1937年9月23日，蔣介石發(fā)表了為公布國共兩黨合作宣言的談話，承認了中共的合法地位和國共合作抗日的事實。國共合作的極大變化和國民黨沒有起變化的國內(nèi)統(tǒng)治政策的矛盾，一方面導致了統(tǒng)一戰(zhàn)線中長期的糾紛、磨擦，甚至武裝沖突，同時也形成了國共兩黨在共同對日抗戰(zhàn)的前提下，兩個政權(quán)、兩種軍隊和基本區(qū)分為兩個戰(zhàn)場的局面。這種已經(jīng)變化了的和尚未變化的兩者間的矛盾，在何應欽身上反映得尤其突出。他對國共合作抗日的變化極不適應，而對沒有起變化的國民黨的國內(nèi)統(tǒng)治政策因襲如故。即使在七七事變爆發(fā)到武漢失守這段時間，國民黨總的來說是比較積極抗日的，但何應欽卻總跟不上抗日的形勢。盡管如此，在正面戰(zhàn)場大潰敗和國共合作的大環(huán)境下，何應欽確實也做了一些有利于國民黨軍抗戰(zhàn)的事情。

何應欽被人們稱為蔣介石的大管家。七七事變后，他實際擔負了國民黨軍政工作重心由內(nèi)戰(zhàn)軌道轉(zhuǎn)向抗戰(zhàn)軌道的總設計任務。不過，如管家須視主人的意圖辦事一樣，何應欽的一切動作都聽命于蔣介石。他在主持國民政府軍事機關(guān)33次會報的基礎上，參與制定了國民政府大本營《國軍戰(zhàn)爭指導方案》、《國軍作戰(zhàn)指導計劃》等有關(guān)正面戰(zhàn)場初期防御作戰(zhàn)及影響八年抗戰(zhàn)的指導方針，明確“為求我中華民族之永久生存及國家主權(quán)領(lǐng)土之完整，對于侵犯我主權(quán)領(lǐng)土與企圖毀滅我民族生存之敵國倭寇，決以武力解決之”的抗日基本國策，并確認了“大本營對于作戰(zhàn)指導，以達成‘持久戰(zhàn)’為基本主旨”的戰(zhàn)略原則。在7月22日成立的國家總動員設計委員會中，何應欽擔任主任委員，主持統(tǒng)一籌劃關(guān)于糧食統(tǒng)制、資源統(tǒng)制、交通統(tǒng)制、民眾組織與訓練、各地衛(wèi)生機關(guān)及人員材料的統(tǒng)制、金融財政的籌劃等項繁雜棘手的工作，不能謂毫無成效。

抗戰(zhàn)初期正面戰(zhàn)場的許多重大戰(zhàn)役，他是決策人物之一。在全面抗戰(zhàn)開始后的第一大戰(zhàn)役，同時也是八年抗戰(zhàn)中“犧牲最大、戰(zhàn)斗最慘”的淞滬戰(zhàn)役中，許多無謂的犧牲本可以避免而竟然發(fā)生，何應欽至少在兩個方面應承擔責任：一是不敢拂逆蔣介石之意，阻止或至少提醒蔣不要一意孤行，未盡參謀之責。蔣親自指揮淞滬之戰(zhàn)，既不知己，也不知彼；既不善使將，也不善用兵，徒逞“要把敵人趕下黃浦江去”的意氣。何應欽明知堅守不設防的三角地帶，我陸上的優(yōu)勢盡被敵海、空軍及重火器所壓倒，難以施展。從政治上考慮，抵抗是必要的，但到一定時候就應該主動撤至事先已構(gòu)筑好的吳福、錫澄兩國防線，憑工事拒守，以消耗敵人，遲滯其前進。何應欽既害怕蔣介石不容人置喙的專斷，又迎合這種做給英、美集團看而不惜自殺似的虛驕。直到日軍從杭州灣登陸成功，合圍之勢將成，前線已崩潰的被動時刻，才下令全線撤退，以致難以收束。二是何應欽自就任軍政部長以來，在1934至1938年的整軍備戰(zhàn)計劃中，修筑了他曾引以為得意之作的吳福、錫澄國防線。為準備淞滬抗戰(zhàn)，亦耗費巨資在上海外圍構(gòu)筑工事。這些工事由于承包商與經(jīng)辦人的通同作弊，質(zhì)量極差，有的幾與水溝無異。不少中國士兵便是浸泡在水溝似的工事中與日寇拼死作戰(zhàn)。何應欽多年備戰(zhàn)，整頓和加強江海防要塞的結(jié)果，卻是對杭州灣這個在東戰(zhàn)場具有重要意義的地方，竟疏忽到如此地步：“在全公亭只有某師的一連炮兵，在金山衛(wèi)只有一些壯丁?！薄霸诋敃r只要抽調(diào)一師或者一團的兵力”駐守這兩處，“敵人便無法實現(xiàn)它的戰(zhàn)術(shù)”。這種連消極防御也夠不上的失誤，是何應欽通盤作戰(zhàn)計劃中不應有的疏忽。戰(zhàn)前曾計劃抵抗到一定時候，全線撤至吳福、錫澄線繼續(xù)抵抗。這道長約50公里的國防線是耗巨資用鋼筋混凝土構(gòu)筑，還修建了不少半永久性的工事。