十二月初四（1865年1月1日），左軍中路黃少春進至漳州北溪，與高連升會同進攻李世賢。二十八日，閩粵清軍占領(lǐng)永定縣。同治四年一月二十四日（2月19日），清延建邵道康國器率軍攻占九龍江上下游咽喉要地——龍巖，切斷了李世賢與汪海洋兩軍的聯(lián)絡(luò)。二十七日，劉典、王德榜聯(lián)軍大破汪海洋之軍于連城新泉，使其精銳喪失過半。二月初四（3月1日），劉典、王德榜等占領(lǐng)汀州、連城間的南陽鄉(xiāng)，太平軍走上杭、永定。初七日（3月4日），劉典、工德榜又在上杭白沙擊敗汪海洋部。

三月初三日（3月29日），李世賢派軍分由崎下橋、北尾橋、打鼓山出城進攻，被黃少春、高連升等部擊敗。

二月初，李鴻章派郭松林、楊鼎勛兩軍8 000人（配有洋槍）坐輪船由海道援閩，分別于三月初五、三月十七日抵廈門。左宗棠令其分道進海澄、漳浦，以攻漳州府南。十六日，郭松林聯(lián)合高連升、黃少春擊敗李世賢部。十八日，李世賢屢攻清軍漳州以北營壘，均被擊退。左宗棠再調(diào)劉明燈五營取道福州，由興、泉赴安溪，增加進攻漳州兵力。他本人也于四月十五日（5月9日）抵福州，就近督戰(zhàn)。四月中旬，淮軍郭松林、楊鼎勛等，左軍王德榜等分別在漳州南面和西北擊敗太平軍，合圍漳州府城。二十一日（5月15日），高連升、黃少春見烏頭門與東北樓內(nèi)的寨勢成掎角之勢，認(rèn)為要想攻克漳城，必先破樓內(nèi)的賊寨；想取得樓內(nèi)，必先破烏頭門的賊壘，于是會商劉清亮、王德榜、郭松林、楊鼎勛各軍，分路齊進，烏頭門十四壘被次第攻毀。太平軍傷亡慘重，余部向南靖退卻。各軍乘機攻城，李世賢率軍巷戰(zhàn)不勝，由西門撤出。至深夜，各軍陸續(xù)入城，太平軍在閩南的重要根據(jù)地漳州陷落。次日，南靖也被追擊而至的王德榜軍會同劉典軍攻陷。

三月下旬，劉典、康國器分路進攻汪海洋部。四月中旬，汪海洋南走廣東大埔（舊治在今大埔縣以北），因遇廣東清軍阻擊，又折回閩南。四月二十五日（1865年5月19日），汪海洋、李遠繼、譚體元兵分七路進攻永定，清軍在獅龍嶺伏擊獲勝，翌日再戰(zhàn)，汪海洋再敗，損失嚴(yán)重，后撤向西北，據(jù)守上杭、中都一帶。永定解圍。這一仗，康國器以八千之眾擊敗太平軍七萬人，主要靠抬槍之力，熟悉地形。左宗棠對康國器以少勝多，予以嘉獎。

李世賢撤出漳州后，即退向粵閩交界的平和縣，王德榜、高連升、黃少春等部清軍緊追不舍，太平軍傷亡頗眾。四月二十七日（5月21日），淮軍郭松林、楊鼎勛兩部，相繼攻陷漳浦縣城，五月初一日（5月25日），再陷云霄廳及福建東南端的詔安。五月初二（5月26日），康國器派康熊飛各營會同王開琳部截擊，李世賢軍大敗，降者達萬余人，李世賢帶傷連夜率十?dāng)?shù)騎乘馬過河逃脫，其軍散亡略盡。次日，楊鼎勛等軍分路追殺，宗王李學(xué)金戰(zhàn)死，天將何春貴等率余部兩萬余人降于王開琳。來王陸順德、天將林正揚率部撤入廣東境內(nèi)，五月初七（6月2日），占領(lǐng)鎮(zhèn)平縣。至此，閩南太平軍只剩下汪海洋一軍數(shù)萬人，在上杭、中都一帶活動，于是清軍追剿太平軍余部的主要戰(zhàn)事從福建轉(zhuǎn)入廣東。