1935年上半年，對紅軍的“追剿”“圍剿”還在進(jìn)行之中，日軍又在華北制造事端，策動華北各省脫離南京中央政府——華北告急。備戰(zhàn)，成為越來越緊迫的事務(wù)。陳誠早就識破日本的侵略野心，主張積極備戰(zhàn)，因而在“剿共”戰(zhàn)事平緩后，他就向蔣介石獻(xiàn)上了一個整理陸軍的建議，蔣給予肯定，委托他籌設(shè)陸軍整理處。

1月，南京政府召開了全國軍事整理會議，部署整軍。3月，在武昌行營設(shè)立陸軍整理處，綜理陸軍整理事宜。蔣介石任命陳誠為整理處處長。陳也拿出了整理方案。計劃三至四年里調(diào)整60個師，整理師分三團(tuán)制師、四團(tuán)制師和五團(tuán)制師三種。此外，師直屬炮兵一營（或一連），騎兵一連（或一排），工兵、通信、特務(wù)各一連及師醫(yī)院等。步兵連為九班混合制，班增編輕機槍；團(tuán)屬迫擊炮連分屬各營為排，增強戰(zhàn)術(shù)單位火力；原各營所屬小炮排集中成連，直屬團(tuán)部，作為防空及防戰(zhàn)車火力。

整理軍事，主要目的是為了加強軍隊作戰(zhàn)能力，準(zhǔn)備抗擊日軍侵華。作為強硬主戰(zhàn)派，陳誠準(zhǔn)備專心做成這件有關(guān)國防的大事?？墒?，蔣介石沒容他靜下心。1935年和1936年，他幾乎成了蔣介石的一名應(yīng)急和救火隊員。

中央軍進(jìn)入四川后，蔣介石派陳誠主持峨嵋山訓(xùn)練團(tuán)，1935年10月又讓他著手整頓川軍。工作還沒展開，他又奉命組織宜昌行營，負(fù)責(zé)指揮對紅二方面軍的“圍剿”。紅二方面軍被迫開始長征。

1936年2月，紅軍東征，渡過黃河，取道山西，北上抗日。3月，蔣介石應(yīng)閻錫山的請求，派陳誠到山西襄助軍務(wù)。3月18日，閻錫山委任陳誠為第一路總指揮，指揮進(jìn)入山西的幾支中央軍阻擊紅軍。當(dāng)時與陳誠合作的原晉軍將領(lǐng)盧豐年回憶說，這年春天，他在太原見到了陳誠，覺得與在廬山訓(xùn)練團(tuán)時相比，陳誠驕傲之氣收斂了一些，也沒有中央軍援晉主帥的架子，反而表現(xiàn)出謙遜的風(fēng)度。他們合作比較順利。

5月初，東征紅軍被迫全部撤回陜北。陳誠在山西的“剿共”也該結(jié)束了，可閻錫山害怕紅軍再次進(jìn)入山西，致電蔣介石，要求陳誠繼續(xù)留在山西，幫助他抗紅。蔣回電說：“中正不可一日無辭修?！?/p>

果然，麻煩事很快就來了。6月初，陳濟(jì)棠、李宗仁等兩廣將領(lǐng)數(shù)十人通電“抗日”，兩廣部隊組成“中華民國國民革命抗日救國軍”，向湘南進(jìn)發(fā)，擬由湖南進(jìn)攻武漢。是為兩廣事變。陳誠奉命南下?lián)浠稹?/p>

6月8日，陳誠飛赴武漢，以武漢行營參謀長身份調(diào)中央軍南下。隨后赴長沙，督率各部控制了衡陽。兩廣部隊北上受阻，雙方在衡陽一帶對峙。與此同時，南京方面加緊對粵方的分化。7月9日，在陳誠的拉攏下，他原來在粵軍一師的“戰(zhàn)友”——現(xiàn)任粵軍第一軍軍長余漢謀通電擁護(hù)中央。陳濟(jì)棠眾叛親離，通電下野，避居香港。不久，在大軍壓境之下，李宗仁的桂軍也罷兵言和。9月初，陳誠留在南方，以廣州行營參謀長身份處理兩廣事變善后事宜。