他的壓力很重，健康不佳，使他開始產生“要么卸掉一些重負，要么干脆放棄捐贈”的想法。

但就在這時，機緣巧合之下使他作出了有關他的公益事業(yè)的一個無比重要的決定：聘用一位38歲的年輕人弗雷德里克·蓋茨（Frederick Gates）擔任他的助手。蓋茨當時是美國浸禮會教育協(xié)會的主任，而且他剛剛完成了對全國浸禮會學院落后狀況的調查研究（其中有些學校洛克菲勒曾經給過少量資助）。蓋茨的結論是：高等教育領域所需要的，是一個按高標準設立的優(yōu)質的新教育機構。它不應設在東部，而要設在中西部，那里正在形成新的貿易和工業(yè)中心。洛克菲勒對蓋茨的報告和他本人都很感興趣，后來給了總數(shù)4000萬美元的捐款，來建立一所新型的學府——芝加哥大學。

洛克菲勒對最初一系列罕見的大筆捐贈的決策過程，就體現(xiàn)了他以后慈善行為的特征：對每個想法進行嚴格的企業(yè)式的評估，保證有良好的組織領導，在采取行動之前反復考量等。他的另一個特點是常會被一些宏大的、令人振奮的設想所吸引。他幫助創(chuàng)建了大西洋岸以西第一所出類拔萃的大學和師資隊伍（當時在美國，這樣的大學只有哈佛大學和約翰·霍普金斯大學兩所）。這所教學與科研并重的新型超級大學的建成，表明如果洛克菲勒對某個項目有信心，就會作出重要的財政承諾。

此后，洛克菲勒對蓋茨的信賴越來越深，他們兩人在一起形成了美國公益事業(yè)中前所未有的最強大和富有創(chuàng)造性的力量。這一對伙伴很不尋常，從他們的關系中可以深入地理解洛克菲勒作為一個慈善家的特殊品質。

洛克菲勒是一個含蓄的、沉默寡言的人，他抑制感情幾乎到了禁欲的程度。他從不高聲說話和情緒外露，遇事總是三思而行。蓋茨則相反，他熱情洋溢，善于言辭，勇于暢想——一半像傳教士，一半像企業(yè)家。他有時有些傲氣，但總是直言不諱。他會沖著洛克菲勒大喊大叫：“你的財富在不斷增加，像雪崩一樣滾滾而來。你必須緊緊跟上!你必須用比積累更快的速度，把財富散發(fā)出去!如果不這么做，它們就會毀了你，毀了你的孩子和孩子的孩子!”而一向能接受蓋茨意見的洛克菲勒，會在那里傾聽著。

進入20世紀之后，洛克菲勒的兒子小洛克菲勒也加入了他們兩人的班底，形成了難以替代的最佳組合。蓋茨看起來是其中最有能量和創(chuàng)意的一分子，但實際上，每個人在小組內發(fā)揮的具體作用是很難分清的。特別是對老洛克菲勒來說，因為他總是不溢于言表，他的領導和掌控作用并不那么直接。洛克菲勒醫(yī)學研究所建立的過程，就是一個很好的例子。

1897年,蓋茨讀到柏林的羅伯特·科赫研究所（Robert Koch Institute）和巴黎的巴斯德研究所（Pasteur Institute）治療炭疽病之類疾病的成功發(fā)現(xiàn)之后，建議洛克菲勒在美國也開設一所類似的醫(yī)學研究所。洛克菲勒同意了。然后，洛克菲勒以他慣用的方式，與美國和歐洲醫(yī)學界的領袖人物進行磋商，并采取有效步驟，使美國醫(yī)學界的杰出科學家都能參與這一事業(yè)。

1901年,洛克菲勒實現(xiàn)了他的承諾，這個醫(yī)學研究所建成了。它很快就成為全世界最大的醫(yī)學研究中心之一。多年來，它培養(yǎng)了一系列榮獲諾貝爾獎的科學家，取得了許多重大的科研成果。洛克菲勒為此先后投入了6000多萬美元。1954年，在洛克菲勒家族第三代的支持下，這個研究所擴建為洛克菲勒大學，它至今仍然是全世界生物醫(yī)學領域領先的研究和高級培訓中心。

醫(yī)學研究所創(chuàng)建后僅僅兩年,一個更加雄心勃勃的事業(yè)單位——普及教育委員會——組織起來了。蓋茨和小洛克菲勒在其中起了主導作用。

在將近20年的時間里,這個新的機構為改變內戰(zhàn)后南方的面貌所取得的成就是具有革命性作用的。委員會有效地發(fā)揮了有理想和才干的南方自由派人士（而不是外來人）的作用，使改變南方地區(qū)傳統(tǒng)教育方式的努力能夠得到普遍接受。