與蒙文通的命運相反的是北大圖書館館長毛子水，在談到毛與胡適的關(guān)系時，錢說：“子水北大同事，為適之密友，在北平時，常在適之家陪夫人出街購物，或留家打麻雀。”又說：毛子水見錢氏撰寫的《國史大綱》引論在報上發(fā)表后，曾“憤慨不已”，指天發(fā)誓“將作一文批駁”，但終“未見一字”。如此這般描述，在時人和后人心目中頗有人緣和聲望的毛子水之形象頓時一落千丈，簡直不像一位鼎鼎大名的教授，而是一個?？颗鸟R溜須，陽奉陰違的小丑或佞臣了。

自蒙文通被胡適逐出北大之后，錢穆亦從中感到了一絲涼意，心中隱含落聘之憂，他在北平購書五萬余冊，嘗笑語友人曰：一旦學(xué)校解聘，可擺一書攤，不愁生活。當然胡適對他，還沒有到對待蒙文通的殘酷地步，盡管二人失和，胡適從各方面考慮，仍繼續(xù)聘他任北大教授。不過，一旦涉及到實際問題，胡的態(tài)度就變得敵友分明了。據(jù)北大文科研究所學(xué)生任繼愈回憶，有一年歷史系系主任陳受頤休假，有人提議系主任是否由錢先生接替。當時胡適任文學(xué)院長，說：“錢先生剛來北大時是副教授，現(xiàn)在已是教授了。”沒有往下說，這個建議就擱淺了。到了臺灣以后，胡適任中央研究院院長，在他有生之年，錢穆一直也沒能評上院士。有一號稱“臺大歷史系跑出一的一條小瘋狗”名李敖者為此抱不平，認為“他（指錢穆）在古典方面的樸學(xué)成就，卻更該先入選成院士。”然而，中央研究院無論是在大陸時期，還是遷臺后的殘山剩水，確是一直將其拒之門外的。 要說起這段恩怨，除了胡適之外，則與比胡適霸道百倍的傅斯年（字孟真）有很大關(guān)系。

當錢穆由燕京轉(zhuǎn)北大任教時，中央研究院史語所已從成立時的廣州遷往北平北海靜心齋辦公。期間傅斯年與李濟、董作賓等兼任北大歷史系教授，意在從學(xué)生中選拔人才，后來入所的胡福林（厚宣）等就是這一時期的北大學(xué)生。由于工作的關(guān)系，傅、錢二人相識。就像胡適對錢穆開始表現(xiàn)得很客氣一樣，傅斯年也稟承老師遺風(fēng)視錢穆為上賓。據(jù)錢回憶：“孟真屢邀余至其史語所。有外國學(xué)者來，如法國伯希和之類，史語所宴客，余必預(yù)，并常坐貴客之旁座。孟真必介紹余乃《劉向歆父子年譜》之作者。孟真此意，乃以此破當時經(jīng)學(xué)界之今文學(xué)派，乃及史學(xué)界之疑古派。繼此以往，則余與孟真意見亦多不合。”這種不合，主要從學(xué)術(shù)觀點引發(fā)，而學(xué)術(shù)觀點就是學(xué)人的生命，此點不合，則很難在其它方面有所諒解與協(xié)作，最終導(dǎo)致個人關(guān)系破裂。在錢穆看來，傅斯年的學(xué)問和人品都有問題，他曾舉例說：傅斯年“似主先治斷代史，不主張講通史。彼著述亦僅限先秦以上，即平日談?wù)摚嗌跎僭匠龃朔秶?。凡北大歷史系畢業(yè)成績較優(yōu)者，彼必網(wǎng)羅以去，然監(jiān)督甚嚴。有某生專治明史，極有成績，彼曾告余，孟真不許其上窺元代，下涉清世。然真于明史有所得，果欲上溯淵源，下探究竟，不能不于元清兩代有所窺涉，則須私下為之。故于孟真每致不滿。”[7]