1963年，最高人民法院做出終審判決，認定潘漢年的所謂罪行是：1936年在國共談判中投降國民黨；1940年前后投靠日本特務機關(guān)和秘密會見汪精衛(wèi)；在上海解放后掩護大批反革命分子并向臺灣供給情報，引起“二六轟炸”。根據(jù)這三條罪名，認定潘是“長期暗藏在中國共產(chǎn)黨和國家機關(guān)內(nèi)部的內(nèi)奸分子”，判處有期徒刑15年，剝奪政治權(quán)利終身。

到了“文化大革命”中，潘漢年更是身心備受折磨。1970年潘漢年被改判無期徒刑，“永遠開除出黨”。1975年3月，潘漢年被下放湖南耒陽沫江農(nóng)場安置，作為“特殊犯人”接受管制。兩年以后，潘漢年背著“反革命”、“內(nèi)奸”的沉重歷史包袱，在湖南長沙凄然病逝。

陳云對潘漢年的所謂歷史問題，始終是有懷疑的，但是，在那種黑白顛倒的年代，他，甚至包括周恩來那樣對潘漢年知根知底的領(lǐng)導人，都不可能改變潘漢年的命運……

歷史進入撥亂反正的年代，作為新成立的中央紀律檢查委員會第一書記，陳云終于有了為潘漢年鳴冤的機會。

中紀委成立后，陳云多次表示過：潘漢年秘密會見汪精衛(wèi)的所謂“內(nèi)奸嫌疑”是不存在的。如果他真心投敵，就不能解釋劉曉領(lǐng)導下的上海地下黨組織為什么能在整個抗日戰(zhàn)爭時期和解放戰(zhàn)爭時期完整地保持下來。上?！岸Z炸”更不可能是潘漢年利用國民黨的秘密潛伏電臺提供的情況，因為國民黨在上海統(tǒng)治多年，楊樹浦發(fā)電廠這樣的目標早就是清清楚楚，用不著潘漢年提供情報。至于講到1936年的國共談判，陳云更是知情人，他說過：當時中央駐共產(chǎn)國際代表團的代表和主管同國民黨接觸的有三個人：王明、康生和我，如今只剩我一個了。我再不說話，沒有人知道了。

陳云著手復查潘漢年案件，先找那些了解潘漢年的知情人。他找到抗戰(zhàn)時期曾擔任上海群眾工作委員會書記和江蘇省委書記長達12年之久的劉曉，請他寫材料。又找了廖承志、夏衍等人，讓他們將對潘漢年的了解寫出系統(tǒng)的、具體的材料交給中紀委。

正是在重新調(diào)查潘漢年案的過程中，陳云因患重癥而做手術(shù)。由于歷史過去了多年，潘漢年案也沉冤二十幾年，調(diào)查起來難度較大。要想翻過一個案子來，更是不容易。手術(shù)成功后，陳云抓緊時間督促潘漢年案的復查。

一年以后，眼看潘漢年案的復查有了一些重要進展，陳云于1980年12月23日讓秘書打電話給公安部，要親自調(diào)閱潘漢年案最后定案的全面材料。對從公安部調(diào)來的潘案材料，陳云仔細地研究了10天。

1981年元旦剛過，陳云便于1月3日再次讓秘書給公安部打電話，請公安部迅速整理一份有關(guān)潘案處理過程的梗概報告，送往中紀委。1月16日，公安部遵照陳云的指示向中紀委遞交了關(guān)于潘漢年一案的材料，如實地反映了潘案的處理過程。

在收集了大量材料的基礎(chǔ)上，陳云打算正式向中央提出復查潘漢年案的建議。

1981年3月1日，陳云提筆給中共中央其他幾位領(lǐng)導人寫了一封信：

小平、先念、耀邦、紫陽同志：

1979年10月，我曾寫一條子給耀邦同志，我認為潘漢年的案件需要復查一下，我認為他當時并未真心投敵，否則不能解釋劉曉同志領(lǐng)導下的上海黨能完整地保持下來。潘漢年已于1977年死于勞改農(nóng)場。連潘漢年的老婆董慧同志也已平反（也是1977年死的）。我收集了一些公安部的材料和與漢年同案人的材料。這些材料，并無潘投敵的材料確證。而且對于劉曉、劉長勝同志等能在上海保存下來反面提供了潘并未投敵出賣組織或某一個同志。我提議中央對潘漢年一案正式予以復查。這件事如中央同意，可交由中央紀律檢查委員會辦理。

陳云

1981年3月1日

隨信，陳云還附上了廖承志給他寫來的有關(guān)潘漢年問題的信。