一次，袁世凱差人送來五百大洋，差役剛將“袁大頭”銀圓置于桌上，章太炎突然抓起銀圓砸向來者，吼道：“袁奴快滾！”袁世凱又變著法兒軟化章太炎，或移居條件更好的龍泉寺，或派兒子袁克定來送錦緞被褥，章太炎還是怒目而斥。只有弟子錢玄同、吳承仕前來探視時(shí)，章太炎才恢復(fù)常態(tài)，把酒言歡。

1914年1月7日晨，北京寒氣襲人。章太炎到總統(tǒng)府，點(diǎn)名要見袁世凱，門衛(wèi)趕緊向袁世凱通報(bào)，并云章太炎足蹬破靴，手持羽扇，將袁世凱授予他的勛章做扇墜。袁世凱聽罷，不想自討沒趣，便以有事推脫，不敢出面，派了幕僚梁士詒出面應(yīng)酬。誰料梁士詒尚未來得及開口，便被章太炎罵了回去：“我要見袁世凱，誰要見你！”就這樣，從清晨到夕陽西下，袁世凱不見，章太炎不走，一直在招待室坐著大罵袁賊，還把招待室的名貴器物砸得稀巴爛。如此這般，袁世凱只好派人通知章太炎，謊稱要見他，扶他上車，拉到石虎胡同陸軍教練處監(jiān)禁起來，后又轉(zhuǎn)到東四錢糧胡同。

1917年，護(hù)法運(yùn)動(dòng)起，書生章太炎任廣東護(hù)法軍政府秘書長，奉孫中山之命去西南，督促軍閥唐繼堯接受廣東護(hù)法軍政府節(jié)度指揮，令其發(fā)兵東下，與廣東護(hù)法軍會(huì)合，壯大北伐護(hù)法聲威。但章太炎到昆明一看，唐繼堯并無出兵護(hù)法的誠意，其所管轄的地方，混亂不堪。一氣之下，章太炎大白天提著燈籠在街上行走，燈籠上用朱筆寫著“大元帥府秘書長章”，引來很多好奇的市民圍觀。有人問：“大白天，為何提燈而行？”他說：“此地鴉片種得太多，漆黑一片，不用燈照，何以舉步？”

1925年3月，孫中山病逝，靈柩運(yùn)到南京。在日本時(shí)章太炎、黃興與孫中山關(guān)系甚密，人稱“孫、黃、章”。在中山陵舉行奉安大典時(shí)，章太炎前去吊唁，其時(shí)，革命黨人多已腐化變質(zhì)，章太炎心中憤慨。這些昔日的戰(zhàn)友、如今的達(dá)官顯貴，自然要為章太炎接風(fēng)洗塵、大擺宴席。有人請(qǐng)民國元老章太炎題字，于是他借題發(fā)揮，立刻寫了一副對(duì)聯(lián)：“諸君鼠竊狗跳，斯君痛哭；此地龍盤虎踞，古之虛言。”眾人愕然。章太炎另寫有挽聯(lián)：“孫郎使天下三分，當(dāng)魏德初萌，江表豈能忘襲許；南國是吾家舊物，怨靈修浩蕩，武關(guān)無故入盟秦。”挽聯(lián)借三國與屈原故事，批評(píng)孫文。而傳說章氏還曾寫過“舉國盡蘇俄，赤化不如陳獨(dú)秀；滿朝皆義子，碧云應(yīng)繼魏忠賢”挽聯(lián)，系杜撰，不足信。

章太炎一生弟子上百，不少都成為民國時(shí)期思想界、學(xué)術(shù)界、教育界執(zhí)牛耳者，如前面所說的黃侃諸人。知生莫如師，章太炎對(duì)自己的弟子也有他自己的評(píng)價(jià)。他在自訂年譜中說：

弟子成就者，蘄春黃侃季剛，歸安錢夏季中，海鹽朱希祖逖光。季剛、季中皆明小學(xué)，季剛尤善音韻文辭；逖先博覽，能知條理；其他修士甚眾，不備書也。

黃侃是章門大弟子，入門最早，最為聰慧，也深得章太炎學(xué)問的真?zhèn)?，特別是在音韻學(xué)方面，已青出于藍(lán)而勝于藍(lán)。黃侃先于老師而逝，章太炎曾評(píng)曰：“大國手門下，只能出二國手。而二國手門下，卻能出大國手?！彼忉屨f，“大國手的門生，往往恪遵師意，不敢獨(dú)立思考，學(xué)術(shù)怎會(huì)發(fā)展？二國手的門生，在老師的基礎(chǔ)上，不斷前進(jìn)，故往往青出于藍(lán)，后來居上。所以一代大師顧炎武的門下，高者也不過潘耒之輩，而江永門下，竟能出現(xiàn)一代大師。”

在國學(xué)方面，黃侃與章太炎并稱“章黃”；在文字學(xué)、訓(xùn)詁學(xué)上，他們師生被稱為“章黃學(xué)派”。另外，在章門弟子中有“四大金剛”，即黃侃、汪東、錢玄同和吳承仕。后人又將黃侃、汪東稱為“章門二妙”。