鄧小平等人接到信后，一致贊同陳云的意見。

鄧小平當即批示：“贊成。”

李先念批示：“同意。”

胡耀邦則指示中紀委：立即展開對潘案的復查。

此后，潘漢年一案進入正式直接由中紀委接手復查的階段。陳云提議直接交由中紀委來辦，表明潘案的分量不同尋常，同時也反映了陳云本人對為潘漢年平反問題的高度重視。

按照中央的指示，中紀委在陳云的親自領導下，迅速組織對潘漢年案件進行復查。幾十年的沉冤，查起來困難重重。中紀委的工作需要排除種種干擾，做出多方努力。這點陳云早就預料到了。他在給鄧小平等人寫信之前，曾在2月對中紀委第三次全會講過三點意見：第一，紀委工作是要做的。第二，紀委工作是有困難的。第三，我們做了工作以后，如果有人指手畫腳，或者有些什么意見，對紀委有些什么批評的話，可以不計較它。我們做得對，他指責得不對的，可以不管它；如果他們的意見是對的，我們應該考慮。

就在潘漢年案復查過程中，中共中央黨史資料征集委員會于1981年11月8日在北京召開了“中央特科”黨史專題座談會，邀請曾參加過“中央特科”工作且尚在的老干部以及有關部門的負責人，就當時“中央特科”的工作進行座談。作為“中央特科”的老領導，陳云聽說這件事后，立即在人民大會堂福建廳接見了參加會議的代表。參加會議的一些老人，陳云以前就認識，見到這些隱蔽戰(zhàn)線上出生入死的老戰(zhàn)友，陳云十分興奮，一一同他們握手問好。談話中，陳云講起了特科的一些情況，并高度評價了周恩來直接領導下的中央特科在黨的歷史上發(fā)揮的重要作用。

講到特種歷史上那些知名的或不知名的人物，陳云提到了潘漢年：“特科出過若干個有名的或者黨內大多數(shù)人不知名的有功績的同志，也出過一個大叛徒顧順章。1931年顧順章叛變后，我是特科主任。1932年我去搞工會工作，康生接任?？瞪吆笫桥藵h年負責?？瞪鲞^若干工作，但他在延安搞搶救運動是錯誤的，‘文化大革命’中又與林彪、‘四人幫’搞在一起，整了一大批高級干部……”

在提到潘漢年案件時，陳云不容置疑地說：“潘漢年的案件，中央紀律檢查委員會正在為他平反。我相信他必將恢復名譽?！?/p>

有陳云這句話，有中紀委出面復查，大家放心了。因為能否正確處理潘漢年問題，不僅關乎潘漢年本人，而且關乎整個隱蔽戰(zhàn)線一大批忠誠的共產(chǎn)黨員的歷史功績。

歷史進入1982年夏秋之際，中共第十二次全國代表大會即將召開，潘漢年的案子也終于水落石出。經(jīng)過中紀委艱苦細致的復查，確鑿的證據(jù)表明：“在長期革命斗爭中，他忠實執(zhí)行并多次出色地完成黨交給的任務，對黨的文化工作、統(tǒng)一戰(zhàn)線工作，特別是在開展對敵隱蔽斗爭方面，曾經(jīng)做出了重要貢獻，是有很大功勞的。”“潘漢年同志是一貫忠實于革命的好同志，絕不是‘長期暗藏在中國共產(chǎn)黨和政府機關內部的內奸分子’?！敝屑o委提出：原來認定潘漢年是“內奸”的結論都不能成立，應予否定。

中共中央接到中紀委的復查報告后，于8月23日發(fā)出了《關于為潘漢年同志平反昭雪、恢復名譽的通知》，肯定了潘漢年的歷史功績，并向全黨公開宣布：撤銷黨內對潘漢年的原審查結論，并提請最高人民法院依法撤銷原判，為潘漢年平反昭雪，恢復黨籍，追認潘漢年的歷史功績，公開為他恢復名譽。凡因潘案而受牽連被錯誤處理的同志，由有關機關實事求是地進行復查，定性錯了的應予平反，并切實處理好他們的政治待遇、工作安排和生活困難等善后問題。