1755年8月，阿睦爾撒納正式宣布自己為準(zhǔn)噶爾汗，發(fā)兵包圍清朝駐軍，原本被乾隆加封為綽羅斯汗的噶勒藏多爾濟(jì)，封為輝特汗的巴雅爾等大貴族也群起響應(yīng)。伊犁的清軍孤立無(wú)援，班第、鄂容安自殺，薩喇勒被俘。上至乾隆皇帝，下至前方將士都群情激奮，怒發(fā)沖冠，眾口一詞：立即發(fā)兵進(jìn)剿。

乾隆皇帝不再“柔遠(yuǎn)”，咬牙切齒地說(shuō)：“實(shí)因伊等叛服無(wú)常，不得不除惡務(wù)盡也。”于是下令“必使無(wú)遺育逸種于故地而后已”，對(duì)準(zhǔn)噶爾人進(jìn)行大屠殺。

一時(shí)間天山草原到處是“呼壯丁出，以次斬戮……婦孺悉驅(qū)入內(nèi)地賞軍”的景象。阿睦爾撒納失敗后投奔沙俄，不久病死。至此，歷經(jīng)康、雍、乾三朝，歷時(shí)68年，平定準(zhǔn)噶爾的戰(zhàn)爭(zhēng)以清廷的勝利而告終，新疆重新歸入中國(guó)版圖。

乾隆皇帝志得意滿(mǎn)，立平定準(zhǔn)噶爾勒銘格登山之碑：

格登之崔嵬，賊固其壘。我?guī)熖锰茫涔套源?。格登之嶻壀，賊營(yíng)其穴。我?guī)煕矝玻錉I(yíng)若綴。師行如流，度伊犁川?；浻星皩?dǎo)，為我具船。渡河八日，遂抵格登。面淖背崖，藉一昏冥。曰搗厥虛，曰殲厥旅。豈不易易，將韜我武！將韜我武，詎曰養(yǎng)寇？曰有后謀，大功近就。彼眾我臣，已有成辭；“火炙昆岡”，懼乖皇慈。三巴圖魯，二十二卒，夜斫賊營(yíng)，萬(wàn)眾股栗。人各一心，孰為汝守？汝頑不靈，尚竄以走。汝竄以走，誰(shuí)其納之？縛獻(xiàn)軍門(mén)，追悔其遲！于恒有言：曰殺寧育。受俘赦之，光我擴(kuò)度。漢置都護(hù)，唐拜將軍，費(fèi)賂勞眾，弗服弗臣。既臣斯恩，既服斯義，勒銘格登，永詔億世。

乾隆二十年，歲次乙亥，夏，五月之吉御筆

直至數(shù)十年后，在一代文豪龔自珍筆下，仍然是“準(zhǔn)噶爾故壤，若庫(kù)爾喀喇烏蘇，若塔爾巴哈臺(tái)，若巴爾庫(kù)勒，若烏魯木齊，若伊犁，東路西路，無(wú)一廬一帳是阿魯臺(tái)（即厄魯特）故種也”。

準(zhǔn)噶爾人與他們的汗國(guó)一起消失，只留下準(zhǔn)噶爾盆地這個(gè)名稱(chēng)。

余生的準(zhǔn)噶爾人不敢稱(chēng)自己為準(zhǔn)噶爾人，而稱(chēng)厄魯特人，久而久之。便忘了原來(lái)的準(zhǔn)噶爾之名。后來(lái)，清朝開(kāi)始招撫他們。陸續(xù)歸附的準(zhǔn)噶爾人被安置在今天伊犁尼勒克縣，編為右翼，設(shè)五旗，被稱(chēng)為下五旗，后劃為十個(gè)蘇木，他們是現(xiàn)今尼勒克縣十蘇木厄魯特的祖先。