1999年3月初，葉利欽企圖罷免總檢察長斯庫拉托夫的職務(wù)，卻遭到了聯(lián)邦委員會的強烈反對。為了幫葉利欽扳倒斯庫拉托夫，普京披掛上陣。作為一個資深克格勃，查找證據(jù)自然是小事一樁。3月16日，俄羅斯電視臺播放了一段酷似斯庫拉托夫的人同妓女鬼混的錄像。這就是罷免斯庫拉托夫所必需的罪證，普京為此立下了一功。

處理完“斯庫拉托夫事件”后，普京已完全成為葉利欽心目中無人能替代的角色。同年3月，普京接替博爾久扎任聯(lián)邦安全會議秘書，并保留了聯(lián)邦安全總局局長職務(wù)。聯(lián)邦安全委員會秘書由總統(tǒng)任命并且直屬于總統(tǒng)，在國安會及相關(guān)的活動中擁有廣泛的權(quán)力。一人兼兩要職，既可以大大加強聯(lián)邦安全局的工作，又在某種程度上擴大了安全委員會落實其內(nèi)部決策的可能性。這時，他實際上已成為葉利欽總統(tǒng)的“主要盾牌”。

普京擔(dān)任聯(lián)邦安全委員會秘書是其政治生涯的一個重大轉(zhuǎn)折。此時，車臣第一次戰(zhàn)爭剛剛結(jié)束，葉利欽的任期只有一年多時間了，葉利欽長期以來身體欠佳，媒體又經(jīng)常報道他酗酒失態(tài)。同時，俄羅斯的經(jīng)濟和社會問題叢生，政壇斗爭激烈。在國外，北約繞過聯(lián)合國，對南斯拉夫和科索沃發(fā)動了78天的遠距離空中打擊，南斯拉夫被迫從科索沃撤軍。美英試圖一舉將俄羅斯從該維和區(qū)徹底排擠出局。 

普京上任伊始，就顯露出了強硬手腕。他極力擁護葉利欽的決策，主張以特殊方式解決科索沃問題。早在北約干預(yù)波黑內(nèi)戰(zhàn)時，俄羅斯的領(lǐng)導(dǎo)人葉利欽，就識破北約的軍事行動是“項莊舞劍”，目的是將俄羅斯永遠趕出巴爾干。所以，俄羅斯領(lǐng)導(dǎo)人堅決地宣布，巴爾干是俄羅斯的政治勢力范圍。

驕傲的美國人并沒有理會他，想先下手為強，利用軍隊已經(jīng)集結(jié)和交通之便，搶先控制整個科索沃。當(dāng)北約軍隊興高采烈準(zhǔn)備進駐科索沃首府普里什蒂納的時候，一支俄軍傘兵小分隊卻在英軍之前，在普里什蒂納機場如神兵天降，搶占了機場。這里原來是英國的維和部隊擬定設(shè)立總部的地方。消息傳出，北約震驚。北約盟軍總司令、美國上將克拉克命令英軍奪回機場，但是英軍司令杰克遜拒絕了，他說：“將軍，我不能為您而發(fā)動第三次世界大戰(zhàn)。”完全有理由相信，在協(xié)調(diào)這一次軍事行動的時候，普京作為聯(lián)邦安全委員會秘書、聯(lián)邦安全局局長，當(dāng)然要發(fā)揮他應(yīng)有的作用。