在北大，最高的權(quán)力者并非校長蔡元培，最高決策機構(gòu)是教授組成的評議會，重大事情都在評議會上決定。這就給教授們管理學(xué)校創(chuàng)造了條件。北大那么有活力，一個重要因素便是教授參與了決策。

1923年6月24日，蔡元培又一次辭職離開時，寫信給北大學(xué)生：“北大校務(wù)，以諸教授為中心。大學(xué)教授由本校聘請，與北京政府無直接關(guān)系，但使經(jīng)費有著，盡可獨立進行。”

同一天，他給北大教職員的信里說：“五月以來，北大校務(wù)，賴評議會維持辦理……董事會未成立之前，擬請教務(wù)長、總務(wù)長與各組主任會設(shè)委員會，用合議制執(zhí)行校長職務(wù)，并請委員會公推主席一人代表全權(quán)。照此進行，似無窒礙。合諸先生學(xué)理、經(jīng)驗之所具，而益以和衷共濟之精神，以運用于北京大學(xué)積年改進之組織，區(qū)區(qū)校務(wù)，游刃有余。培一人之去就，又何關(guān)輕重耶？”

7月5日，北大評議會寫信給他，校長還是要他完全負責(zé)，他未回校前，或由個人，或委請機關(guān)負責(zé)，由他決定。12日，他回復(fù)北大評議會，前信主張以合議制執(zhí)行校長職務(wù)，征集各方意見，均不贊成，他愿取消前議，主張請個人負責(zé)，還是請蔣夢麟代理。

1926年4月25日，北大教授、紹興老鄉(xiāng)周作人給他寫信說：“‘教授治?！藶楸贝笾亻L，使校長不妨?xí)弘x之原因?！钡€是希望他能回到北大，“與北大前途關(guān)系至大”。5月15日，蔡元培回信表示，自己對于北大，既不能脫離，而久曠職守，慚愧萬分。但是，他再也不想回北大了。

既然實施科學(xué)教育，尤要普及美術(shù)教育

1927年蔡元培被任命為中華民國大學(xué)院院長，為實行全國范圍的教育救國，他在中國推行大學(xué)區(qū)。1928年他將北大劃入北平大學(xué)區(qū)范圍，“于是我的北京大學(xué)校長的名義，始得取銷”。蔡元培的教育救國、學(xué)術(shù)救國是成功的，那時期的北大，很多學(xué)子都成為國之棟梁。許智宏說：“蔡先生倡導(dǎo)一所大學(xué)應(yīng)與整個國家和社會的命運緊緊相連，這一思想至今仍具有深遠意義?！庇终\如金耀基所說:“蔡先生實不止屬于北大的，他是屬于整個學(xué)術(shù)界文化界的?！?/p>

蔡元培任大學(xué)院院長時，籌建中央研究院，李四光、竺可楨、梁思成、陳寅恪、李濟等群英麇集麾下。他架構(gòu)起中國現(xiàn)代科技體制，但又強調(diào)“文化進步的國民，既然實施科學(xué)教育，尤要普及美術(shù)教育”。

蔡元培是在中國提出美育的第一人，他的“以美育代宗教說”聞名于世。社會正在變革的時期，蔡元培推動了美育極大的發(fā)展，他是做這個事情取得效果最大的一個個人。

在北大時，蔡元培就將藝術(shù)與美育納入北大教育系統(tǒng)，開設(shè)美學(xué)和美術(shù)史，親講美學(xué)。誠如他言：“十年，我講了十余次，因足疾進醫(yī)院停止?！?/p>

蔡元培更是“欲謀全國藝術(shù)之普及”。徐悲鴻、劉海粟和林風(fēng)眠，無一例外均得助于蔡元培的提攜。蔡元培在法國就慧眼識中林風(fēng)眠，資助其生活。1928年更是不拘一格任命28歲的林風(fēng)眠為國立藝術(shù)院首任院長，造就中國最年輕的一位大學(xué)校長。民國著名女畫家、蔡元培最疼愛的女兒蔡威廉也任教于國立藝術(shù)院。教務(wù)長林文錚娶了蔡威廉后，蔡元培對女婿說：“你不要從政做官，把一生精力投放在藝術(shù)事業(yè)中去，就在這里干一輩子，幫助林風(fēng)眠把學(xué)校辦好，他一個人是很難辦下去的?！?/p>

雕塑家劉開渠原本是國立北京美術(shù)學(xué)校西畫系畢業(yè)生，在大學(xué)院當(dāng)抄寫員。他對蔡元培說自己想出國學(xué)雕塑。1928年蔡元培就將他以“駐外著作員”身份派往巴黎，月薪80元。他在巴黎國立美院學(xué)業(yè)有成時，蔡元培又適時來信：“國內(nèi)的雕塑事業(yè)需要人才”。他的召喚使劉開渠1933年歸國，后來成為新中國雕塑事業(yè)的奠基人。