1916年到1920年間，張元濟(jì)忙于圖書的出版經(jīng)營和管理工作，可謂心無旁騖。然而，他所服務(wù)的圖書作者都是思想文化界人士，他們的思想正處于一個活躍期，商務(wù)印書館在這個大背景下，求變還是墨守成規(guī)？

這個問題讓張元濟(jì)陷入思考。雖然張元濟(jì)不能算革命派或激進(jìn)派，但也并不守舊。從他之前對社會活動的參與就可以知道，他仍然希望通過維新的手段促進(jìn)國家的發(fā)展。只是，他更傾向于以一種溫和的、改良的方式推動國家進(jìn)步，而不是進(jìn)行翻天覆地的大革命。但在民國初年，這樣的想法不合時宜，人們對于革命更向往。

1918年6月，為了京館購地、津館營業(yè)等事情，張元濟(jì)從上海來到北京。這次在京，張元濟(jì)除了中途短暫回了一次上海，足足停留了兩個月。他會見了諸多的新老朋友，包括蔡元培、陳獨秀、胡適、沈鈞儒、沈尹默、王寵惠、孫寶琦、章士釗、嚴(yán)復(fù)等，這其中既有新派人物，也有多位在北洋政府當(dāng)過大官的守舊派。

在北京大學(xué)，張元濟(jì)聽取了陳獨秀、胡適等人關(guān)于商務(wù)教科書改定的意見，同時表示愿意出版通俗教育類的書籍。不久后，商務(wù)就推出了《北京大學(xué)叢書》。張元濟(jì)還接受沈尹默關(guān)于教科書改白話文的建議，從1919年起出版《新體國語教科書》，這是國內(nèi)第一本白話文教科書?？梢姀堅獫?jì)并不屬于故步自封的保守派。

當(dāng)然，因為是舊文人，張元濟(jì)對古籍的興趣從來沒有減弱。他在北京和老派學(xué)者辜鴻銘還有接觸，雖然知道辜是個爭議性人物，但因為其學(xué)問，張元濟(jì)仍然打算出版他的文集?？梢哉f在張元濟(jì)這里，海納百川、兼容并包，新派老派都可以接受，只要對社會有利。

五四運動的爆發(fā)，給整個中國帶來極大震動。張元濟(jì)在這場運動中的反應(yīng)很快，他和館內(nèi)的老朋友高夢旦商量后，決定對商務(wù)印書館的多個刊物進(jìn)行改組，起用新主編。商務(wù)當(dāng)時頗有名氣的刊物有《小說月報》、《東方雜志》、《婦女雜志》等，這幾個雜志全部讓有新潮思想的人來主持。其中《小說月報》的影響最廣最大，張元濟(jì)、高夢旦與鄭振鐸商量后，選定沈雁冰（茅盾）改組《小說月報》。茅盾日后回憶說：“后來我才知道，張菊生（張元濟(jì)）和高夢旦十一月初旬到過北京，就和鄭振鐸他們見過面，鄭要求商務(wù)出版一個文學(xué)雜志，而由他們主編（如《學(xué)藝雜志》），張、高不愿出版新雜志，但表示可以改組《小說月報》，于是鄭等就轉(zhuǎn)而主張先成立一個文學(xué)會，然后再辦刊物。張、高回上海后即選定我改組《小說月報》?！边@本雜志改版后，很受讀者歡迎，銷量持續(xù)增長。

盡管張元濟(jì)努力跟上形勢，但無論如何，他不是個愛顯露鋒芒的人。1920年年初，商務(wù)印書館就遭到孫中山的抨擊。當(dāng)時《孫文學(xué)說》的書稿送到商務(wù)，卻遭到退稿，孫中山十分氣憤，發(fā)表了一封公開信，說商務(wù)不但在行業(yè)內(nèi)把持壟斷地位，而且所出的書籍都帶有保皇黨的氣味，對于新思想的著作都不愿意出版。后來張元濟(jì)解釋說：“當(dāng)時不肯承印，實因官吏專制太甚，商人不敢與抗，并非反對孫君。”后來，《孫文學(xué)說》及《獨秀文存》、《胡適文存》都由一家新出版社——亞東圖書館出版。