光緒二十八年（1902年）七月，由張元濟、高夢旦、莊俞、蔣維喬等11人編寫的初小、高小《最新教科書》開始出版發(fā)行。七月，由蔣維喬所編《最新國文教科書》捷足先登，至十月，全書16種、教授法10種先后編成面世。此系列教科書一經(jīng)出版，便勢不可當(dāng)，發(fā)行后幾日內(nèi)便被搶購一空，一炮打響。為后來書館事業(yè)大展鋪平了道路。當(dāng)時雖有二三家出版商亦推出似教科書非教科書者數(shù)種，然水平較低，不完不備。而商務(wù)出版的《最新教科書》，乃依照學(xué)部頒發(fā)之《學(xué)堂章程》，且緊密結(jié)合當(dāng)時社會實際，吸取西方文化有益部分，編出各科目所急需的新式教科書。在毫無成例無現(xiàn)成公式可依的情況下，可謂橫空出世，獨步神州。是年，由陳獨秀所纂《萬國地理新編》，亦由商務(wù)印書館出版發(fā)行，受到廣泛歡迎。

元濟十分注重女子教育。其時，新文化風(fēng)氣初開，各學(xué)校采取男女兒童分校教授之法。商務(wù)印書館針對這一實際，光緒三十年（1904年），由高夢旦、莊俞、張元濟、蔣維喬等六人所編《女子修身教科書》出版發(fā)行。根據(jù)部定《女學(xué)章程》之要求，以符合女生特點為特色，推出《女子修身》、《國文》課本兩個系列，其中初小兩種、高小三種、教授法四種。同時編寫中等師范用書多種。

光緒三十二年（1906年）七月，清廷下詔實行“預(yù)備立憲”。元濟再次入京，任職學(xué)部。宣統(tǒng)三年（1911年）六月，學(xué)部奏設(shè)中國教育會，以狀元公張謇為會長，元濟為副會長。七八月間，中國教育會議召開，在元濟的主持下，會議討論議案多達六十五種。雖不久因清廷鼎覆未遑落實，但此番新舊教育觀念大交鋒之教育盛會對民國初年的教育改革影響之深刻不容低估。