屈出律的殘暴行徑使他成為中亞各地伊斯蘭勢力的死敵。于是花剌子模政權(quán)把瓜分中亞土地的預(yù)謀改成了對屈出律的徹底驅(qū)逐。屈出律再也無法繼續(xù)待在國都虎思斡耳朵。1215年秋，他遷都喀什噶爾，正式建立了自己的乃蠻政權(quán)。

屈出律在喀什噶爾城大肆搜索并殺戮原喀喇汗王朝的貴族與宗教界上層人士，然后又讓自己的乃蠻士兵住進(jìn)城中每戶居民的家中，奸淫擄掠無惡不作。接著，屈出律又下令在喀什噶爾一帶封閉清真寺，禁止穆斯林的禮拜和集會，并對居民們宣布：要么改信佛教，要么改穿契丹人服裝，二者必?fù)衿湟?。百姓敢怒不敢言，心中怨恨?/p>

1218年春，成吉思汗為掌握、暢通中亞及西域商貿(mào)路線，以花剌子模劫留蒙古貿(mào)易商隊(duì)、辱殺成吉思汗派去責(zé)問的使臣為由，兵分兩路出征西域。成吉思汗麾下大將哲別率兩萬鐵騎，南下喀什噶爾征討屈出律。

哲別兵至垂河（今吉爾吉斯斯坦之楚河），屈出律聞風(fēng)而逃。哲別向西域民眾宣傳信教自由，開放被封的清真寺，反復(fù)申明，蒙古軍只抓屈出律，不要任何東西。伊斯蘭教徒紛紛起義，蒙古軍所到之處，民眾大開城門歡迎。哲別進(jìn)城宣布不搶、不燒、不殺的政策，軍紀(jì)嚴(yán)明。

屈出律意欲與哲別的鐵騎在喀什噶爾決戰(zhàn)，但軍隊(duì)士氣已衰，拒絕出戰(zhàn)。哲別的軍隊(duì)還沒到，屈出律便棄城而逃，從者僅三人，沿途居民都唾棄他，無人肯收留。哲別緊追不舍，懸賞緝拿屈出律。

萬般無奈，屈出律逃到深山里，被獵戶包圍活捉，交給了哲別帳下的先鋒官。統(tǒng)治了西域八年的一代暴君屈出律，被哲別處死。西域之地，盡屬蒙古帝國。

1219年6月，成吉思汗親統(tǒng)大軍從額爾齊斯河出發(fā)，越過阿爾泰山，經(jīng)別失八里（今新疆吉木薩爾北破城子）、仰吉八里（今新疆馬納斯西北）、天地（今新疆賽里木湖）、畏兀兒（今新疆東南地區(qū)）、阿力麻里（今新疆霍城西北）、哈剌魯（今哈薩克斯坦伊犁河以北地區(qū)），西域諸王派兵相隨，共20萬人，號稱60萬大軍，征討花剌子模?；ㄘ葑幽跄υX末與大臣議定，命各城堅(jiān)壁清野，不出戰(zhàn)。

成吉思汗兵分四路：第一路由察合臺、窩闊臺兩位王子率領(lǐng)，直撲訛答剌城；第二路由長子術(shù)赤將之，為右路軍，側(cè)攻氈的城；第三路為左路軍，側(cè)擊別納客忒城，由阿剌黑等三將統(tǒng)領(lǐng)；成吉思汗與幼子拖雷率中路，進(jìn)攻不花剌（今布哈拉）城。四路大軍，同時(shí)全線出擊。

一年間，蒙古鐵騎攻城陷陣，勢如破竹，橫掃花剌子模，繼而又攻陷呼羅珊（西南亞古地名，今伊朗大部）、阿富汗等地。同時(shí)，大將哲別與速不臺率兩萬軍穿越阿塞拜疆、高加索一直到俄羅斯南部第聶伯河畔，轉(zhuǎn)戰(zhàn)二年后，又神奇般回到中亞錫爾河北的草原與大軍會合。成吉思汗西征，歷時(shí)5年，征服了中亞強(qiáng)國花剌子模，取得重大勝利。

成吉思汗確立對西域的統(tǒng)治，幾乎是與軍事征伐同步進(jìn)行的。每當(dāng)蒙古大軍攻下一城，取得一地，成吉思汗首先派置將帥，監(jiān)守和撫綏該地的居民。

《元史·耶律阿海傳》里記載：“下蒲華、尋斯干等城，留監(jiān)尋斯干，專任撫綏之職。未幾，以疾薨于位，年七十三……綿思哥襲太師，監(jiān)尋斯干城?！币砂⒑９ハ缕讶A和尋斯干二城后，即被成吉思汗任命為“太師”，率軍鎮(zhèn)守于尋斯干城。他死后，次子綿思哥繼任為“太師”，仍然監(jiān)守于該地。

耶律楚材當(dāng)時(shí)駐于尋斯干城（今烏茲別克斯坦的撒馬爾罕），賦詩曰：

閑騎白馬思無窮，

來訪西域綠發(fā)翁。

元老規(guī)模妙天下，

錦城風(fēng)景壓河中。

花開杷欖芙蕖淡，

酒泛葡萄琥珀濃。

痛飲且圖容易醉，

欲憑春夢到盧龍。