抗戰(zhàn)爆發(fā)后，錢穆隨北京大學(xué)師生流亡長沙、蒙自、昆明，繼續(xù)教授史學(xué)。而這個(gè)時(shí)候，原設(shè)在山東省會(huì)濟(jì)南的齊魯大學(xué)，也在抗戰(zhàn)中流落到四川成都，寄居于華西壩華西協(xié)和大學(xué)校園內(nèi)。此時(shí)，顧頡剛已辭去燕大教職，先是組織一個(gè)西北考察團(tuán)對西北邊疆展開調(diào)查，后受云南大學(xué)校長熊慶來聘請，于1938年10月抵達(dá)昆明任云大教授。未久，北平研究院（南按：非中央研究院）遷至昆明，顧頡剛兼任該院史學(xué)研究所歷史組主任。1939年春，齊魯大學(xué)校長劉世傳邀顧頡剛到該校出任國學(xué)研究所主任，顧氏認(rèn)為齊大開列的條件對自己的生活與學(xué)術(shù)研究較為有利，慨然應(yīng)允，并悄悄拉上正在中央研究院史語所整理甲骨的胡福林與西南聯(lián)大任教的錢穆一道入伙。

胡、錢二人聽從了顧的拉攏與鼓蠱，各托其辭溜出昆明地界悄無聲息地來到成都，投奔到以顧頡剛為首的齊魯大學(xué)國學(xué)研究所任職。后來顧錢反目，顧應(yīng)朱家驊邀請出走重慶創(chuàng)辦《文史雜志》，錢氏與胡福林等人勉力支撐。1943年秋，齊魯大學(xué)國學(xué)研究所在經(jīng)費(fèi)短缺和人事糾葛、吵鬧中停辦，錢穆受華西大學(xué)文學(xué)院長羅忠恕之邀轉(zhuǎn)入該校任教兼四川大學(xué)課業(yè)，胡留在齊魯大學(xué)先后任中文、歷史兩系教授?？箲?zhàn)勝利后，北大復(fù)校，按錢穆的說法，“舊北大同仁不在昆明者，皆函邀赴北平，但余并未得來函邀請。”[1]于是在北大復(fù)員北上后，錢穆受邀來到昆明五華書院任教，其間與留在云南大學(xué)的劉文典和師范學(xué)院的羅庸過從甚密。1948年春，錢氏受邀由昆北返，到無錫西門外太湖之濱的江南大學(xué)任教。1949年春，國共內(nèi)戰(zhàn)的炮聲已隔江可聞，錢穆決定再次“南渡”，并藉“春假旅行”名義只身“倉皇南行。當(dāng)在廣州華僑大學(xué)落腳后，國民黨兵敗如山倒，政府機(jī)關(guān)大部分遷廣州，時(shí)任行政院院長的閻錫山邀錢氏等人到官邸開會(huì)，錢氏謂：“今日形勢已非，前線軍隊(duì)在崩潰中，恐不可恃。政府遠(yuǎn)退在此，知識(shí)分子教育界可以人自為戰(zhàn)，深入民間，當(dāng)轉(zhuǎn)上第一線。俟人心有定向，國事庶可挽回，政局可重建基礎(chǔ)，然后軍事始再可振作。余意僅盼政府多方注意國內(nèi)知識(shí)分子，至少在當(dāng)時(shí)負(fù)群望為眾情所歸者，須及時(shí)多聯(lián)絡(luò)，設(shè)一妥善之安排。”但會(huì)場無人理會(huì)，“僅發(fā)一場空言而止”。[2]從錢氏的發(fā)言中可以看出，此時(shí)他仍對國民黨政權(quán)抱有一絲認(rèn)同和企圖挽大廈之傾的癡情。