1937年盧溝橋事變發(fā)生，日本開始全面侵華。不久，北平淪陷。楊仲子的大名早已為日本侵略者當(dāng)局熟知，他們多次上門勸說其出來繼續(xù)辦音樂教育。好言相勸被拒絕后，日本當(dāng)局只好利誘，開出種種優(yōu)越條件任其選擇，也被其拒絕。日本侵略者當(dāng)局為此惱羞成怒，竟以刺刀相逼。是做一個(gè)亡國(guó)奴、漢奸音樂家，還是做一個(gè)愛國(guó)的保持高貴民族氣節(jié)的音樂家呢？楊仲子臨危不懼，義無反顧地選擇了后者。他一方面與日本侵略者周旋，一方面準(zhǔn)備只身秘密出走事宜。他托人賣掉心愛的鋼琴為妻子燕妮和兒子安排生活。不幾日，他購(gòu)置了長(zhǎng)衫，整理了盛著石頭和刻刀的小皮箱，喬裝成刻字匠人，由燕妮送至天津。年過半百的楊仲子，帶著一顆愛國(guó)之心，繞道香港、越南，經(jīng)云南、貴州到達(dá)戰(zhàn)時(shí)的陪都重慶，任重慶白沙國(guó)立女子師院音樂系主任兼教授。他全神貫注于音樂教育，不辭辛苦地編寫教材和教學(xué)曲目。他的心中只有音樂，即使生活條件簡(jiǎn)陋、物資匱乏，也沒有退縮。身穿陽(yáng)丹士林的長(zhǎng)衫大褂，和廣大師生住同樣的茅草房，點(diǎn)同樣昏暗的桐油燈。

從北京南下，輾轉(zhuǎn)漂泊大西南，楊仲子在抗日烽火的焙煉下，藝術(shù)觀和人生觀也逐漸發(fā)生變化。他掙脫了早年為藝術(shù)而藝術(shù)的唯美主義的影響，把目光轉(zhuǎn)移到災(zāi)難之中的中國(guó)之命運(yùn)。擔(dān)任國(guó)立音樂院院長(zhǎng)期間，非常重視民族音樂的學(xué)習(xí)和社會(huì)性的藝術(shù)實(shí)踐活動(dòng)。不但組織師生排演了曹禺的名劇《日出》，還走向社會(huì)舉辦音樂會(huì)，演出了《我所愛的大中華》《海韻》及應(yīng)尚能作曲的《荊軻》清唱?jiǎng)〉染哂忻裰鲪蹏?guó)思想的音樂作品。在困難的境況下，整個(gè)音樂院也辦得生機(jī)勃勃，有聲有色。