從弗吉尼亞的層面來看，以下三個突出問題將證明美國獨立戰(zhàn)爭是真正變更了制度還是替換了當權者。這便是土地所有制、奴隸制以及官方供養(yǎng)教會牧師問題。三者的交疊點是關于決定權的問題：到底是人民還是傳統(tǒng)當權者說了算？

土地改革問題首當其沖。杰斐遜特別憎惡維護限定繼承人和長子繼承權的地方法，因為它具有諾曼和反撒克遜的特征——說得簡單些，這就是一部英格蘭封建主義法典。該法典規(guī)定土地為家庭永久所有，而且還規(guī)定，如果土地擁有者死亡前未留遺囑，其財產(chǎn)將全部傳給長子。經(jīng)過長時間的討論，包括一場杰斐遜的老師喬治·威思和保守議員埃德蒙·彭德爾頓之間的論戰(zhàn)，最終杰斐遜派獲勝。議會雖多次拖延，但限定繼承人和長子繼承權兩項條款最終還是得以取消。

關于奴隸制問題，杰斐遜所能做的就是提出議案，要求今后禁止再往弗吉尼亞輸入非洲人，希望借此制止“這一罪惡的蔓延，以便將來最終根除奴隸制”。（在最后這幾句話里，我們可以聽到李將軍指揮北弗吉尼亞軍團的沉重腳步聲。）如果杰斐遜有辦法的話，他日后會要求所有那些出生于某一日期之后的奴隸得到解放，然后遞解出境。他在《自傳》中回憶那個議案時，很直白地陳述說：

命運之書中再明確不過地寫明：這些人注定會獲得自由。它同時還明確寫明：白人和黑人兩個種族，同樣自由，但是卻不能生存在同一個政府領導之下。天性、習慣和觀念，已經(jīng)在他們之間劃上了若干條無法消除的界線。

上述段落只有第一句話被雕刻在華盛頓哥倫比亞特區(qū)杰斐遜紀念堂的石碑上，為富蘭克林·羅斯福于1943年4月所題。那時恰是杰斐遜誕辰兩百周年紀念日，人們對人權問題均持樂觀態(tài)度。

事實上，上述段落表述到后面越來越直白，它警告說，如果黑人解放和遞解出境不能和平實現(xiàn)，就只能通過戰(zhàn)爭解決問題，還警告說“人性定會對未來前景戰(zhàn)栗。我們不應該效仿西班牙人將摩爾人驅(qū)逐出境或抹滅。這個先例不符合我們的情況?！痹撓壤齻鬟_的思想為：奴隸主們通常帶著可怕的負罪感和恐怖感看待黑人報復的可能性，以至于他們知識淵博的代言人杰斐遜，會把他的動產(chǎn)奴隸比作中世紀的穆斯林軍隊。（若不是因為“抹滅”這個血腥的委婉語經(jīng)常在歷史記錄中被刪掉的話，我?guī)缀鯚o需強調(diào)上述“抹滅”一詞。）結(jié)果，杰斐遜在弗吉尼亞從政期間結(jié)束了奴隸輸入，奴隸主們能夠更加自由地解放奴隸們。但除非是對自己和薩莉·海明斯所生的孩子們，杰斐遜本人是拒絕這樣做的。

法律的其他兩個方面，對杰斐遜堅定啟蒙信念發(fā)揮了更大影響。最為顯著的方面關系到宗教自由問題。自從成立以來，弗吉尼亞一直堅持按照英國國教模式維護英國圣公會。也就是說，殖民地所有居民都必須繳稅供養(yǎng)英國國教教會。該教會反過來不僅要求壟斷接受告解的權力，同時還要求懲戒非國教的權力，如浸禮會和貴格會教徒。由于公眾痛恨英國圣公會主教和牧師索要富饒土地的暴行，加之教會因支持國王引起了敵對情緒，在1776年之后，脫離英國國教控制的推進工作相對容易了些。然而，杰斐遜希望把事情再向前推進一步，通過立法使政教完全分離，他后來將之稱作在政府和宗教之間砌的一堵“墻”。隨著事態(tài)進一步發(fā)展，對其他宗教觀點或宗教行為（或者任何不參加宗教儀式的做法）實施懲罰的相關法律得以逐步廢止，有關強迫不信奉國教者繳稅供養(yǎng)英國國教教會的法律也被廢除。因為議會中大多數(shù)議員仍然信奉英國國教，所以每通過一項議案都是舉步維艱。杰斐遜于1779年首次提出的建立宗教自由議案遭遇的困難最大。其導言陳述如下：