開皇十六年（公元596年）三月二十日，智顗致信楊廣，再次請求離開江都。信中說：天臺是他的終老之地，恐怕自己離死不遠(yuǎn)了。一旦不行，要弟子們把“焚燒余骨送往天臺，愿得次生還棲山谷，修業(yè)成辦乃可利人”。心情相當(dāng)悲涼。數(shù)天后，又和楊廣見面，當(dāng)面告辭。楊廣只有放歸。

中國高僧都是大山之子，回到別離十二年的天臺山，智顗無比舒暢，除了“負(fù)杖閑游”，還鉆研經(jīng)文。

597年八月，會稽嘉祥寺吉藏大師請智顗到會稽去講《法華經(jīng)》，智顗也拒絕了。智顗要一心在天臺解經(jīng)，建立自己完美的系統(tǒng)工程。

這次智顗應(yīng)該在天臺山住到底了吧。但是還不行。楊廣還是不放過智顗。

果然，十月，楊廣又一次派人上山奉迎，看來不下山不行。智顗預(yù)示到自己這次去江都，永遠(yuǎn)回不來了，就做了最后準(zhǔn)備，把平日用的物件都送了人，“又畫作寺圖以為樣式，誡囑僧眾”。在預(yù)示了自己必死之后，智顗啟程，行至石門，感到身體不行，就對弟子智越等說：“大王讓我來，我來了。知道我的命在這里，不走了。”

二十一日口授遺書并親寫四十六字給楊廣，將其遺著《凈名經(jīng)疏》三十一卷交付給楊廣，還囑請楊廣為南岳大師慧思作碑頌，又“乞廢寺田為天臺基業(yè)”，“為作檀越主”。智顗說：“此等之事，本欲面咨，未逢機(jī)會奄成遺囑，亦是為佛法為國土為眾生。”

大師在這一刻還是要為國土為眾生。

然后不吃藥，也不吃飯，靜等時辰來到。

十二月二十四日未時，“右脅西向而臥”（面向西，右側(cè)臥，是佛涅槃的姿勢），安詳入滅，春秋六十，僧臘四十。僧臘就是受戒出家后的年數(shù)。以每年夏安居結(jié)束的七月十五日為歲臘結(jié)束之日。十六日以后為新歲。