光緒二十八年（1902年）七月，由張?jiān)獫?jì)、高夢(mèng)旦、莊俞、蔣維喬等11人編寫的初小、高小《最新教科書》開始出版發(fā)行。七月，由蔣維喬所編《最新國(guó)文教科書》捷足先登，至十月，全書16種、教授法10種先后編成面世。此系列教科書一經(jīng)出版，便勢(shì)不可當(dāng)，發(fā)行后幾日內(nèi)便被搶購(gòu)一空，一炮打響。為后來(lái)書館事業(yè)大展鋪平了道路。當(dāng)時(shí)雖有二三家出版商亦推出似教科書非教科書者數(shù)種，然水平較低，不完不備。而商務(wù)出版的《最新教科書》，乃依照學(xué)部頒發(fā)之《學(xué)堂章程》，且緊密結(jié)合當(dāng)時(shí)社會(huì)實(shí)際，吸取西方文化有益部分，編出各科目所急需的新式教科書。在毫無(wú)成例無(wú)現(xiàn)成公式可依的情況下，可謂橫空出世，獨(dú)步神州。是年，由陳獨(dú)秀所纂《萬(wàn)國(guó)地理新編》，亦由商務(wù)印書館出版發(fā)行，受到廣泛歡迎。

元濟(jì)十分注重女子教育。其時(shí)，新文化風(fēng)氣初開，各學(xué)校采取男女兒童分校教授之法。商務(wù)印書館針對(duì)這一實(shí)際，光緒三十年（1904年），由高夢(mèng)旦、莊俞、張?jiān)獫?jì)、蔣維喬等六人所編《女子修身教科書》出版發(fā)行。根據(jù)部定《女學(xué)章程》之要求，以符合女生特點(diǎn)為特色，推出《女子修身》、《國(guó)文》課本兩個(gè)系列，其中初小兩種、高小三種、教授法四種。同時(shí)編寫中等師范用書多種。

光緒三十二年（1906年）七月，清廷下詔實(shí)行“預(yù)備立憲”。元濟(jì)再次入京，任職學(xué)部。宣統(tǒng)三年（1911年）六月，學(xué)部奏設(shè)中國(guó)教育會(huì)，以狀元公張謇為會(huì)長(zhǎng)，元濟(jì)為副會(huì)長(zhǎng)。七八月間，中國(guó)教育會(huì)議召開，在元濟(jì)的主持下，會(huì)議討論議案多達(dá)六十五種。雖不久因清廷鼎覆未遑落實(shí)，但此番新舊教育觀念大交鋒之教育盛會(huì)對(duì)民國(guó)初年的教育改革影響之深刻不容低估。