光緒八年，云南報銷案起，王文韶以樞臣掌戶部，臺諫爭上其受賕狀，上方意任隆密，乃援乾隆朝梁詩正還家侍父事，請令引嫌乞養(yǎng)，不報；又兩疏劾之，遂罷文韶，而擢佩綸署左副都御史，晉侍講學士。明年，法越構(gòu)釁，佩綸章十數(shù)上，朝廷始遣兵征土寇、綴敵勢，法人不便其所為，佯議和，而陰使人攻陷南定。佩綸請乘法兵未集，敕粵督遣水師護越都，而樞臣狃和局，慮佩綸梗議，令往陜西按事。已而法果襲順化，脅越與盟，越事益壞。使歸，命在總理各國事務(wù)衙門行走。

十年，法人聲內(nèi)犯，佩綸謂越難未已，黑旗猶存，萬無分兵東來理，請毋罷戍啟戎心，上韙之。詔就李鴻章議，遂決戰(zhàn)，令以三品卿銜會辦福建海疆事。佩綸至船廠，環(huán)十一艘自衛(wèi)，各管帶白非計，斥之。法艦集，戰(zhàn)書至，眾聞警，謁佩綸亟請備，仍叱出。比見法艦升火，始大怖，遣學生魏瀚往乞緩，未至而砲聲作，所部五營潰，其三營殲焉。佩綸遁鼓山麓，鄉(xiāng)人拒之，曰：“我會辦大臣也！”拒如初。翼日，逃至彭田鄉(xiāng)，猶飾詞入告，朝旨發(fā)帑犒之，命兼船政。嗣聞馬尾敗，止奪卿銜，下吏議。閩人憤甚，於是編修潘炳年、給事中萬培因等先后上其罪狀。時已坐薦唐尚、徐延旭褫職，至是再論戍。

居邊釋還，鴻章再延入幕，以女妻之。甲什戰(zhàn)事起，御史端良劾其干預(yù)公事，命遂回籍。庚子議和，鴻章薦其諳交涉，詔以編佐辦和約。既成，擢四品京堂，稱疾不出。三十四年，卒。

《清史稿·論》曰：（黃）體芳、寶廷、佩綸與張之洞，時稱翰林四諫，有大政事，必具疏論是非，與同時好言事者，又號“清流黨”。