這時(shí)王云五已經(jīng)58歲。他以經(jīng)濟(jì)管理專(zhuān)家自任，標(biāo)榜自己“不是去做官，而是去做事”。但因蔣介石發(fā)動(dòng)全面內(nèi)戰(zhàn)，經(jīng)濟(jì)蕭條，物價(jià)飛漲，經(jīng)濟(jì)部無(wú)力管制，王亦束手無(wú)策。第二年，他又升任為行政院副院長(zhǎng)。

1948年5月，“行憲內(nèi)閣”成立，王云五參加“ 行憲國(guó)大”，任行政院政務(wù)委員兼財(cái)政部長(zhǎng)。當(dāng)時(shí)，國(guó)民黨軍事、政治和財(cái)政經(jīng)濟(jì)面臨全面崩潰之勢(shì)。為挽救瀕于崩潰的經(jīng)濟(jì)，他在蔣介石的授意下，提出幣制改制方案，以金圓券代替法幣，限制物價(jià)，并獲通過(guò)執(zhí)行，但不久即遭到失敗。金圓券大幅貶值，成為歷史上最不值錢(qián)的紙幣之一。

王云五本非最高決策人，但卻是這一改革的始作俑者，故一時(shí)成為眾矢之的，遭到各方面的彈劾，被迫引咎辭職，悄然離開(kāi)南京去了廣州。

從做財(cái)政部長(zhǎng)到辭職，不過(guò)半年時(shí)間，可謂春風(fēng)得意地來(lái)，狼狽不堪地走。

由于王云五從政時(shí)位居國(guó)民政府高官要職，且一貫支持國(guó)民黨和蔣介石、積極反共，加之他設(shè)計(jì)的金融改革方案又鬧得天怒人怨，因此在1948年12月25日新華社發(fā)布的43名戰(zhàn)犯名單中，他被列為第15號(hào)戰(zhàn)犯。

無(wú)奈之下，王云五繼續(xù)南遷，到了香港。這時(shí)，蔣介石不斷帶信讓他去臺(tái)灣，1949年4月，王云五飛赴臺(tái)灣，面見(jiàn)蔣介石，他表達(dá)了繼續(xù)做出版社的意愿，蔣同意，并且撥款15萬(wàn)元新臺(tái)幣，作為新出版社華國(guó)出版社的開(kāi)辦費(fèi)。

年底，華國(guó)出版社在港、臺(tái)兩地同時(shí)開(kāi)業(yè)，王云五任社長(zhǎng)，另聘了幾個(gè)人做助理。這個(gè)出版社盡管是民營(yíng)的，但因?yàn)橛惺Y介石的撥款，因此必然在出書(shū)方針上堅(jiān)持反共立場(chǎng)，這一點(diǎn)王云五本人也不諱言。王云五的多種譯著由該社出版，大多是一些適應(yīng)冷戰(zhàn)需要的宣傳性讀物，沒(méi)有多少學(xué)術(shù)價(jià)值。

王云五在香港期間，除了做出版社，還領(lǐng)頭成立了“自由人”組織和《自由人》雜志，這些“自由人”均為反共人士，本想在王云五領(lǐng)導(dǎo)下大干一場(chǎng)，不成想他卻走了。王云五于1951年1月離開(kāi)香港，去往臺(tái)灣定居。

雖然到了臺(tái)灣，香港的事王云五也管著。1952年3月15日， 在臺(tái)“自由人”舉行全體會(huì)議，由王云五主持，將《自由人》刊物的立論態(tài)度定為：“除積極地主張民主自由，消極地反共抗俄外，并須維護(hù)現(xiàn)行憲法倡導(dǎo)議會(huì)政治”，“凡外界對(duì)臺(tái)灣有惡意攻擊影響國(guó)本時(shí)，應(yīng)予駁斥”，并增加刊物的新聞性和趣味性，以增加銷(xiāo)路。

1955年3月，《自由人》又捅了婁子，其所刊載的文章論及揚(yáng)子公司在上海時(shí)期的貪污案，批評(píng)了孔祥熙。國(guó)民黨當(dāng)局大為光火，決定直接干涉。在當(dāng)局的威逼下，王云五寫(xiě)信給《自由人》刊物在港負(fù)責(zé)人左舜生，通知?？瘺Q定。不料左舜生等人對(duì)國(guó)民黨的專(zhuān)制行為頗為反感，明確表示反對(duì)停刊。從此，香港“自由人”自行其是，不再受王云五、阮毅成等約束。