就在陳誠調(diào)整遠(yuǎn)征軍部署、整肅軍紀(jì)的時(shí)候，鄂西會(huì)戰(zhàn)開始，陳誠奉命回到鄂西指揮作戰(zhàn)，直到8月才回云南，繼續(xù)整訓(xùn)部隊(duì)。在恩施，他幾次向蔣介石提出辭去遠(yuǎn)征軍長官一職，均被蔣駁回。

陳誠為什么屢次提出辭呈？原因是多方面的。其中之一，可能與軍政部部長何應(yīng)欽以及個(gè)別部將的矛盾有關(guān)。

陳誠與關(guān)麟征的矛盾早在1930年就種下了，并由此“分道揚(yáng)鑣”。冤家路窄，在云南，陳、關(guān)又相遇了。其時(shí)，關(guān)麟征任第九集團(tuán)軍總司令，屬陳誠直接管轄。關(guān)自恃受何、蔣器重，想為難一下陳誠，1943年4月，借故將第九集團(tuán)軍所轄的陳誠的舊部第五十四軍軍長黃維調(diào)職，派親信張耀明接任，并對第五十四軍進(jìn)行內(nèi)部改造。副軍長傅正模沒有當(dāng)上軍長，覺得不公，聯(lián)名請?jiān)?，向軍委?huì)控告張耀明。

陳誠回到昆明，關(guān)當(dāng)面向陳提出要懲辦傅，陳不理不睬，關(guān)生氣了，冷言以對：“辭公鈞座是即將掌握全國軍事的領(lǐng)袖人物，不應(yīng)該再封閉在土木系小圈子里，一個(gè)軍長的職務(wù)都不肯放手，這不是干大事業(yè)應(yīng)有的心胸?。标愓\氣得當(dāng)場吐血。同年8月，陳誠將張耀明調(diào)開，任命自己的親信方天為五十四軍軍長。關(guān)與陳交鋒，雖然敗下陣來，但明里暗里仍然時(shí)不時(shí)與陳為難。陳誠也拿他沒辦法。

這次回云南，陳誠將長官部從昆明移到了楚雄。這里位置居中，可以兼顧滇西和滇南。他將長官部不設(shè)在昆明，一是因?yàn)槔ッ麟x前線太遠(yuǎn)；二是昆明是行營及省府所在地，長官部設(shè)此，可能引起不必要的猜疑與摩擦；三是擔(dān)心部屬長久地生活在大都會(huì)，容易腐化（后來當(dāng)楚雄的居民稱長官部為窮長官部時(shí)，陳誠竟然感到非常欣慰）。

8月30日，他召集長官部全體人員講話：“如我們不窮，真不知要有多少老百姓為之傾家蕩產(chǎn)。須知解決個(gè)人生活問題并不難，但必須國家先有前途，如國家不能存在，個(gè)人生活縱然優(yōu)裕，也不過是一個(gè)有錢的亡國奴罷了。所以目前唯有求軍事上的勝利，國家得救，大家才有真正的出路。”

遠(yuǎn)征軍長官部的中心工作，還是整訓(xùn)。與以往戰(zhàn)役不同，反攻緬甸，將是步炮、陸空協(xié)同作戰(zhàn)。而且，遠(yuǎn)征軍一色的美式裝備，官兵們對重武器以及其他各種美式裝備的使用技術(shù)，如通信、防毒、新式輕武器等，幾乎是一無所知。此外，衛(wèi)生知識的缺乏、政治認(rèn)識的薄弱，以及風(fēng)紀(jì)之重建等，都需要經(jīng)過嚴(yán)格的訓(xùn)練。

裝備技能訓(xùn)練，有美軍擔(dān)任，陳誠不用太多操心。但精神訓(xùn)練，只能由中方負(fù)責(zé)，陳誠投入了較多的精力和時(shí)間。好在他在這方面輕車熟路。針對當(dāng)時(shí)的抗戰(zhàn)形勢和官兵思想上存在一些問題，他提出“以窮治軍”的口號：一、革命成敗的關(guān)鍵，在革命者個(gè)人的窮與富。革命的力量，在革命者的窮；革命的目的，在求民眾大家的富；二、革命者的生活，要能吃在一身、穿在一身、用在一身……

9月29日，他指示編印了《遠(yuǎn)征須知》。除分別輯錄“總理訓(xùn)詞”、“委員長手頒陣中必讀”、“陣中反省錄”及遠(yuǎn)征口號、遠(yuǎn)征歌外，還分章編撰了“明了本身責(zé)任”、“熟習(xí)兵要地志”、“尊重各國國情”、“實(shí)踐訓(xùn)練要旨”、“注重特殊情況”、“爭取最后勝利”等。并附錄了“革命軍連坐法”、“中華民國戰(zhàn)時(shí)軍律”等。遠(yuǎn)征軍干部，人手一編。

在云南，陳誠不是在總部開會(huì)，就是下部隊(duì)到營地巡視、發(fā)表演說。他在日記中記載了病倒前后的主要行程：