正是由于兩派水火不容的爭斗，作為胡適的弟子且一生都追隨胡氏的傅斯年，無論從感情上還是理性上，不可能讓一個對立派的大將馬衡到自己的地盤上一顯身手——盡管馬的人緣相當(dāng)不錯。1955年，時任中國科學(xué)院考古研究所副所長的夏鼐在《考古通訊》第三期發(fā)表了《批判考古學(xué)中的胡適派資產(chǎn)階級思想》一文，文中列舉了胡適的多條罪狀，其中第四條說：“壟斷材料，囤貨居奇，這是反映了腐朽的資產(chǎn)階級的惡劣作風(fēng)。”第五條：“宗派林立，學(xué)閥稱霸。胡適傅斯年輩學(xué)閥，是以研究機構(gòu)和高等學(xué)校作為地盤的，成為一種排他性的宗派。像軍閥一樣，他們雖時常打算擴充地盤到別人的勢力范圍中去，但自己的地盤是決不容他人染指的。這種風(fēng)氣也傳染到考古工作中去”。夏鼐說這話的時候，正是舉國上下批判討伐“美帝國主義走狗胡適”之時，盡管夏鼐處于中科院院長郭沫若等人的指示和壓力，頗有點人在江湖身不由己的無奈，但縱觀胡適與傅斯年一生的所作所為，也不能說夏鼐所言沒有一點道理。在這樣一種歷史背景下，馬衡不能進史語所主持殷墟發(fā)掘，也就不會令人感到意外了。

從當(dāng)時的實際情況包括純學(xué)術(shù)的角度論，馬衡要跨進史語所的大門同樣面臨較大的障礙。在殷墟發(fā)掘前的1926年6月，日本東亞考古學(xué)會與北京大學(xué)國學(xué)門考古學(xué)會結(jié)盟，成立了一個東方考古學(xué)協(xié)會。但這一協(xié)會成立后，就學(xué)術(shù)路數(shù)與研究方向及發(fā)展前景等問題，雙方的分歧越來越大，最后竟樹倒猢猻散，不了了之。當(dāng)時以三沈二馬為骨干的北大國學(xué)門同人沒有意識到，中日學(xué)者間的分歧終致北大考古學(xué)派的衰落與清華學(xué)派的崛起。據(jù)對這一協(xié)會作過專題研究的桑兵說：“中日雙方在東方考古學(xué)協(xié)會內(nèi)部的分歧，最終還是削弱了日本對中國考古學(xué)的影響力，與之關(guān)系最密切的北京大學(xué)考古學(xué)會，成就和影響反而不及清華研究院。日方重視北京大學(xué)國學(xué)門考古學(xué)會，原因之一，是后者（南按：當(dāng)為前者）在北京的考古學(xué)機關(guān)中具有官學(xué)至尊的地位，被看重政府行為的日本學(xué)者認為是對華施加影響的有力支撐。與此相對，他們視美國系的清華國學(xué)研究院中的考古學(xué)機構(gòu)為‘私學(xué)’的代表。清華研究院以人類學(xué)講師李濟擔(dān)任主席，憑借較多的資金以及和美國考古學(xué)家的有效合作，清華研究院的考古學(xué)穩(wěn)步發(fā)展，成效明顯，后來成為中央研究院歷史語言研究所考古組的臺柱。該所成立時，主持北京大學(xué)研究所國學(xué)門考古學(xué)的馬衡，曾主動提出想?yún)⒓涌脊沤M，但遭到傅斯年的拒絕。在傅心目中，志同道合的理想人選是從事新興考古學(xué)的李濟而非金石學(xué)家馬衡。”[16]