1927年，對于剛剛起步不久的北京音樂教育界來說，是災(zāi)難深重的一年。時(shí)北洋軍閥被奉系軍閥控制，走馬上任的教育總長劉哲，本是一個(gè)不學(xué)無術(shù)而又無知妄作的政客。一朝權(quán)在手，便把令來行。他以“音樂有傷風(fēng)化，無益于社會人心”為辭，下令取消音樂教育，解散北京大學(xué)音樂傳習(xí)所、北京藝術(shù)專門學(xué)院音樂系和北京女子大學(xué)音樂專科等機(jī)構(gòu)。在北京政府的暴力強(qiáng)權(quán)下，現(xiàn)代專業(yè)音樂教育之萌芽遭受嚴(yán)重摧殘。學(xué)生們被迫停課，眼瞅著正規(guī)音樂教育的大門重重關(guān)上，內(nèi)心苦痛。而音樂界人士，畏懼政府的報(bào)復(fù)，對此敢怒不敢言。作為北京音樂界巨子的楊仲子，置個(gè)人安危于度外，挺身而出，他聯(lián)合音樂界同仁及各方力量奔走呼號，在大家的努力下，北平國立女子文理學(xué)院音樂系得以留存。為了抗擊北洋政府對音樂教育所采取的這種暴戾恣睢的行為，更為了維護(hù)自己一手建立起來的近代音樂教育事業(yè)，楊仲子以《質(zhì)疑》為題，刊文北大“國樂改進(jìn)社”之《音樂雜志》上，向軍閥政府質(zhì)詢問難，為中國音樂教育界請命。全文從音樂的國際到國內(nèi)、歷史到現(xiàn)狀、學(xué)術(shù)到政治、文化到教育等十四個(gè)方面，闡明了在中國施行音樂教育的必要性與迫切性，并敦促當(dāng)局，對取消音樂教育負(fù)有解答之責(zé)，必須“將其所有正當(dāng)之理由，一一公布于世”。文章言辭激烈，正氣浩然，是一篇維護(hù)現(xiàn)代中國音樂教育生存權(quán)益的戰(zhàn)斗檄文，體現(xiàn)了一個(gè)現(xiàn)代專業(yè)音樂教育家所應(yīng)有的崇高品質(zhì)與開拓精神。

第二年初夏，張作霖的奉系軍隊(duì)被蔣介石國民黨軍隊(duì)擊敗，退居關(guān)外。這宣告了北洋軍閥政府統(tǒng)治的結(jié)束。北平國立各校紛紛張羅復(fù)校事宜。北大音樂傳習(xí)所及藝專音樂系也恢復(fù)了舊觀。北京音樂界決定借這大好時(shí)機(jī)，合并北京地區(qū)現(xiàn)有的音樂教育機(jī)構(gòu)改設(shè)音樂學(xué)院。楊仲子、劉天華和趙麗蓮三人被推舉為代表，向國民政府請?jiān)浮钪僮訁⒄帐澜绺鲊魳方逃壤?，并斟酌國?nèi)具體情形，詳盡地?cái)M具了《請并北京大學(xué)音樂傳習(xí)所、藝術(shù)專門學(xué)校音樂系、女子大學(xué)音樂?？疲脑O(shè)國立北平音樂學(xué)院計(jì)劃書》和《擬國立北平音樂學(xué)院組織大綱草案》。在《計(jì)劃書》和《草案》中，楊仲子除闡述建院理由、設(shè)備組織經(jīng)費(fèi)、院址等具體項(xiàng)目之外，還明確地提出了“介紹世界音樂及改革國樂，而養(yǎng)成音樂專門人才”的中西兼容的辦學(xué)宗旨。學(xué)科建設(shè)則按?？坪捅究品衷O(shè)理論、鋼琴、提琴、聲樂、國樂五系，并設(shè)專攻高級音樂的選科與研究科等等。在這些音樂教育諸項(xiàng)方案中，他突出地將改進(jìn)國樂、設(shè)立國樂系作為辦學(xué)的重要內(nèi)容。這些措施體現(xiàn)了他對我國傳統(tǒng)民族音樂文化與西方音樂文化歷史發(fā)展的正確認(rèn)識，也同時(shí)反映了他對我國民族音樂發(fā)展的偉大構(gòu)想。在此期間，他還婉拒了南京中央大學(xué)的電請，留守北平，以實(shí)現(xiàn)建立南北兩個(gè)音樂學(xué)院的愿望。后來音樂學(xué)院雖未成立，但歷史已經(jīng)證明，他對于辦學(xué)模式的構(gòu)想是合乎我國專業(yè)音樂教育發(fā)展規(guī)律和學(xué)科建設(shè)原則的。