在法蘭克福住了大約1年半后，王光祈來到柏林，在確立要用音樂喚起民族自覺的決心后，他先在一所?？茖W校補習鋼琴、小提琴與音樂理論，1927年轉(zhuǎn)入柏林大學音樂系，長達7個學期。1932年11月被波恩大學東方學院聘為講師，并于兩年后以《中國古代歌劇研究》一文獲得博士學位，他是我國第一位在西方獲得榮譽的音樂學家。他將目光匯聚在音樂史，開始思考音樂與國家、民族的關系，并一度熱情澎湃。

王光祈留德共16年，改習音樂13載，勤奮著述，卓有成就，陸續(xù)寫成音樂專著17本、論文40余篇。如《歐洲音樂進化論》《東西樂制之研究》（屬我國最早的，具有開創(chuàng)意義的比較音樂學著作）《德國國民學校與唱歌》《各國國歌評述》《東方民族之音樂》《中國詩詞曲之輕重律》《音學》《翻譯琴譜之研究》（向西人介紹中國古琴音樂的著作）《中國音樂史》《西洋名曲解說》《西洋音樂史綱要》等等。其中不少書著具有首創(chuàng)性和獨特的眼光，表現(xiàn)了王光祈獨到的音樂思想。他主張發(fā)揮音樂的社會功能，藉以振奮人心，以此發(fā)揚愛國主義精神。同時他還提出了發(fā)展民族音樂的具體辦法，洋溢著強烈的民族自豪感。他一生致力于改良中國社會，從改良國民的精神世界立場出發(fā)，從事音樂理論研究，試圖以研習音樂來達到他救國的目的，“欲借此以喚醒‘中華民族本性’，為抵抗外國文化侵略之工具”。在這個四處充滿音樂的國度，他感受到了音樂動人的力量，且深受德國人“非有音樂不能生活的境地”的熏染，認為改造中國，應先改造人心，而改造人心，則必須從恢復“禮樂”開始。這與中國儒家的“禮樂觀”相契合。“禮樂”與中華民族精神有著密切的關系，“禮樂不興，則中國必亡”。他敬慕孔子禮樂教化的思想，認為振興禮樂，可以改善社會人心，振奮國民精神，改造整個國家。他認識到音樂足以喚醒民族精神，使其日夜夢想的“少年中國”理想落到實處。王光祈認為，音樂是“最足引起‘民族自覺’之心”，具有“陶鑄‘民族獨立思想’之功”的藝術，因而特別強調(diào)“音樂化人”、“寓教于樂”。王光祈是思想家，他堅持認為世界應該建設出音樂人生觀，應該以音樂去培植人類的良知，以彌補法制社會的冷酷無情和種種弊端，王光祈是中國儒文化對外的主要傳播實踐者。四川音樂學院建有王光祈先生塑像和紀念碑亭，紀念這位在中國音樂史上占有重要地位的先人。

在德國短短的10多年中，即使生活十分艱苦，他在音樂研究方面依然涉獵廣泛，學過小提琴、鋼琴、音響學、和聲、樂律學、對位等音樂理論。此外，他還跟世界樂器學權威、德國著名音樂學家薩克斯學樂器學。