馬相伯為復旦公學校長，留美的李登輝主持校務，由學生葉仲裕、于右任、邵力子等分管學校行政，仍和震旦一樣實行學生自治制度。馬相伯提倡的“學術獨立，思想自由”后來被寫入復旦校歌之中，成為復旦人基因的一部分。此時的馬相伯已經(jīng)捐出自己的全部財產(chǎn)，辦復旦的資金需要他和學生們到處籌集，66歲的馬相伯終于不再被國人懷疑他的愛國之情。

在接下來的33年里，他參與了另一所著名學府—輔仁大學的籌建。應蔡元培之請，他臨時擔任過北大校長，還通過一系列的公眾演講和文章?lián)斊鹆酥袊鐣牧夹摹?/p>

和復旦相比，震旦其實更像馬相伯心目中的理想大學即Academy。后來，馬相伯離開了復旦，僅僅享有創(chuàng)辦人的榮譽，但他從未放棄在中國建立一所理想大學的心愿。

1912年對馬相伯來說有兩件事值得一記：一是他出任臨時首都南京的第一任市長，他本人記憶最深的是“和幾百個雞毛帚周旋”。因為那時的革命軍將領的軍帽上都插著一根白色翎毛，故馬相伯對他們有此戲稱。他們互相爭功，馬相伯只好在其中斡旋。二是他北上北京，聯(lián)合章太炎、嚴復、梁啟超倡議建立效仿法蘭西科學院的“函夏考文苑”?！昂摹敝溉袊?，“考文苑”即馬相伯對Academy一詞的翻譯，指最高層次的學術組織，他認為考文苑有責任促進整個國家的文化和倫理道德的振興和改造，正是他“內(nèi)之以修立國民之資格，外以栽成有用之人才”的教育思想的體現(xiàn)。遺憾的是，在那樣的時代，這個理念太超前，“函夏考文苑”計劃還未真正推行就胎死腹中。

1913年，馬相伯與英斂之（英華、英若誠之父）在北京成立輔仁社。之前他們曾聯(lián)名向教皇上書倡議在北京建一所天主教大學。1925年輔仁大學成立。馬相伯參與其事，貢獻良多，英斂之請馬相伯北上出任輔仁校長一職，被他婉拒。與震旦和復旦不同，輔仁并不是他一手創(chuàng)建的教育事業(yè)。從嚴格意義上說，他的教育家生涯在輔仁之前就結束了。之后，我們看到的是一個活躍的救國領袖、一個愛國老人。

愛國老人

民國初年，在共和運動之中，被耶穌會士培養(yǎng)出的希臘西塞羅演講術讓馬相伯贏得“中國第一演說家”的盛譽。他來源于教會的自由平等博愛思想也為大批精英分子所推崇。

1918年，馬相伯發(fā)表了一篇名為《民國民照心鏡》的文章，提出在辛亥革命以前的中國是專制的，那個時候的愛國就等于忠君。他說，現(xiàn)在我們共和了，每個國民都是自己的主人，作為一個民國之民，每個人都應該有民國人民的覺悟，要把自己當主人翁。馬相伯的這番論點在20世紀初也并非主流，彼時十月革命成功，世界格局大風大浪，中國即將迎來五四運動，各種激進思潮蕩滌著青年人的思想。這讓“反躬自省，每個人都為自己負上責任的觀點”過于實在和平淡。

在當時寧愿相信領袖號召，大眾呼聲忽略自由意志的中國，馬相伯是不合時宜的。難怪他晚年常說一句話：“我是一條狗，叫了一百年，也沒有把中國叫醒。”他的很多觀念，在當時看起來相當?shù)募みM，甚至當今有些人還不能接受的所謂“全盤西化”的觀念，在他看起來都是普世價值。