)沒(méi)看過(guò)，非黨副院長(zhǎng)陳岱孫就不肯簽字，因?yàn)樗篮炞执蠖嗍菬o(wú)效的。許多情況陳岱孫不了解，有些會(huì)議的內(nèi)容到開(kāi)會(huì)時(shí)才知曉，因此黨員副院長(zhǎng)羅青不到場(chǎng)就根本開(kāi)不了會(huì)，如羅青中間因故退席陳岱孫就無(wú)法繼續(xù)主持。

皮科教授胡傳揆是公認(rèn)的向黨積極靠攏的著名非黨派人物，他在市委里頗獲好感，因此獲任北京醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)一職。但高興一段時(shí)日后，胡院長(zhǎng)就頻頻感到難堪，衛(wèi)生部的領(lǐng)導(dǎo)有事常常直接找北京醫(yī)學(xué)院黨員副院長(zhǎng)馬加，很少找他商量要事。有時(shí)馬加同意了就直接做了，胡傳揆還不知情。因此胡消沉地表態(tài)：“我這院長(zhǎng)應(yīng)當(dāng)怎么當(dāng)，不知道？還不如回皮科去?！备猩跽撸袝r(shí)馬加有意把一些棘手的事如藥學(xué)系要并入旁系，交給胡傳揆去處理，結(jié)果讓胡碰釘子，掃興而歸，威信大跌。

在校長(zhǎng)位置上，享受無(wú)上的政治榮耀和光環(huán)，但實(shí)際上又長(zhǎng)期處于權(quán)力的真空地帶，為人擺設(shè)，看人眼色，陳垣的滋味一定是百感交集，難以名狀的。在20世紀(jì)五六十年代起伏不斷的思想運(yùn)動(dòng)之中，陳垣在大小會(huì)上說(shuō)了不少擁護(hù)式配合式的即令話、應(yīng)景話，已經(jīng)難得聽(tīng)到他脫口而出的內(nèi)心言語(yǔ)。1955年初，有一回聽(tīng)說(shuō)李四光、華羅庚在中國(guó)科學(xué)院會(huì)上遭人批判而流淚，陳垣極為少見(jiàn)地大發(fā)脾氣：“如果把我像他們那樣在臺(tái)上被斗，我可不干……”這種激烈的表態(tài)，對(duì)于陳垣來(lái)說(shuō)，只能落在口上，只是一時(shí)苦悶的發(fā)泄，也是自衛(wèi)性質(zhì)的表露。