他回國不久，麥卡錫主義在美國國內掀起了反共浪潮，追究“是誰丟失了中國”，追查國務院中“通共”的駐華外交官。他和謝偉思、戴維斯、文森特等幾個駐中國的外交官，都受到了美國非美活動委員會的審查和迫害，蒙受了冤案。

朝鮮戰(zhàn)爭開始后，在中央情報局未能料到中國軍隊出兵朝鮮而被指責失職的情況下，由于柯樂布竟然能準確地預測新中國出兵朝鮮，被懷疑有“通共”嫌疑而被列入特別調查的黑名單。

1951年6月間，美國國務院的忠誠審查委員會給了柯樂布一張具體指控清單。清單中開列了多種“通共”的罪行的指控，并都標明有“證據(jù)確鑿”的字樣。清單中有這樣的內容：

1. 在1931年至1934年間，在中國漢口與共產黨人有交往；

2. 從1932年至1934年間，以贊同的態(tài)度看待共產主義的某些方面；

3. 從1934年至1935年間，在中國北平，有明顯的“粉紅色”傾向；

4. 在30年代初期，對某些共產主義原則有明顯的偏愛；

5. 從1935年至1937年，對蘇聯(lián)和共產主義持友好態(tài)度；

6. 1940年，在中國上海，百分之百地親共；

7. 同下述各類人有（或有過）密切的和慣常的交往：安娜?路易絲?斯特朗、史沫特萊、埃德加?斯諾、馬海德、符拉基米爾?米基耶夫、克勞德?巴斯等。

以上說的都是所謂“證據(jù)確鑿”的，他被迫去翻那些發(fā)黃的舊報紙寫材料，也被迫交出了自己的日記。當然，他為此寫了好些文字來進行解釋。

這份指控清單中也有一部分是屬于“尚待證實”的，其中有一條，就是指控他1949年在北平擔任總領事期間，在“維護美國的權利和財產不受共產黨人侵害方面不力”。

當時新中國中央新聞紀錄片廠的攝影師拍了一段原美國駐北平總領事館降旗儀式的紀錄片，鏡頭中有中美雙方有關人員在場。他的日記中記述了他在離開北平的總領事館時，“將每個房間的鑰匙都插在鎖眼里，并事先降下了國旗，拒絕在共產黨提供的移交房產聲明上簽字”等等。

這段紀錄片與這段文字給問罪者留下了把柄。

他只好在給審查委員會的解釋中說，北京紀錄片里“降旗儀式中的柯樂布，不知道是誰扮演的”。他自己并解釋說，在共產黨占領北平后，他在維護美國權利和資財上只是“太缺乏靈活性了”。

他曾經請同時期在北平的武官包瑞德上校作證，看他（柯樂布）是不是一個可靠的人物。包瑞德雖說已經比他提前兩個月，于1950年2月間離開北京回國，當然無法參加總領事館的降旗儀式，就對審查委員會作證說：

“我一向認為他這個人可靠，只是可靠到了令人討厭的地步?！?/p>

原美國駐北平總領事埃德蒙?柯樂布先生，一個曾經忠于職守的美國駐華外交官，經過了使他戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢而為期半年多的審查，終于在1951年底得到了一件“圣誕禮物”：國務院忠誠審查委員會聲稱，雖然沒有理由懷疑他的忠誠，但是委員會已經斷定他是一個危險人物，因此須離開駐外處這個國務院的重要機構。

柯樂布被迫退休了，但并沒有閑著，經歷、學識和勤奮使他成為一個歷史學家與中國問題專家，并普遍受人尊敬。在華盛頓有評論說：“他的著作《二十世紀的中國》以及《中國和俄國》，使一切嚴肅的學者所涉足的圖書館的書架都為之生色不少。”

1972年尼克松總統(tǒng)訪華之后，美國外交學會于1973年1月30日，在國務院八樓莊嚴的富蘭克林大廳舉行午餐會，宴請在40年代曾經如實地報告情況的誠實正直的外交官。有人說：“想想以前，現(xiàn)在在電視與照片上看到尼克松總統(tǒng)和毛澤東主席雙雙坐在一對沙發(fā)上，怎能不由衷地意識到，事實確實比虛構更加不可思議嗎？”

71歲的柯樂布也到會了，他感慨萬分，在掌聲中說：“到這里來我很高興。我必須坦誠地說，對這種可能性我以前連想都沒有想過?！?/p>