但遺憾的是，總署看到李鴻章前面的分析后遂做高枕無(wú)憂之想，除了將李鴻章的建議全文原封不動(dòng)地轉(zhuǎn)發(fā)給福建將軍文煜做參考外，此后近20日內(nèi)，絲毫沒有采取任何預(yù)防措施。日軍遂得以大搖大擺地于5月7日（三月二十二日）成功登陸臺(tái)灣，未受任何阻撓。又過了三天，李鴻章才剛剛根據(jù)上海發(fā)回的新情報(bào)確認(rèn)日本出兵臺(tái)灣的可能性極大，而且得到的還都是些日本陷入外交糾紛前的老情報(bào)。不過這些情報(bào)已足以讓李鴻章意識(shí)到問題嚴(yán)重。在5月10日（三月二十五日）這天他致函總署，提出了四點(diǎn)建議外加一點(diǎn)總結(jié)：

第一，日本“悖義失好”，美國(guó)人“雇與商船”幫助日本“裝載弁兵軍裝”，“均屬違背《萬(wàn)國(guó)公法》”，故而首先要從會(huì)晤美國(guó)駐華公使開始，依公法與之理論，如美國(guó)“遵照公法撤回李讓禮等”，同時(shí)“嚴(yán)禁商船不準(zhǔn)應(yīng)雇裝載弁兵”，則“計(jì)日本兵船無(wú)多，其謀當(dāng)漸寢息”。此為第一要義。

第二，馬尾造船廠自制的兵輪船及水師船只不少，“似應(yīng)先派往臺(tái)灣各港口盤查瞭望。如遇日本兵船入境，問其因?yàn)楹问露鴣?lái)？如船中載有陸兵多名，應(yīng)即攔阻，勿令進(jìn)口上岸?！?/p>

第三，根據(jù)前福建水師提督李成謀寄送的臺(tái)灣全圖顯示，“瑯嶠系南路生蕃后山?？凇?，適合登陸，本擬建造炮臺(tái)但并未施工，也沒有設(shè)置駐軍與警戒哨所，如果日軍來(lái)此登陸，清軍實(shí)在是“一無(wú)防備，殊為可慮”。臺(tái)灣本島駐軍又沒有戰(zhàn)斗力，“無(wú)甚足恃”。只有從大陸地區(qū)“另調(diào)得力陸軍數(shù)千，即用輪船載往鳳山瑯嶠附近一帶，擇要屯扎，為先發(fā)制人之計(jì)”，才能有效阻止日軍登陸。如果日軍膽敢“擅自登岸”，清軍就可以一面進(jìn)行外交阻攔，一面進(jìn)行軍事集中，讓“勁敵無(wú)隙可乘”，“此為第二要義”。

第四，鄭重推薦船政大臣沈葆楨“管轄新造兵輪船，又系閩人，情形熟悉”，似應(yīng)由總署知照，“會(huì)商將軍、督撫密速籌辦”。

一點(diǎn)結(jié)論：“日本既有此議，早遲必將舉行，若不慎謀于始，坐待興師，將來(lái)無(wú)論彼此勝敗，恐兵連禍結(jié)，竟無(wú)已時(shí)；于沿海大局關(guān)系非淺?！?/p>

李鴻章的建議倒是立即引起了總署的高度重視，在這個(gè)指導(dǎo)方針下，恭親王與文祥進(jìn)行了宮廷說(shuō)服活動(dòng)，終于在5月14日（三月二十九日）請(qǐng)到諭旨，命沈葆楨巡查臺(tái)灣，并通過照會(huì)責(zé)難日本背約。

應(yīng)該說(shuō)，這個(gè)決策過程本身還是很高效率的，可惜因?yàn)檎w的情報(bào)傳輸系統(tǒng)的遲滯而大打了折扣。日軍已經(jīng)登陸，美英也自行與日本劃清界限，李鴻章的未雨綢繆全成了事后諸葛亮。

定計(jì)之后又十幾天的時(shí)間，清廷從中央到地方再次無(wú)所作為。又要遲到5月29日（四月十四日）才正式任命船政大臣沈葆楨為欽差辦理臺(tái)灣等處海防兼理各國(guó)事務(wù)大臣，“所有福建鎮(zhèn)道等官，均歸節(jié)制。江蘇、廣東沿海各口輪船準(zhǔn)其調(diào)遣”。但是，當(dāng)時(shí)福建全省武備稀松，臺(tái)灣更是只有兩營(yíng)兵力。沈葆楨固然可以隨時(shí)去臺(tái)灣，可是無(wú)兵無(wú)槍無(wú)炮，在日軍已經(jīng)登陸的情況下，就靠他帶著幾個(gè)幕僚、兩艘輪船，自然阻止不住日軍的行動(dòng)。

更不可思議的是，5月14日發(fā)出的抗議照會(huì)系由一名雇傭的英國(guó)人送往日本，此君在上海遷延一月，直到6月4日（四月二十日）才把這份照會(huì)送到日本外務(wù)省。與此同時(shí)，臺(tái)灣地方官員倒是在始終密切監(jiān)視日軍的一舉一動(dòng)，主角還是王懋功與郭占鰲。從登陸日開始，每天日本艦船的進(jìn)入口數(shù)量、協(xié)助人貨的詳情以及日軍的行動(dòng)，這二位始終在認(rèn)真觀察，詳細(xì)記錄，逐日上報(bào)。可惜，由于缺乏有效的通訊手段，他們盡職盡責(zé)的成果是注定無(wú)法為總署與李鴻章的決策做參考了。而臺(tái)灣本島由于缺乏現(xiàn)代陸海力量，同樣無(wú)法采取有效行動(dòng)，也只有對(duì)日軍的行動(dòng)認(rèn)真觀察，詳細(xì)記錄，逐日上報(bào)！

如此又拖到6月9日（四月二十五日），清廷才又發(fā)出上諭，指示南北洋大臣與沿海督撫協(xié)助沈葆楨武力增援臺(tái)灣。而日軍卻早在5月22日（四月初七）已經(jīng)展開了針對(duì)番社的軍事進(jìn)攻！