同治四年（1865年）初，左宗棠加緊調(diào)集各路人馬進(jìn)攻太平軍。江蘇巡撫李鴻章派郭松林、楊鼎勛兩軍由蘇援閩，抵達(dá)廈門。四月十五日（5月9日），左宗棠來到福州。調(diào)黃少春、王德榜率楚軍會同郭松林、楊鼎勛部淮軍猛攻漳州，李世賢向西南敗走。汪海洋部在永定、上杭等地連戰(zhàn)失利，不得已離閩入粵，占廣東鎮(zhèn)平縣（今蕉嶺）。汪海洋在鎮(zhèn)平筑營一個多月后，李世賢于六月底至汪海洋處，卻被汪殺害，實在令人痛惜。此時清朝方面則集中了來自福建、廣東、江西三省的軍隊對鎮(zhèn)平形成圍困之勢。汪海洋突出重圍，一度進(jìn)入江西，后又轉(zhuǎn)進(jìn)廣東，攻占嘉應(yīng)州（今梅縣市）城，并決計在此死守。左宗棠則一面調(diào)兵遣將圍攻嘉應(yīng)州，一面行抵廣東大埔親自督戰(zhàn)。清廷也發(fā)布上諭令左宗棠節(jié)制廣東、福建、江西三省軍隊，授予他“節(jié)制三省之責(zé)”。

隨著戰(zhàn)局的變化，左宗棠的指揮部也步步前移，同治四年五月初十，進(jìn)抵漳州。汪海洋部撤入廣東后，左宗棠一面嚴(yán)令部下緊追，一面派康國器率部5 000入粵夾擊。同年閏五月二十三日（7月25日），汪海洋與康國器交戰(zhàn)失利，退回鎮(zhèn)平。左宗棠令高連升、黃少春、劉清亮等在距鎮(zhèn)平數(shù)十里處扎營，汪海洋則在鎮(zhèn)平城外分筑30余壘，收稻積谷，準(zhǔn)備長期據(jù)守。于是左宗棠在城外部署了四支清軍：以康國器、關(guān)鎮(zhèn)邦攻鎮(zhèn)平東南；高連升、黃少春、劉清亮嚴(yán)扼閩粵武平邊境，堵住太平軍北上之路；劉典、王德榜兩軍分屯福建上杭、武平，作為第二道堵截線，并飭粵軍扼鎮(zhèn)平西南，準(zhǔn)備一舉消滅汪海洋部太平軍。

關(guān)于李世賢的下落，史料記載不一。陳坤的《粵東剿匪紀(jì)略》一書，根據(jù)被俘太平軍士卒的供詞，認(rèn)為李世賢是戰(zhàn)敗自刎而死。清同治四年八月二十三日（1865年10月12日），左宗棠的奏報說：

臣等前據(jù)各軍紛據(jù)逃出賊目稟報，李世賢自永定敗潰后，夜半偷渡，隨行溺斃數(shù)人，復(fù)鳧水上岸，割去須發(fā)逃匿山中，以其能操漳州土音，遂詭稱漳州難民，人無知者。于是夜行晝伏，至六月二十八日，只身逃至鎮(zhèn)平縣，請民人送信汪逆。汪逆率黨郊迎，并馬同入縣城。因其舊黨百余人泣訴汪逆猜狠之狀，心不善之。汪逆前曾藉詞不救侍逆，殺其黨李元茂等，茲見李世賢至亦不自安，遂于七月初三夜，密遣從黨四人乘李世賢酣臥時殺之，并殺其舊黨偽王宗、偽天將、偽朝將等五人，傳示各賊館，揚(yáng)言侍逆已降官軍，茲入鎮(zhèn)平，復(fù)結(jié)黨圖為內(nèi)應(yīng)也。臣等猶恐所聞不確未敢遽以入奏，茲鎮(zhèn)平克復(fù)之后，詢之降人難民，所言皆同，并見汪逆所貼偽示中，有侍王心懷險毒，不得已而行此法等語，則侍逆之輾轉(zhuǎn)求生而卒遭汪逆毒手，實無可疑。

閱左宗棠這份奏報有根有據(jù)，其可信程度比起陳坤的記載更高一些。李世賢不僅是一位身經(jīng)百戰(zhàn)的杰出將領(lǐng)，而且也是當(dāng)時長江以南太平軍的最高統(tǒng)帥。英國人維里塔斯在《漳州訪問記》中，對李世賢作了如下描述：

侍王似乎是一位有巨大才干的人。就一個中國人來說，似乎很精通外國政治……他現(xiàn)年三十一歲，短小、強(qiáng)壯，身材相稱，他的臉面被曬得很黑……由他攻取漳州城的手段來看，不得不承認(rèn)他是一個戰(zhàn)略家，并且有顯著的軍事才能。

可見，漳州雖已失守，但是如果太平軍將士能夠同舟共濟(jì)，一致對敵，還是有一線復(fù)興希望的。只可惜，在此危急時刻，他們?nèi)匀恢貜?fù)自相殘殺的悲劇，其結(jié)局自然是必敗無疑了。李世賢被害后，來王陸順德也在粵東長樂（今五華）被叛徒林正揚(yáng)所執(zhí)，送清營，不屈而死。七月十三日（9月20日），由贛至粵參戰(zhàn)的鮑超所部霆軍提督婁云慶在鎮(zhèn)平、大柘，擊敗佑王李遠(yuǎn)繼。汪海洋則集中兩萬兵力進(jìn)高思，康國器埋伏精銳于山嶺間，用抬槍轟擊太平軍，汪海洋左腕被抬槍擊傷，全軍大亂。