408年的一天，慧觀忽然回廬山了。同時和慧觀一起來的是天竺高僧佛馱跋陀羅，還有四十幾位僧人，都是高僧的弟子。佛馱跋陀羅又名覺賢，精通小乘理論，很早就以禪律馳名西域。在罽賓受到智嚴的邀請，歷經(jīng)三年，來到中國。到長安后，一度和羅什合作得很愉快，但很快有了分歧。姚興站在羅什一邊，還作出了處分的決定，將佛馱跋陀羅擯出長安，意思是不許佛馱跋陀羅在長安傳教。

據(jù)說佛馱跋陀羅剛走，姚興就知道錯了，要人追回佛馱跋陀羅。

慧遠以為不當對佛馱跋陀羅處分，當下就給姚興和羅什二人寫信，請他們糾正。數(shù)月后，曇邕帶來回信，姚興撤了對佛馱跋陀羅的處分。

據(jù)說佛馱跋陀羅終生不忘遠公的知遇之恩，遺囑圓寂后骨灰安放東林寺。其舍利塔建在東林寺，是歷史上第一位葬在廬山的外國僧人。

慧遠對佛的神圣情感，非我等俗人能夠想象。佛經(jīng)上說天竺有佛的影像，經(jīng)過流沙大流漠再向西一萬五千八百五十里，在一個石室中。慧遠對佛影很關(guān)切，甚至很想去瞻仰，可惜年紀大了，走不動了。天竺來的僧人說見過佛影，極為光明赫爍。

慧遠聽說后，很為興奮，請了工匠，在一處傍山川又臨水的地方，營筑龕室。然后又讓妙手畫工畫了佛影，“淡彩圖寫，色疑積空，望似煙霧，暉相炳瓊，若隱若現(xiàn)”。慧遠又讓遠在京師的謝靈運作了《佛影銘序》，對佛影做了贊頌。

413年，慧遠已經(jīng)80歲了，但身體還不錯，每天還要堅持修持。

忽然傳來羅什在長安圓寂的消息，慧遠很悲痛。羅什比他小十歲，卻提前往生了。又聽說羅什的尸骨火焚后，惟有舌頭不焦，又欣慰了。他著手將和羅什的通信，編成了一本書，叫《問大乘中深義十八科》并《羅什答》二卷。后改名為《大乘大義章》流通于世。

416年八月六日，慧遠大師圓寂。為自己的佛教人生畫上了圓滿句號。

大師臨終前，弟子們請飲豉酒和米汁，都不許。念半截經(jīng)，就辭世了。年八十三。

慧遠去世后，謝靈運至為悲痛，揮毫作了《廬山慧遠法師誄》，其序中說：“可謂五百之季仰紹舍衛(wèi)之風；廬山之，俯傳靈鷲之旨，洋洋乎未曾聞也。”紹，繼承。舍衛(wèi)和靈鷲，佛經(jīng)常講經(jīng)的地方。，盤曲不平。