沈思孝，字純父，浙江嘉興人。隆慶二年(1568)進士。又過了三年，去吏部等候選派。高拱掌吏部，想留用他作為僚屬，沈思孝極力推辭，于是授職番禺知縣。殷天茂總管兩廣，想聽從百姓與番人互市，而且開放?？谥T山以征取稅收，沈思孝堅持認為不可以。

　　萬歷初年，因卓有成績，又成為刑部主事。張居正父親去世不服喪，他與艾穆合作上疏提意見。廷杖后，被派去戍守神龜衛(wèi)。張居正死后，官復(fù)原職，提為光祿少卿。執(zhí)掌朝政的人討厭李植、江東之和沈思孝等人。沈思孝升為太常少卿，御史龔仲慶奉承旨意詆毀他。沈思孝于是請求離職，皇上不允許。不久他升為順天府尹，因?qū)捤∶懊斕娴呐e人，降三級使用。沈思孝仍泰然自若穿著三品官的服飾，后被彈劾，調(diào)任南京太仆卿，仍舊降三級。沒有多久，稱病回家。

　　吏部尚書陸光祖起用他為南京光祿卿，不久提升為右僉都御史，巡撫陜西。寧夏継拜叛亂，皇上下詔令沈思孝移駐下馬關(guān)，聲援總督魏學(xué)曾。沈思孝認為兵力太少，請求在浙江、宣府、大同召募士兵各五千，發(fā)內(nèi)府的錢供應(yīng)軍隊，并乞求寬免前任都御史李材的過錯，命令他立功贖罪。下詔讓沈思孝就地召募，而罷免李材不派他去。沈思孝與魏學(xué)曾討論軍事時意見不合，給事中侯慶遠彈劾沈思孝舍棄邊境之地而在內(nèi)地防守，布置兵力保衛(wèi)他的妻子及家人，不管邊境戰(zhàn)事。改為河南巡撫，他推辭不就任。

　　不久，征召他為大理卿。中官郝金假傳圣旨被逮捕入獄，刑部將他的罪減小，沈思孝上奏駁斥，認為應(yīng)當處死?；噬虾芨吲d，提拔他為工部左侍郎。陜西進貢羊毛織品禍害百姓，因沈思孝上奏，朝廷下令減去十分之四。升右都御史，協(xié)助辦理馬政。起初，朝政推薦李禎為首，沈思孝為副，皇上特地任用沈思孝。有人懷疑他有人幫忙，給事中楊東明、鄒廷彥相繼上疏反對，皇上認為鄒廷彥受楊東明的指使，貶楊東明，停發(fā)鄒廷彥的俸祿。

　　萬歷二十三年(1595)，吏部尚書孫丕揚掌管外任官吏考察，貶參政丁此呂。沈思孝與江東之平素與丁此呂很要好。恰好御史趙文炳彈劾文選郎蔣時馨受賄，蔣時馨懷疑是沈思孝唆使的，于是攻擊沈思孝先庇護丁此呂，后想在吏部求職未成，因為這兩件事他對時馨懷恨在心，遂與江東之、劉應(yīng)秋等勾結(jié)，命令李三才屬意趙文炳?；噬嫌憛捠Y時馨，罷了他的官。沈思孝等上疏辯解，而且請求離職。孫丕揚說蔣時馨沒有罪，丁此呂受賄有證據(jù)，沈思孝不當庇護他。沈思孝于是將丁此呂的訪單呈上，乞求回家。訪單是吏部考察官吏時，咨詢大家的意見以定賢否，朝廷大臣因此把所見所聞的寫下來給掌管考察的官吏。事情大都符合事實，然而有時也有人中傷自己討厭的人?；实巯略t安慰、留任孫丕揚，逮捕丁此呂，責備沈思孝。御史俞價、強思、馮從吾，給事中黃運泰、祝世祿，都為蔣時馨伸冤，言語中觸及到沈思孝、江東之。給事中楊天民、馬經(jīng)倫、馬文卿又各自彈劾沈思孝，大抵上是說趙文炳的上疏是由沈思孝指使的，借以動搖孫丕揚的地位。沈思孝多次乞求罷官，同時抨擊孫丕揚辜負了國家。員外郎岳元聲說大臣互相攻擊，應(yīng)兩方都罷官，好像是指責孫丕揚、沈思孝兩人，其實是特地攻擊蔣時馨和孫丕揚。奏疏剛上，趙文炳突然改變他的說法，說：“岳元聲、江東之根據(jù)沈思孝的意思，強迫臣救丁此呂，彈劾蔣時馨，并不是我自己的意思?！被噬隙贾弥焕?。

　　沈思孝素以正直聞名天下，然而尚義氣、好勝，動不動就得罪人。因為丁此呂的原因，很為廷臣議論了一陣。蔣時馨、丁此呂都不是堂堂正正的人，孫丕揚、沈思孝也各有所左右。第二年，御史林培請求辨明忠誠與邪惡，又極力詆毀沈思孝、江東之，并且說：“孫丕揚閉門半年，上了十次辭職的奏疏，意在一定要得到批準才停止。沈思孝則閉門沒有多久，就見馮從吾、黃運泰等被罷官，說為了安慰我，罷免五六個言官，朝廷不難辦到。此人不免職，將為害朝政?！被噬夏罴吧蛩夹⒌闹液?，貶了林培的官職。乾清宮發(fā)生火災(zāi)，沈思孝請求舉行皇長子冠禮儀式以回答天意。又以日本封貢的事情失敗，請求立即做戰(zhàn)守準備，并且彈劾趙志皋、石星誤國的罪行。這年秋天，孫丕揚離職，沈思孝也稱病回鄉(xiāng)，皇上下詔讓他乘驛馬歸家，朝廷的議論才停止。過了很久，孫丕揚再次起用為吏部尚書，御史史記事再次詆毀沈思孝與顧天翪合謀想陷害孫丕揚。顧憲成、高攀龍極力證明他是被誣告，而沈思孝已經(jīng)死了。天啟中，沈思孝被贈為太子少保。