在清帝國軍隊(duì)能夠開進(jìn)新疆以前，他們必須先打敗陜西和甘肅的回民。1867年當(dāng)阿古柏伯克在新疆建立他的汗國的時(shí)候，左宗棠還在征募新湘軍（楚軍），在為打敗中國本部的東干人而籌措軍費(fèi)和安排交通運(yùn)輸事項(xiàng)。陜甘之役花了他差不多七年時(shí)間（1867—1873年），而他的部隊(duì)參加新疆的實(shí)際戰(zhàn)斗只不過用了兩年時(shí)間（1876—1877年）——不算漫長的準(zhǔn)備時(shí)間在內(nèi)。
左宗棠在1867年7月到達(dá)陜西以后，他又不得不為了捻軍之戰(zhàn)而離開陜西十個(gè)月。在此期間，左宗棠的助手劉典作為欽命陜甘軍務(wù)大臣，已清除了從甘肅折返的陜西南部回民叛亂分子。陜西回民現(xiàn)在在董志原筑壘自固，此地是甘肅東南部的一片肥沃平原，他們的“十八大營”從這里繼續(xù)派人馬四出侵?jǐn)_。與此同時(shí)，在它的北邊一些地方，新教領(lǐng)袖馬化龍自從1866年投降清朝以來，已把金積堡建設(shè)成為經(jīng)濟(jì)和軍事基地。馬化龍的徒眾包括長期在甘肅和內(nèi)蒙包頭之間做買賣的回民商人，他們做買賣時(shí)使用商隊(duì)驛道以及向東航行到河套的皮筏。馬化龍本人擁有兩家字號，而且在他的許多徒眾的企業(yè)中有投資。他所處的地理位置使他能夠控制蒙古和甘肅南部之間的整個(gè)貿(mào)易。［1］ 可是，他的興趣是在宗教和軍事方面。他甚至從歸化城（今呼和浩特）購買軍火，并且把它們送到甘肅的其他一些新教中心去。馬化龍也同董志原的陜西回民做生意，他賣出馬匹和軍火，購進(jìn)糧食。當(dāng)左宗棠1868年11月返回陜西任所時(shí)，他相信馬化龍不僅與新疆有聯(lián)系，而且對“大漠南北”的蒙古也有打算。［2］
左宗棠在甘肅的進(jìn)攻準(zhǔn)備已接近于完成。他的一些老軍官已經(jīng)從湖南給他征募了一支新部隊(duì)，總數(shù)約五萬五千人。此外，曾國藩已在1867年把他唯一的一支尚未解散的湘軍隊(duì)伍約一萬人調(diào)來陜西，由他最優(yōu)秀的將領(lǐng)之一劉松山率領(lǐng)。清帝還調(diào)撥了另外一些軍隊(duì)供左宗棠指揮：即黃鼎統(tǒng)率的川軍一萬人，郭寶昌統(tǒng)率的皖軍七千人，張曜統(tǒng)率的豫軍六千五百人。這些軍隊(duì)都有對太平軍和捻軍的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，其中有七千五百名騎兵，他們加強(qiáng)了左宗棠自己搞到的五千匹馬。［3］ 可是除了聘用吉林省的滿洲軍官來訓(xùn)練他的騎兵以外，左宗棠似乎很少注意操練他的部隊(duì)。他很欣賞劉松山的部隊(duì)擅長隊(duì)形操練和精于射擊。但左宗棠根據(jù)自己在太平軍叛亂時(shí)期的經(jīng)驗(yàn)，深信取勝的兩個(gè)要素是士兵的勇敢和充足的給養(yǎng)。他只是在叛亂的后期在他的軍隊(duì)中一度試行過西洋操法，但他覺得喊口令不能用于士兵的大隊(duì)形。左宗棠雖然用西洋火器裝備了他的軍隊(duì)，不知何故他卻認(rèn)為，練習(xí)打靶十天，一天兩次，就完全可以送部隊(duì)去打仗了。［4］ 幸運(yùn)的是，在他即將在甘肅展開的攻勢中，他所進(jìn)行的戰(zhàn)爭也恰恰是這樣一種情況：即雖然地形比較險(xiǎn)要，但主要仍是進(jìn)攻柵寨和城池——這與對太平軍的作戰(zhàn)毫無二致?？墒?，左宗棠很珍視攻城大炮，他有幾位老軍官曾學(xué)過如何使用它們。
左宗棠也得到了要解決他的財(cái)政和后勤問題的保證。在飽受戰(zhàn)禍的陜西和甘肅兩省，食品匱乏，物價(jià)騰貴。左宗棠定下了一條規(guī)矩：必須有三個(gè)月的糧餉在手，他的部隊(duì)才能打大仗。［5］ 不僅軍火，甚至大量糧食也得從其他省份運(yùn)入陜西和甘肅。左宗棠為了籌措給養(yǎng)，明確地要求北京同意從古以來歷代王朝所通用的一個(gè)慣例：即以東南之資源，供西北之軍需。1867年，清帝要求東南沿海五省對“西征餉項(xiàng)”每年助銀三百二十四萬兩。這款項(xiàng)在清代財(cái)政上稱為“協(xié)餉”，但只實(shí)行于這些省份已經(jīng)征足北京或其他省份需要的各種捐助餉額之后。［6］ 左宗棠早在1867年就謀劃促使各省提出滿足其軍事需要的定額。他要求清帝并得到清帝批準(zhǔn)從外國商號得到一次總付的貸款安排；這筆貸款由通商口岸各稅務(wù)司擔(dān)保，并經(jīng)各省巡撫加蓋印信批準(zhǔn)，限期由各省還款給外商。1867年5月，左宗棠駐上海的代理人胡光墉（約1825—1885年）就以這種方式獲得了一百二十萬兩的洋商貸款。但是，在同年12月當(dāng)左宗棠要求在同樣安排下再次借貸外債二百萬兩時(shí)，清廷反對胡光墉所開出的高利息，而只批準(zhǔn)了此借款的半數(shù)。四個(gè)口岸的稅務(wù)司奉命借給左宗棠要求的余下的一百萬兩，不付利息。［7］ 因此，左宗棠暫時(shí)不得再向外商謀取另外的借款了。但是為了應(yīng)付他的需要，清廷立即籌措了每年總數(shù)達(dá)六百二十四萬兩的“西征餉項(xiàng)”，增攤了原來五省承擔(dān)的定額，還要求另外兩省也予以捐助。其中大多數(shù)省份并未迅速解足它們的餉額。但是，左宗棠確從這些省份平均每年收到了四百萬兩（從左宗棠最初于1866年9月被任命來陜甘就職起到1874年2月止）。［8］
1867年，甚至在他抵達(dá)陜西以前，左宗棠就已在上海和漢口設(shè)立了兩個(gè)局，承辦軍需。在西安他建立了一個(gè)衙署向各戰(zhàn)區(qū)分配給養(yǎng)，設(shè)立了另一個(gè)衙署以保持與其他省份的通訊聯(lián)系。在上海弄到的軍火用外國人的汽輪運(yùn)往漢口，再用帆船把它們和其他給養(yǎng)溯漢水運(yùn)往陜西邊境，然后經(jīng)陸路運(yùn)往西安。在四川購買的大米則用木船沿嘉陵江而上送往陜西的兵站。供應(yīng)給陜北山區(qū)部隊(duì)的糧食則來自山西或內(nèi)蒙古的歸化。給陜北和寧夏的軍火是經(jīng)由天津首先運(yùn)到歸化的。左宗棠不想使他的運(yùn)輸系統(tǒng)成為沿路地方當(dāng)局的負(fù)擔(dān)。他的代理人和護(hù)航隊(duì)押送著每一起貨運(yùn)，而每一個(gè)搬運(yùn)工或車夫都應(yīng)該是車資照付的。一旦進(jìn)入陜西境內(nèi)，縣長們就準(zhǔn)備足夠的夫役車輛逐縣撥運(yùn)。縣長所付的這些費(fèi)用將予以清償。［9］ 這一整套供應(yīng)系統(tǒng)充分顯示了左宗棠的組織才能，而它也一定運(yùn)轉(zhuǎn)得相當(dāng)不錯(cuò)，因?yàn)楦拭C的戰(zhàn)事確確實(shí)實(shí)進(jìn)行下去了。
左宗棠早些時(shí)候曾宣布他對回民戰(zhàn)爭的一條原則。他將樂于接受一個(gè)叛亂首領(lǐng)的投誠，只要他是真正的投誠，即投誠者應(yīng)交出武器、馬匹和糧食，另外，還要接受左宗棠關(guān)于重新安置他本人及其追隨者的計(jì)劃。左宗棠把朝廷三令五申的旨意廣為曉喻，即只問其為良或逆，不問其為漢與回。但左宗棠還有一條原則：決不姑寬新教的任何積極的追隨者，因?yàn)樗研陆瘫茸銎髨D搞顛覆的白蓮教異端。［10］ 在種族戰(zhàn)爭、官軍的暴行和饑饉后的疾疫流行使得漢人與回民大批被仇殺的省份里，左宗棠對東干人的戰(zhàn)爭是一場在儒將和阿訇-軍閥之間所進(jìn)行的嚴(yán)酷的意志較量。左宗棠不久就發(fā)現(xiàn)，他的勇營并非總是忠誠可靠的。他幾乎沒能保持他們的士氣。士氣之提高僅僅是由于：左宗棠提供了充足的給養(yǎng)；允許擄掠被攻破的富庶的回民據(jù)點(diǎn)；此外，整個(gè)軍隊(duì)還意識到，左宗棠的精銳勇營所用的歐洲來復(fù)槍和攻城大炮最終會(huì)有殺敵致果之效。
從陜西往西開拔時(shí)，左宗棠有兩大目標(biāo)，即金積堡附近的馬化龍據(jù)點(diǎn)以及位于甘肅東南董志原的陜西回民的農(nóng)村基地。要在后一個(gè)地方取得勝利是比較容易的，因?yàn)殛兾骰孛竦氖舜鬆I既無統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)中心，又無可資防守的據(jù)點(diǎn)；在他們的四千五百平方英里的富饒土地附近的少數(shù)大城市又已被甘肅回民盤踞，而且甘回并不總是援助他們的陜回教胞的。1869年2月中旬到4月初，左宗棠的部隊(duì)橫掃了董志原，據(jù)說斬殺兩萬余人。大股大股的陜回現(xiàn)在四散逃遁。有幾位首領(lǐng)暫時(shí)往北占領(lǐng)了靠近金積堡的一些市鎮(zhèn)。馬化龍收編了其中的幾個(gè)人及其部隊(duì)。他給其余一些人贈(zèng)送了駱駝，勸說他們另投他處。［11］ 陜西的一股回民越過黃河，進(jìn)入寧夏。他們到達(dá)了阿拉善旗蒙古王公領(lǐng)地，洗劫了他的村莊和祖塋，使得北京匆匆忙忙從內(nèi)蒙其他地點(diǎn)調(diào)兵來此。［12］ 可是，大部分陜西首領(lǐng)則帶著各自的人馬滯留甘肅，主要聚集在蘭州東北和西南諸市鎮(zhèn)，或者聚集在這些市鎮(zhèn)的附近。
雖然攻占董志原比較容易，但是，征服甘肅回民自己的據(jù)點(diǎn)則困難得多。左宗棠在攻打甘肅地區(qū)四個(gè)主要叛亂中心（金積堡、河州、西寧及肅州）所遇到的復(fù)雜問題，從金積堡戰(zhàn)役的歷史中即可看出；它的作戰(zhàn)計(jì)劃是1868年后期制訂的。［13］ 三支主力部隊(duì)計(jì)劃聯(lián)合進(jìn)攻。自直隸捻軍之戰(zhàn)前線返回甘肅的劉松山預(yù)定從河南橫穿陜北，從東面進(jìn)逼金積堡；在山西保衛(wèi)包頭地區(qū)的張曜的豫軍應(yīng)穿越內(nèi)蒙，沿黃河西岸南下；左宗棠的其他部隊(duì)預(yù)計(jì)占領(lǐng)甘肅的平?jīng)龊凸淘瑥哪现壁吔鸱e堡。但是，只是在左宗棠自己的部隊(duì)經(jīng)歷了危機(jī)和挫折之后，這一作戰(zhàn)方案才最后得以貫徹。
最嚴(yán)重的危機(jī)是內(nèi)部危機(jī)，因?yàn)閺?869年3月到4月，即正當(dāng)董志原之戰(zhàn)取得勝利的時(shí)候，左宗棠所部的最精銳部隊(duì)中發(fā)生了兩次驚人的嘩變。3月后期當(dāng)劉松山已橫穿陜北而抵達(dá)甘肅寧夏邊境時(shí)，綏德（在延安東北約七十五英里）發(fā)生了一次兵變，劉松山原在這里留下了四千五百名士兵守衛(wèi)著供應(yīng)站。包括后來承認(rèn)是哥老會(huì)會(huì)員在內(nèi)的幾百名士兵搶劫了糧站，并占據(jù)了綏德城。叛兵中有多達(dá)四名哨官在內(nèi)，據(jù)說也都是哥老會(huì)會(huì)員。［14］ 劉松山本人于4月初趕回綏德后，兵變迅即被平定，但顯然與綏德兵變并無牽連的另一次兵變同時(shí)又在陜西中部、西安以北八十英里的宜君爆發(fā)，殺死了一位統(tǒng)領(lǐng)。這一次的幾百名叛兵中也有哥老會(huì)的會(huì)員。參加者中的四名哨官和一名營官據(jù)說也是哥老會(huì)的成員?？墒?，叛兵被忠于左宗棠的部隊(duì)抓起來了。左宗棠親自處死了五名為首分子。他認(rèn)為哥老會(huì)起源于四川和貴州，是通過投誠的太平軍（他們都是川、貴兩省的土著），或者通過其他省份的“散勇”（他們來到陜西是為了搞投機(jī)冒險(xiǎn)活動(dòng)）而使湘軍受到影響的。他希望這些梟蝮鬼蜮之輩在他的部隊(duì)中只是極少數(shù)。［15］ 可是，哥老會(huì)作為進(jìn)行合法和非法活動(dòng)的地下互助組織，卻長期存留在左宗棠的部隊(duì)之中。
進(jìn)攻金積堡之役被兵變及其善后問題所中斷，直到8月中旬才恢復(fù)。從陜北進(jìn)軍的劉松山在9月初抵達(dá)靈州附近。經(jīng)與左宗棠的兵力進(jìn)行對比，馬化龍對自己的力量可能不抱幻想了。他投書給左宗棠想談判和平，但他的倡議被嚴(yán)予拒絕。［16］ 在11月，靈州被劉松山攻克；左宗棠部署在南邊的部隊(duì)已攻下了固原等城市，繼續(xù)向北挺進(jìn)?？墒牵挚挂苍絹碓絽柡?，因?yàn)橛性絹碓蕉嗟鸟R化龍的甘肅新教徒——包括一度占有董志原的陜西回民在內(nèi)——參加了戰(zhàn)爭。左宗棠不久就要面臨一位景慕他的傳記作者所稱述的“他整個(gè)事業(yè)中最大的一場災(zāi)難”了。［17］
劉松山在從靈州南下途中必須打通數(shù)以百計(jì)的設(shè)防村寨——這些村寨都三面環(huán)山，西瀕黃河。擁有火器的村寨防守者們又都是馬化龍最堅(jiān)定的信徒。劉松山不得不緩緩前進(jìn)，但他在1870年2月14日死于炮火之中。［18］ 雖然他的能干的侄兒和前參謀軍官劉錦棠（1844—1894年）設(shè)法保住了他的部隊(duì)而未使之四散，但部隊(duì)的前進(jìn)停頓了下來。剛巧就在這個(gè)時(shí)刻，馬化龍發(fā)動(dòng)的一次戰(zhàn)線遼闊的攻勢產(chǎn)生了引人注目的效果。馬化龍使用了他曾經(jīng)窩藏或幫助過的陜回，已于1月初在陜西的幾個(gè)部分發(fā)動(dòng)了騎兵突襲。在劉松山戰(zhàn)死之前幾天，陜西的東干人陳霖切斷了劉松山在陜北的供應(yīng)線。另一陜回馬正綱現(xiàn)在也率領(lǐng)他的騎兵馳抵渭河流域。［19］ 2月15日他通過西安以東，渡過渭河，回到了東干人八年前發(fā)動(dòng)叛亂的老地方。
在甘肅，在金積堡南邊，已進(jìn)抵距金積堡不足五十英里之處的左宗棠部隊(duì)，也在劉松山戰(zhàn)歿之前兩天吃了敗仗。敗仗又變成了潰退，清軍不得不撤退到固原。這一連串挫折使得北京感到愕然，所以在3月降旨命李鴻章從湖北率領(lǐng)其有名的精兵赴陜，接管該省的戰(zhàn)爭事宜。［20］
可是，左宗棠的軍事態(tài)勢還可以僥幸地立于不敗之地。因?yàn)楸M管事實(shí)上他需要遠(yuǎn)離供應(yīng)地作戰(zhàn)，盡管他的軍事體系有許多弱點(diǎn)，但幸虧有他的運(yùn)籌帷幄和北京的支持，使他在甘肅所得到的資源足與馬化龍的資源相匹敵。突破左宗棠警戒線而返回陜西的東干人總數(shù)似不足四千人，他們被左宗棠派回陜西的騎兵及該省的其他部隊(duì)所遏阻。［21］ 劉松山的死是一大打擊，但只要將帥之間和官兵之間的融洽關(guān)系還未受到損害，勇營體系——盡管它有不公正和貪污受賄現(xiàn)象——的團(tuán)結(jié)還仍然保持著。幸運(yùn)的是，劉錦棠得心應(yīng)手地接了他叔父的班。左宗棠馬上任命劉錦棠為“老湘軍”的統(tǒng)領(lǐng)，而且在1870年3月得到恩準(zhǔn)，這又增加了這位年輕將官的聲望。他的陜北供應(yīng)線仍被切斷而不通。但軍糧問題因有了用木筏沿黃河而下運(yùn)到吳忠堡的糧食而得到了解決；這條路是由張曜打通的。［22］
早在3月10日，劉錦棠就再次迫近了金積堡。與此同時(shí)，甘肅東南的左宗棠部隊(duì)在有騎兵作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)的川軍將領(lǐng)徐占彪的率領(lǐng)下，甚至在李鴻章于6月份到達(dá)陜西以前（他于下月有新任務(wù)去直隸?。?，就已返回到金積堡周圍。到了9月份，已有幾支清軍包圍了馬化龍的據(jù)點(diǎn)，與劉錦棠建立了直接的聯(lián)系；劉錦棠此后取得保證，可以從左宗棠在甘肅的總部獲得糧食和軍火。
曠日持久的消耗戰(zhàn)終于弄得馬化龍的基地糧秣告盡。到1870年9月，在金積堡周圍五百來個(gè)碉堡中被劉錦棠蕩平到只剩下一、二十個(gè)了。克虜伯的攻城炮從上海運(yùn)到甘肅給劉錦棠，還送來一個(gè)給曾國藩當(dāng)過炮手的軍官。炮彈沒有能夠炸開金積堡的厚厚的城墻（據(jù)說有三十五英尺厚），但劉錦棠在10月份建造了一座高高的大炮陣地，居高臨下，飛過城墻直接打入城內(nèi)。［23］ 金積堡的居民死亡相繼，只靠草根和死人的尸骸充饑。馬化龍終于在1月份向劉錦棠繳械投誠；他交出的武器包括46門大炮、293門土炮、l，030支獵槍，以及180支洋槍。左宗棠暫緩處決馬化龍，命令他勸說其他地方的甘肅回民也投降?？墒?，沒有一個(gè)重要的首領(lǐng)出來降順；當(dāng)嚴(yán)密隱藏在金積堡的一千二百多支洋槍被清軍查出來后，左宗棠下令處決了馬化龍及其成年男性親屬。馬化龍的大約八百名參謀和軍官及一千名士兵被屠殺。幸存下來總數(shù)達(dá)一萬四千名的壯健居民（包括多達(dá)一萬一千名的陜西回民）被遷往平?jīng)龈浇?。那些衣食無著的二萬名婦孺老人則被送往甘肅南部的難民營。清兵獲準(zhǔn)盡量搜括財(cái)物。1869年已投降劉松山的那些漢族血統(tǒng)的陜北劫掠者，則被鼓勵(lì)攜帶家口遷居金積堡，使它變成一個(gè)漢民城市。［24］
馬化龍死后，左宗棠相信，再也沒有其他東干人領(lǐng)袖能夠把出身各異的回民叛亂者糾集起來組成一個(gè)大運(yùn)動(dòng)了?？墒?，在甘肅省的幾個(gè)地方和毗鄰的青海省還存在著一些強(qiáng)大的叛亂中心。正在這時(shí)，北京又因內(nèi)外蒙古傳來的消息而深為困擾。7月份，幾百名來自甘肅的回民騎兵侵襲了多倫附近的內(nèi)蒙古。與此同時(shí)，一支更大的回民部隊(duì)（他們發(fā)端于甘肅走廊，在前一年曾搶掠和焚燒烏里雅蘇臺(tái)）穿過沙漠，于10月初來到了距庫倫僅幾天路程的部落領(lǐng)地上。蒙古族軍隊(duì)和滿洲軍隊(duì)穿越草原來保衛(wèi)多倫和庫倫。甚至直隸省的綠營練軍也奉旨被調(diào)到庫倫。這兩股回民隊(duì)伍似是在1871年11月——即在俄國占領(lǐng)伊犁后四個(gè)月——被擊潰的。［25］
左宗棠認(rèn)為，他的首要任務(wù)是清除甘肅余下的叛亂中心。他利用對馬化龍取得的勝利，散發(fā)通告禁止新教，但允許寬赦被新教煽動(dòng)而誤入歧途的人，可是他又暗示，赦罪范圍不包括哈里發(fā)和毛拉們。清帝批準(zhǔn)的這一為甘肅省轄區(qū)所奉行的政策，［26］ 在1871年9月開始的河州之役頗具實(shí)效。清軍緩緩?fù)七M(jìn)，于11月進(jìn)到距河州三十英里的范圍內(nèi)，但在1872年2月被控制著該城的一位舊教回民叛亂頭目馬占鰲所逐回。左宗棠的部隊(duì)在一條寬闊河流的岸上的一個(gè)設(shè)防市鎮(zhèn)遭到慘敗，雖則他已經(jīng)使用了新式來復(fù)槍?？墒?，馬占鰲即使有此勝利，他仍然決定談判和平，以便盡可能利用眼看最后會(huì)是沒有希望的形勢。他告訴他的徒眾，在備受戰(zhàn)禍蹂躪的甘肅，如果戰(zhàn)爭繼續(xù)下去，“不惟漢族仇怨日深，回族亦無立足之地”。因此，勝利后的投降要比失敗后的投降好一些。［27］ 他準(zhǔn)備向左宗棠移交四千匹馬和“一萬多件火器和刀矛”，但取得了左宗棠提出這樣的保證：河州的回民是多數(shù)民族，應(yīng)繼續(xù)在那里居住，漢民則要一次遷出。到了6月份，河州的漢民和大約二千名陜回，已被安置到了別處。馬占鰲及其他從前的叛亂領(lǐng)袖們最后被吸收進(jìn)了一個(gè)綠營軍官所統(tǒng)率的地方戍軍中去，左宗棠的部隊(duì)則在附近各城市監(jiān)視著他們。［28］
1872年8月，左宗棠移節(jié)于蘭州的總督官署內(nèi)。鑒于俄國侵占伊犁，他已于1871年12月派一支部隊(duì)去肅州，此地是離甘肅通往新疆的咽喉部位不遠(yuǎn)的戰(zhàn)略要沖城市。在徐占彪的率領(lǐng)下，這支六千五百人的部隊(duì)（包括騎兵在內(nèi)）到了1872年夏季已能在叛兵占據(jù)的肅州附近建立鞏固的據(jù)點(diǎn)。但左宗棠首先集中注意的是蘭州西北一百二十英里的西寧，這特別是因?yàn)樗?872年被陜回首領(lǐng)所控制，其中包括白彥虎在內(nèi)；白彥虎曾經(jīng)是馬化龍的黨羽，現(xiàn)在擁有一萬余名久經(jīng)戰(zhàn)斗的回民戰(zhàn)士。劉錦棠于8月承擔(dān)了攻擊西寧的任務(wù)。劉錦棠花了三個(gè)月時(shí)間才得以突入西寧險(xiǎn)要而又防守嚴(yán)密的地帶，但最后他終于取得優(yōu)勢。他殲滅了一萬名回民黨徒，但白彥虎卻漏網(wǎng)而逃。捍衛(wèi)新教的西寧“回民紳士領(lǐng)袖”馬桂源在青海撒拉族的領(lǐng)地上被清軍追捕到手。［29］
左宗棠在這整個(gè)時(shí)期實(shí)際上一直在準(zhǔn)備對肅州進(jìn)行決定性的攻擊；許多東干族首領(lǐng)云集在肅州，集合在新教統(tǒng)領(lǐng)馬文祿（本來出身于西寧）的麾下。為了增援徐占彪的部隊(duì)，左宗棠在1872年12月從他自己的湘軍中派去三千人；在左宗棠的請求下宋慶和張曜兩支豫軍也奉旨前來會(huì)戰(zhàn)。新近被任命為烏里雅蘇臺(tái)將軍的金順也參加了戰(zhàn)斗。左宗棠忙于安排財(cái)政和給養(yǎng)，包括在蘭州建立一座不大的兵工廠，并命一位有些軍械知識的干練的陸軍軍官、廣東人賴長開始為德國攻城炮加造炮彈。［30］ 左宗棠雖因組織戰(zhàn)爭，軍書旁午，不得分心，但良心和政策仍促使他要為“回民良民”的生活作出安排，以達(dá)到消除種族沖突的根源的目的。這時(shí)只有兩萬陜回難民留在甘肅。他們不能回家，因?yàn)榧戳钍沁@一小批人也不受陜西的歡迎。左宗棠保證將平?jīng)黾捌淠戏絻蓚€(gè)城市附近的農(nóng)村地區(qū)的土地?fù)芙o他們，并與漢人社會(huì)隔絕開來。必須從某些城市趕出的甘肅回民則被遷往蘭州附近同樣指定的地區(qū)。以下規(guī)定必須被嚴(yán)格執(zhí)行：居民用保甲制度組織起來，十戶的頭頭由官方選派；準(zhǔn)許貿(mào)易，但任何人想要進(jìn)城都必須持有縣長的許可證，凡是想去外省的人則必須向道臺(tái)申請護(hù)照；不許舉行新教儀式。這些被隔離的移民都分得可以灌溉的土地，每一家地畝的多少依它人口的數(shù)量而定。供給農(nóng)具和種子。凡不能工作或找到家庭的難民，可繼續(xù)接受救濟(jì)。［31］
同時(shí)由于宋慶的三千步兵和五百馬兵在1873年年中到達(dá)，肅州的包圍得以完成。在六位統(tǒng)領(lǐng)統(tǒng)帶下的整個(gè)清軍迅即數(shù)逾一萬五千名。9月中旬，左宗棠本人親臨前線，隨身帶了兵工廠經(jīng)理——也是大炮專家——賴長?？颂敳笈诂F(xiàn)在轟擊著厚厚的城墻，炮火還得到埋在城墻下爆炸的地雷的助威。10月24日清兵入城，馬文祿投降。左宗棠上奏說，五千四百名土著回民和一千五百七十三名從外地到肅州來的回民于11月12日被處決。他向他的西安總部的軍需提出了他的計(jì)劃：肅州回民中的老人、青年和婦女將和甘肅走廊其他兩個(gè)主要城市幸存下來的回民一起，在甘肅南部得到安置。“自此，關(guān)內(nèi)甘涼肅三郡可無遺種，而關(guān)內(nèi)外可免勾結(jié)之患?！弊笞谔挠謱懙溃骸皵?shù)十年征伐之事以此役（攻克肅州）為最妥善；次日各軍因爭賊贓，亂我章法?！保?2］
?。?］ 中田吉信：《同治年間的陜甘回亂》，載《近代中國研究》，第3期（1959年）第132頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉?，卷30第66—67頁；卷37第64頁?！蹲笪南骞鵂?，卷10第36頁；卷11第32頁。
?。?］ 《左文襄公全集·文集》，卷1第18頁?！蹲笪南骞鵂罚?0第23—26、52頁；卷11第10頁。
?。?］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第105頁；秦翰才：《左文襄公在西北》，第51—52頁。
?。?］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第45頁；卷14第48、55頁；卷16第27頁?！蹲笪南骞づ?，卷1第34—35頁。
［5］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷39第17頁。
?。?］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第112—119頁。劉廣京：《清末地方權(quán)力范圍的再估價(jià)》，第204頁注58—59。
?。?］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷220第26—27頁；卷244第19—29頁。
?。?］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第113—114頁。
?。?］ 秦翰才：《左文襄公在西北》，第59—63頁。
［10］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第127—128頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉?，卷32第10頁；卷38第63頁。
［11］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷31第16頁；《左文襄公全集書牘》，卷10第32、52頁。
［12］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷261第24頁；卷262第17—19頁；卷263第10—11頁；卷276第23頁。1871年曾在阿拉善和鄂爾多斯旅行過的普列杰瓦爾斯基記錄了東干人對這兩處地方侵襲的后果，見他的《蒙古，唐古特和北藏》（德爾馬·摩根英譯本），卷1第198、201頁、238頁注、259頁。
［13］ 《左文襄公全集·書牘》，卷10第19、26、36頁。
?。?4］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷31第22頁。
［15］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷31第2、23、27、28—29頁?！蹲笪南骞鵂罚?0第35頁；參照卷11第29頁。
?。?6］ 《左文襄公全集·書牘》，卷10第55頁；卷11第7、10頁。《左文襄公全集·奏稿》，卷33第2—3、17頁。
［17］ 貝爾斯：《左宗棠：舊中國的軍人和政治家》，第246—247頁。
?。?8］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷34第60—61頁。
?。?9］ 關(guān)于陜回從甘肅西南部馳援金積堡的記載，見郭廷以：《近代中國史事日志》，第528—533頁。
?。?0］ 《大清穆宗實(shí)錄》。卷277第1—3頁。
［21］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第2、23頁。《左文襄公全集·奏稿》，卷35第1—2、21頁。
［22］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷276第7頁；卷282第15頁（第6行）?！蹲笪南骞鵂?，卷11第1頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉?，卷35第41頁（第8—9行）。貝爾斯的《左宗棠》一書第240和248頁上的地圖。
?。?3］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第21、27頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉罚?6第65頁；卷37第12—13、59頁。
?。?4］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第33頁。《左文襄公全集·奏稿》，卷37第60頁；卷38第3—5頁。秦翰才：《左文襄公在西北》，第79頁。
?。?5］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷293第17頁；卷309第22—23頁；卷312第10—11頁；卷313第1、11頁；卷315第6頁；卷319第12頁；卷320第12頁；卷321第16頁。1870年12月普列杰瓦爾斯基在庫倫即聽說東干人襲擊了烏里雅蘇臺(tái)。他記述說，一支俄國分遣隊(duì)曾被派往庫倫，并且停留了一年多時(shí)間；見他的《蒙古，唐古特和北藏》，卷1第16、62頁。
?。?6］ 關(guān)于左宗棠的告示，見《回民起義》，第4冊第1頁（圖版）。按照乾隆時(shí)代的前例，清帝沒有批準(zhǔn)左宗棠在全帝國實(shí)施這條禁令的奏請；《大清穆宗實(shí)錄》，卷310第15—16頁。
?。?7］ 馬霄石：《西北回族革命簡史》，第46—47頁。
?。?8］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷41第5—10、36、61—64頁。
?。?9］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷42第50—51頁；卷43第24—25頁。
［30］ 《左文襄公全集·書牘》，卷13第23、32頁。陳其田：《左宗棠：促進(jìn)中國船政和羊毛紡織業(yè)發(fā)展的先驅(qū)》，第51—53頁。
?。?1］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第149—155頁。秦翰才：《左文襄公在西北》，第78頁。
?。?2］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷43第65、85—86頁?！蹲笪南骞鵂?，卷13第34—35頁。
左宗棠在1867年7月到達(dá)陜西以后，他又不得不為了捻軍之戰(zhàn)而離開陜西十個(gè)月。在此期間，左宗棠的助手劉典作為欽命陜甘軍務(wù)大臣，已清除了從甘肅折返的陜西南部回民叛亂分子。陜西回民現(xiàn)在在董志原筑壘自固，此地是甘肅東南部的一片肥沃平原，他們的“十八大營”從這里繼續(xù)派人馬四出侵?jǐn)_。與此同時(shí)，在它的北邊一些地方，新教領(lǐng)袖馬化龍自從1866年投降清朝以來，已把金積堡建設(shè)成為經(jīng)濟(jì)和軍事基地。馬化龍的徒眾包括長期在甘肅和內(nèi)蒙包頭之間做買賣的回民商人，他們做買賣時(shí)使用商隊(duì)驛道以及向東航行到河套的皮筏。馬化龍本人擁有兩家字號，而且在他的許多徒眾的企業(yè)中有投資。他所處的地理位置使他能夠控制蒙古和甘肅南部之間的整個(gè)貿(mào)易。［1］ 可是，他的興趣是在宗教和軍事方面。他甚至從歸化城（今呼和浩特）購買軍火，并且把它們送到甘肅的其他一些新教中心去。馬化龍也同董志原的陜西回民做生意，他賣出馬匹和軍火，購進(jìn)糧食。當(dāng)左宗棠1868年11月返回陜西任所時(shí)，他相信馬化龍不僅與新疆有聯(lián)系，而且對“大漠南北”的蒙古也有打算。［2］
左宗棠在甘肅的進(jìn)攻準(zhǔn)備已接近于完成。他的一些老軍官已經(jīng)從湖南給他征募了一支新部隊(duì)，總數(shù)約五萬五千人。此外，曾國藩已在1867年把他唯一的一支尚未解散的湘軍隊(duì)伍約一萬人調(diào)來陜西，由他最優(yōu)秀的將領(lǐng)之一劉松山率領(lǐng)。清帝還調(diào)撥了另外一些軍隊(duì)供左宗棠指揮：即黃鼎統(tǒng)率的川軍一萬人，郭寶昌統(tǒng)率的皖軍七千人，張曜統(tǒng)率的豫軍六千五百人。這些軍隊(duì)都有對太平軍和捻軍的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，其中有七千五百名騎兵，他們加強(qiáng)了左宗棠自己搞到的五千匹馬。［3］ 可是除了聘用吉林省的滿洲軍官來訓(xùn)練他的騎兵以外，左宗棠似乎很少注意操練他的部隊(duì)。他很欣賞劉松山的部隊(duì)擅長隊(duì)形操練和精于射擊。但左宗棠根據(jù)自己在太平軍叛亂時(shí)期的經(jīng)驗(yàn)，深信取勝的兩個(gè)要素是士兵的勇敢和充足的給養(yǎng)。他只是在叛亂的后期在他的軍隊(duì)中一度試行過西洋操法，但他覺得喊口令不能用于士兵的大隊(duì)形。左宗棠雖然用西洋火器裝備了他的軍隊(duì)，不知何故他卻認(rèn)為，練習(xí)打靶十天，一天兩次，就完全可以送部隊(duì)去打仗了。［4］ 幸運(yùn)的是，在他即將在甘肅展開的攻勢中，他所進(jìn)行的戰(zhàn)爭也恰恰是這樣一種情況：即雖然地形比較險(xiǎn)要，但主要仍是進(jìn)攻柵寨和城池——這與對太平軍的作戰(zhàn)毫無二致?？墒?，左宗棠很珍視攻城大炮，他有幾位老軍官曾學(xué)過如何使用它們。
左宗棠也得到了要解決他的財(cái)政和后勤問題的保證。在飽受戰(zhàn)禍的陜西和甘肅兩省，食品匱乏，物價(jià)騰貴。左宗棠定下了一條規(guī)矩：必須有三個(gè)月的糧餉在手，他的部隊(duì)才能打大仗。［5］ 不僅軍火，甚至大量糧食也得從其他省份運(yùn)入陜西和甘肅。左宗棠為了籌措給養(yǎng)，明確地要求北京同意從古以來歷代王朝所通用的一個(gè)慣例：即以東南之資源，供西北之軍需。1867年，清帝要求東南沿海五省對“西征餉項(xiàng)”每年助銀三百二十四萬兩。這款項(xiàng)在清代財(cái)政上稱為“協(xié)餉”，但只實(shí)行于這些省份已經(jīng)征足北京或其他省份需要的各種捐助餉額之后。［6］ 左宗棠早在1867年就謀劃促使各省提出滿足其軍事需要的定額。他要求清帝并得到清帝批準(zhǔn)從外國商號得到一次總付的貸款安排；這筆貸款由通商口岸各稅務(wù)司擔(dān)保，并經(jīng)各省巡撫加蓋印信批準(zhǔn)，限期由各省還款給外商。1867年5月，左宗棠駐上海的代理人胡光墉（約1825—1885年）就以這種方式獲得了一百二十萬兩的洋商貸款。但是，在同年12月當(dāng)左宗棠要求在同樣安排下再次借貸外債二百萬兩時(shí)，清廷反對胡光墉所開出的高利息，而只批準(zhǔn)了此借款的半數(shù)。四個(gè)口岸的稅務(wù)司奉命借給左宗棠要求的余下的一百萬兩，不付利息。［7］ 因此，左宗棠暫時(shí)不得再向外商謀取另外的借款了。但是為了應(yīng)付他的需要，清廷立即籌措了每年總數(shù)達(dá)六百二十四萬兩的“西征餉項(xiàng)”，增攤了原來五省承擔(dān)的定額，還要求另外兩省也予以捐助。其中大多數(shù)省份并未迅速解足它們的餉額。但是，左宗棠確從這些省份平均每年收到了四百萬兩（從左宗棠最初于1866年9月被任命來陜甘就職起到1874年2月止）。［8］
1867年，甚至在他抵達(dá)陜西以前，左宗棠就已在上海和漢口設(shè)立了兩個(gè)局，承辦軍需。在西安他建立了一個(gè)衙署向各戰(zhàn)區(qū)分配給養(yǎng)，設(shè)立了另一個(gè)衙署以保持與其他省份的通訊聯(lián)系。在上海弄到的軍火用外國人的汽輪運(yùn)往漢口，再用帆船把它們和其他給養(yǎng)溯漢水運(yùn)往陜西邊境，然后經(jīng)陸路運(yùn)往西安。在四川購買的大米則用木船沿嘉陵江而上送往陜西的兵站。供應(yīng)給陜北山區(qū)部隊(duì)的糧食則來自山西或內(nèi)蒙古的歸化。給陜北和寧夏的軍火是經(jīng)由天津首先運(yùn)到歸化的。左宗棠不想使他的運(yùn)輸系統(tǒng)成為沿路地方當(dāng)局的負(fù)擔(dān)。他的代理人和護(hù)航隊(duì)押送著每一起貨運(yùn)，而每一個(gè)搬運(yùn)工或車夫都應(yīng)該是車資照付的。一旦進(jìn)入陜西境內(nèi)，縣長們就準(zhǔn)備足夠的夫役車輛逐縣撥運(yùn)。縣長所付的這些費(fèi)用將予以清償。［9］ 這一整套供應(yīng)系統(tǒng)充分顯示了左宗棠的組織才能，而它也一定運(yùn)轉(zhuǎn)得相當(dāng)不錯(cuò)，因?yàn)楦拭C的戰(zhàn)事確確實(shí)實(shí)進(jìn)行下去了。
左宗棠早些時(shí)候曾宣布他對回民戰(zhàn)爭的一條原則。他將樂于接受一個(gè)叛亂首領(lǐng)的投誠，只要他是真正的投誠，即投誠者應(yīng)交出武器、馬匹和糧食，另外，還要接受左宗棠關(guān)于重新安置他本人及其追隨者的計(jì)劃。左宗棠把朝廷三令五申的旨意廣為曉喻，即只問其為良或逆，不問其為漢與回。但左宗棠還有一條原則：決不姑寬新教的任何積極的追隨者，因?yàn)樗研陆瘫茸銎髨D搞顛覆的白蓮教異端。［10］ 在種族戰(zhàn)爭、官軍的暴行和饑饉后的疾疫流行使得漢人與回民大批被仇殺的省份里，左宗棠對東干人的戰(zhàn)爭是一場在儒將和阿訇-軍閥之間所進(jìn)行的嚴(yán)酷的意志較量。左宗棠不久就發(fā)現(xiàn)，他的勇營并非總是忠誠可靠的。他幾乎沒能保持他們的士氣。士氣之提高僅僅是由于：左宗棠提供了充足的給養(yǎng)；允許擄掠被攻破的富庶的回民據(jù)點(diǎn)；此外，整個(gè)軍隊(duì)還意識到，左宗棠的精銳勇營所用的歐洲來復(fù)槍和攻城大炮最終會(huì)有殺敵致果之效。
從陜西往西開拔時(shí)，左宗棠有兩大目標(biāo)，即金積堡附近的馬化龍據(jù)點(diǎn)以及位于甘肅東南董志原的陜西回民的農(nóng)村基地。要在后一個(gè)地方取得勝利是比較容易的，因?yàn)殛兾骰孛竦氖舜鬆I既無統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)中心，又無可資防守的據(jù)點(diǎn)；在他們的四千五百平方英里的富饒土地附近的少數(shù)大城市又已被甘肅回民盤踞，而且甘回并不總是援助他們的陜回教胞的。1869年2月中旬到4月初，左宗棠的部隊(duì)橫掃了董志原，據(jù)說斬殺兩萬余人。大股大股的陜回現(xiàn)在四散逃遁。有幾位首領(lǐng)暫時(shí)往北占領(lǐng)了靠近金積堡的一些市鎮(zhèn)。馬化龍收編了其中的幾個(gè)人及其部隊(duì)。他給其余一些人贈(zèng)送了駱駝，勸說他們另投他處。［11］ 陜西的一股回民越過黃河，進(jìn)入寧夏。他們到達(dá)了阿拉善旗蒙古王公領(lǐng)地，洗劫了他的村莊和祖塋，使得北京匆匆忙忙從內(nèi)蒙其他地點(diǎn)調(diào)兵來此。［12］ 可是，大部分陜西首領(lǐng)則帶著各自的人馬滯留甘肅，主要聚集在蘭州東北和西南諸市鎮(zhèn)，或者聚集在這些市鎮(zhèn)的附近。
雖然攻占董志原比較容易，但是，征服甘肅回民自己的據(jù)點(diǎn)則困難得多。左宗棠在攻打甘肅地區(qū)四個(gè)主要叛亂中心（金積堡、河州、西寧及肅州）所遇到的復(fù)雜問題，從金積堡戰(zhàn)役的歷史中即可看出；它的作戰(zhàn)計(jì)劃是1868年后期制訂的。［13］ 三支主力部隊(duì)計(jì)劃聯(lián)合進(jìn)攻。自直隸捻軍之戰(zhàn)前線返回甘肅的劉松山預(yù)定從河南橫穿陜北，從東面進(jìn)逼金積堡；在山西保衛(wèi)包頭地區(qū)的張曜的豫軍應(yīng)穿越內(nèi)蒙，沿黃河西岸南下；左宗棠的其他部隊(duì)預(yù)計(jì)占領(lǐng)甘肅的平?jīng)龊凸淘瑥哪现壁吔鸱e堡。但是，只是在左宗棠自己的部隊(duì)經(jīng)歷了危機(jī)和挫折之后，這一作戰(zhàn)方案才最后得以貫徹。
最嚴(yán)重的危機(jī)是內(nèi)部危機(jī)，因?yàn)閺?869年3月到4月，即正當(dāng)董志原之戰(zhàn)取得勝利的時(shí)候，左宗棠所部的最精銳部隊(duì)中發(fā)生了兩次驚人的嘩變。3月后期當(dāng)劉松山已橫穿陜北而抵達(dá)甘肅寧夏邊境時(shí)，綏德（在延安東北約七十五英里）發(fā)生了一次兵變，劉松山原在這里留下了四千五百名士兵守衛(wèi)著供應(yīng)站。包括后來承認(rèn)是哥老會(huì)會(huì)員在內(nèi)的幾百名士兵搶劫了糧站，并占據(jù)了綏德城。叛兵中有多達(dá)四名哨官在內(nèi)，據(jù)說也都是哥老會(huì)會(huì)員。［14］ 劉松山本人于4月初趕回綏德后，兵變迅即被平定，但顯然與綏德兵變并無牽連的另一次兵變同時(shí)又在陜西中部、西安以北八十英里的宜君爆發(fā)，殺死了一位統(tǒng)領(lǐng)。這一次的幾百名叛兵中也有哥老會(huì)的會(huì)員。參加者中的四名哨官和一名營官據(jù)說也是哥老會(huì)的成員?？墒?，叛兵被忠于左宗棠的部隊(duì)抓起來了。左宗棠親自處死了五名為首分子。他認(rèn)為哥老會(huì)起源于四川和貴州，是通過投誠的太平軍（他們都是川、貴兩省的土著），或者通過其他省份的“散勇”（他們來到陜西是為了搞投機(jī)冒險(xiǎn)活動(dòng)）而使湘軍受到影響的。他希望這些梟蝮鬼蜮之輩在他的部隊(duì)中只是極少數(shù)。［15］ 可是，哥老會(huì)作為進(jìn)行合法和非法活動(dòng)的地下互助組織，卻長期存留在左宗棠的部隊(duì)之中。
進(jìn)攻金積堡之役被兵變及其善后問題所中斷，直到8月中旬才恢復(fù)。從陜北進(jìn)軍的劉松山在9月初抵達(dá)靈州附近。經(jīng)與左宗棠的兵力進(jìn)行對比，馬化龍對自己的力量可能不抱幻想了。他投書給左宗棠想談判和平，但他的倡議被嚴(yán)予拒絕。［16］ 在11月，靈州被劉松山攻克；左宗棠部署在南邊的部隊(duì)已攻下了固原等城市，繼續(xù)向北挺進(jìn)?？墒牵挚挂苍絹碓絽柡?，因?yàn)橛性絹碓蕉嗟鸟R化龍的甘肅新教徒——包括一度占有董志原的陜西回民在內(nèi)——參加了戰(zhàn)爭。左宗棠不久就要面臨一位景慕他的傳記作者所稱述的“他整個(gè)事業(yè)中最大的一場災(zāi)難”了。［17］
劉松山在從靈州南下途中必須打通數(shù)以百計(jì)的設(shè)防村寨——這些村寨都三面環(huán)山，西瀕黃河。擁有火器的村寨防守者們又都是馬化龍最堅(jiān)定的信徒。劉松山不得不緩緩前進(jìn)，但他在1870年2月14日死于炮火之中。［18］ 雖然他的能干的侄兒和前參謀軍官劉錦棠（1844—1894年）設(shè)法保住了他的部隊(duì)而未使之四散，但部隊(duì)的前進(jìn)停頓了下來。剛巧就在這個(gè)時(shí)刻，馬化龍發(fā)動(dòng)的一次戰(zhàn)線遼闊的攻勢產(chǎn)生了引人注目的效果。馬化龍使用了他曾經(jīng)窩藏或幫助過的陜回，已于1月初在陜西的幾個(gè)部分發(fā)動(dòng)了騎兵突襲。在劉松山戰(zhàn)死之前幾天，陜西的東干人陳霖切斷了劉松山在陜北的供應(yīng)線。另一陜回馬正綱現(xiàn)在也率領(lǐng)他的騎兵馳抵渭河流域。［19］ 2月15日他通過西安以東，渡過渭河，回到了東干人八年前發(fā)動(dòng)叛亂的老地方。
在甘肅，在金積堡南邊，已進(jìn)抵距金積堡不足五十英里之處的左宗棠部隊(duì)，也在劉松山戰(zhàn)歿之前兩天吃了敗仗。敗仗又變成了潰退，清軍不得不撤退到固原。這一連串挫折使得北京感到愕然，所以在3月降旨命李鴻章從湖北率領(lǐng)其有名的精兵赴陜，接管該省的戰(zhàn)爭事宜。［20］
可是，左宗棠的軍事態(tài)勢還可以僥幸地立于不敗之地。因?yàn)楸M管事實(shí)上他需要遠(yuǎn)離供應(yīng)地作戰(zhàn)，盡管他的軍事體系有許多弱點(diǎn)，但幸虧有他的運(yùn)籌帷幄和北京的支持，使他在甘肅所得到的資源足與馬化龍的資源相匹敵。突破左宗棠警戒線而返回陜西的東干人總數(shù)似不足四千人，他們被左宗棠派回陜西的騎兵及該省的其他部隊(duì)所遏阻。［21］ 劉松山的死是一大打擊，但只要將帥之間和官兵之間的融洽關(guān)系還未受到損害，勇營體系——盡管它有不公正和貪污受賄現(xiàn)象——的團(tuán)結(jié)還仍然保持著。幸運(yùn)的是，劉錦棠得心應(yīng)手地接了他叔父的班。左宗棠馬上任命劉錦棠為“老湘軍”的統(tǒng)領(lǐng)，而且在1870年3月得到恩準(zhǔn)，這又增加了這位年輕將官的聲望。他的陜北供應(yīng)線仍被切斷而不通。但軍糧問題因有了用木筏沿黃河而下運(yùn)到吳忠堡的糧食而得到了解決；這條路是由張曜打通的。［22］
早在3月10日，劉錦棠就再次迫近了金積堡。與此同時(shí)，甘肅東南的左宗棠部隊(duì)在有騎兵作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)的川軍將領(lǐng)徐占彪的率領(lǐng)下，甚至在李鴻章于6月份到達(dá)陜西以前（他于下月有新任務(wù)去直隸?。?，就已返回到金積堡周圍。到了9月份，已有幾支清軍包圍了馬化龍的據(jù)點(diǎn)，與劉錦棠建立了直接的聯(lián)系；劉錦棠此后取得保證，可以從左宗棠在甘肅的總部獲得糧食和軍火。
曠日持久的消耗戰(zhàn)終于弄得馬化龍的基地糧秣告盡。到1870年9月，在金積堡周圍五百來個(gè)碉堡中被劉錦棠蕩平到只剩下一、二十個(gè)了。克虜伯的攻城炮從上海運(yùn)到甘肅給劉錦棠，還送來一個(gè)給曾國藩當(dāng)過炮手的軍官。炮彈沒有能夠炸開金積堡的厚厚的城墻（據(jù)說有三十五英尺厚），但劉錦棠在10月份建造了一座高高的大炮陣地，居高臨下，飛過城墻直接打入城內(nèi)。［23］ 金積堡的居民死亡相繼，只靠草根和死人的尸骸充饑。馬化龍終于在1月份向劉錦棠繳械投誠；他交出的武器包括46門大炮、293門土炮、l，030支獵槍，以及180支洋槍。左宗棠暫緩處決馬化龍，命令他勸說其他地方的甘肅回民也投降?？墒?，沒有一個(gè)重要的首領(lǐng)出來降順；當(dāng)嚴(yán)密隱藏在金積堡的一千二百多支洋槍被清軍查出來后，左宗棠下令處決了馬化龍及其成年男性親屬。馬化龍的大約八百名參謀和軍官及一千名士兵被屠殺。幸存下來總數(shù)達(dá)一萬四千名的壯健居民（包括多達(dá)一萬一千名的陜西回民）被遷往平?jīng)龈浇?。那些衣食無著的二萬名婦孺老人則被送往甘肅南部的難民營。清兵獲準(zhǔn)盡量搜括財(cái)物。1869年已投降劉松山的那些漢族血統(tǒng)的陜北劫掠者，則被鼓勵(lì)攜帶家口遷居金積堡，使它變成一個(gè)漢民城市。［24］
馬化龍死后，左宗棠相信，再也沒有其他東干人領(lǐng)袖能夠把出身各異的回民叛亂者糾集起來組成一個(gè)大運(yùn)動(dòng)了?？墒?，在甘肅省的幾個(gè)地方和毗鄰的青海省還存在著一些強(qiáng)大的叛亂中心。正在這時(shí)，北京又因內(nèi)外蒙古傳來的消息而深為困擾。7月份，幾百名來自甘肅的回民騎兵侵襲了多倫附近的內(nèi)蒙古。與此同時(shí)，一支更大的回民部隊(duì)（他們發(fā)端于甘肅走廊，在前一年曾搶掠和焚燒烏里雅蘇臺(tái)）穿過沙漠，于10月初來到了距庫倫僅幾天路程的部落領(lǐng)地上。蒙古族軍隊(duì)和滿洲軍隊(duì)穿越草原來保衛(wèi)多倫和庫倫。甚至直隸省的綠營練軍也奉旨被調(diào)到庫倫。這兩股回民隊(duì)伍似是在1871年11月——即在俄國占領(lǐng)伊犁后四個(gè)月——被擊潰的。［25］
左宗棠認(rèn)為，他的首要任務(wù)是清除甘肅余下的叛亂中心。他利用對馬化龍取得的勝利，散發(fā)通告禁止新教，但允許寬赦被新教煽動(dòng)而誤入歧途的人，可是他又暗示，赦罪范圍不包括哈里發(fā)和毛拉們。清帝批準(zhǔn)的這一為甘肅省轄區(qū)所奉行的政策，［26］ 在1871年9月開始的河州之役頗具實(shí)效。清軍緩緩?fù)七M(jìn)，于11月進(jìn)到距河州三十英里的范圍內(nèi)，但在1872年2月被控制著該城的一位舊教回民叛亂頭目馬占鰲所逐回。左宗棠的部隊(duì)在一條寬闊河流的岸上的一個(gè)設(shè)防市鎮(zhèn)遭到慘敗，雖則他已經(jīng)使用了新式來復(fù)槍?？墒?，馬占鰲即使有此勝利，他仍然決定談判和平，以便盡可能利用眼看最后會(huì)是沒有希望的形勢。他告訴他的徒眾，在備受戰(zhàn)禍蹂躪的甘肅，如果戰(zhàn)爭繼續(xù)下去，“不惟漢族仇怨日深，回族亦無立足之地”。因此，勝利后的投降要比失敗后的投降好一些。［27］ 他準(zhǔn)備向左宗棠移交四千匹馬和“一萬多件火器和刀矛”，但取得了左宗棠提出這樣的保證：河州的回民是多數(shù)民族，應(yīng)繼續(xù)在那里居住，漢民則要一次遷出。到了6月份，河州的漢民和大約二千名陜回，已被安置到了別處。馬占鰲及其他從前的叛亂領(lǐng)袖們最后被吸收進(jìn)了一個(gè)綠營軍官所統(tǒng)率的地方戍軍中去，左宗棠的部隊(duì)則在附近各城市監(jiān)視著他們。［28］
1872年8月，左宗棠移節(jié)于蘭州的總督官署內(nèi)。鑒于俄國侵占伊犁，他已于1871年12月派一支部隊(duì)去肅州，此地是離甘肅通往新疆的咽喉部位不遠(yuǎn)的戰(zhàn)略要沖城市。在徐占彪的率領(lǐng)下，這支六千五百人的部隊(duì)（包括騎兵在內(nèi)）到了1872年夏季已能在叛兵占據(jù)的肅州附近建立鞏固的據(jù)點(diǎn)。但左宗棠首先集中注意的是蘭州西北一百二十英里的西寧，這特別是因?yàn)樗?872年被陜回首領(lǐng)所控制，其中包括白彥虎在內(nèi)；白彥虎曾經(jīng)是馬化龍的黨羽，現(xiàn)在擁有一萬余名久經(jīng)戰(zhàn)斗的回民戰(zhàn)士。劉錦棠于8月承擔(dān)了攻擊西寧的任務(wù)。劉錦棠花了三個(gè)月時(shí)間才得以突入西寧險(xiǎn)要而又防守嚴(yán)密的地帶，但最后他終于取得優(yōu)勢。他殲滅了一萬名回民黨徒，但白彥虎卻漏網(wǎng)而逃。捍衛(wèi)新教的西寧“回民紳士領(lǐng)袖”馬桂源在青海撒拉族的領(lǐng)地上被清軍追捕到手。［29］
左宗棠在這整個(gè)時(shí)期實(shí)際上一直在準(zhǔn)備對肅州進(jìn)行決定性的攻擊；許多東干族首領(lǐng)云集在肅州，集合在新教統(tǒng)領(lǐng)馬文祿（本來出身于西寧）的麾下。為了增援徐占彪的部隊(duì)，左宗棠在1872年12月從他自己的湘軍中派去三千人；在左宗棠的請求下宋慶和張曜兩支豫軍也奉旨前來會(huì)戰(zhàn)。新近被任命為烏里雅蘇臺(tái)將軍的金順也參加了戰(zhàn)斗。左宗棠忙于安排財(cái)政和給養(yǎng)，包括在蘭州建立一座不大的兵工廠，并命一位有些軍械知識的干練的陸軍軍官、廣東人賴長開始為德國攻城炮加造炮彈。［30］ 左宗棠雖因組織戰(zhàn)爭，軍書旁午，不得分心，但良心和政策仍促使他要為“回民良民”的生活作出安排，以達(dá)到消除種族沖突的根源的目的。這時(shí)只有兩萬陜回難民留在甘肅。他們不能回家，因?yàn)榧戳钍沁@一小批人也不受陜西的歡迎。左宗棠保證將平?jīng)黾捌淠戏絻蓚€(gè)城市附近的農(nóng)村地區(qū)的土地?fù)芙o他們，并與漢人社會(huì)隔絕開來。必須從某些城市趕出的甘肅回民則被遷往蘭州附近同樣指定的地區(qū)。以下規(guī)定必須被嚴(yán)格執(zhí)行：居民用保甲制度組織起來，十戶的頭頭由官方選派；準(zhǔn)許貿(mào)易，但任何人想要進(jìn)城都必須持有縣長的許可證，凡是想去外省的人則必須向道臺(tái)申請護(hù)照；不許舉行新教儀式。這些被隔離的移民都分得可以灌溉的土地，每一家地畝的多少依它人口的數(shù)量而定。供給農(nóng)具和種子。凡不能工作或找到家庭的難民，可繼續(xù)接受救濟(jì)。［31］
同時(shí)由于宋慶的三千步兵和五百馬兵在1873年年中到達(dá)，肅州的包圍得以完成。在六位統(tǒng)領(lǐng)統(tǒng)帶下的整個(gè)清軍迅即數(shù)逾一萬五千名。9月中旬，左宗棠本人親臨前線，隨身帶了兵工廠經(jīng)理——也是大炮專家——賴長?？颂敳笈诂F(xiàn)在轟擊著厚厚的城墻，炮火還得到埋在城墻下爆炸的地雷的助威。10月24日清兵入城，馬文祿投降。左宗棠上奏說，五千四百名土著回民和一千五百七十三名從外地到肅州來的回民于11月12日被處決。他向他的西安總部的軍需提出了他的計(jì)劃：肅州回民中的老人、青年和婦女將和甘肅走廊其他兩個(gè)主要城市幸存下來的回民一起，在甘肅南部得到安置。“自此，關(guān)內(nèi)甘涼肅三郡可無遺種，而關(guān)內(nèi)外可免勾結(jié)之患?！弊笞谔挠謱懙溃骸皵?shù)十年征伐之事以此役（攻克肅州）為最妥善；次日各軍因爭賊贓，亂我章法?！保?2］
?。?］ 中田吉信：《同治年間的陜甘回亂》，載《近代中國研究》，第3期（1959年）第132頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉?，卷30第66—67頁；卷37第64頁?！蹲笪南骞鵂?，卷10第36頁；卷11第32頁。
?。?］ 《左文襄公全集·文集》，卷1第18頁?！蹲笪南骞鵂罚?0第23—26、52頁；卷11第10頁。
?。?］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第105頁；秦翰才：《左文襄公在西北》，第51—52頁。
?。?］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第45頁；卷14第48、55頁；卷16第27頁?！蹲笪南骞づ?，卷1第34—35頁。
［5］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷39第17頁。
?。?］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第112—119頁。劉廣京：《清末地方權(quán)力范圍的再估價(jià)》，第204頁注58—59。
?。?］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷220第26—27頁；卷244第19—29頁。
?。?］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第113—114頁。
?。?］ 秦翰才：《左文襄公在西北》，第59—63頁。
［10］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第127—128頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉?，卷32第10頁；卷38第63頁。
［11］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷31第16頁；《左文襄公全集書牘》，卷10第32、52頁。
［12］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷261第24頁；卷262第17—19頁；卷263第10—11頁；卷276第23頁。1871年曾在阿拉善和鄂爾多斯旅行過的普列杰瓦爾斯基記錄了東干人對這兩處地方侵襲的后果，見他的《蒙古，唐古特和北藏》（德爾馬·摩根英譯本），卷1第198、201頁、238頁注、259頁。
［13］ 《左文襄公全集·書牘》，卷10第19、26、36頁。
?。?4］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷31第22頁。
［15］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷31第2、23、27、28—29頁?！蹲笪南骞鵂罚?0第35頁；參照卷11第29頁。
?。?6］ 《左文襄公全集·書牘》，卷10第55頁；卷11第7、10頁。《左文襄公全集·奏稿》，卷33第2—3、17頁。
［17］ 貝爾斯：《左宗棠：舊中國的軍人和政治家》，第246—247頁。
?。?8］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷34第60—61頁。
?。?9］ 關(guān)于陜回從甘肅西南部馳援金積堡的記載，見郭廷以：《近代中國史事日志》，第528—533頁。
?。?0］ 《大清穆宗實(shí)錄》。卷277第1—3頁。
［21］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第2、23頁。《左文襄公全集·奏稿》，卷35第1—2、21頁。
［22］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷276第7頁；卷282第15頁（第6行）?！蹲笪南骞鵂?，卷11第1頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉?，卷35第41頁（第8—9行）。貝爾斯的《左宗棠》一書第240和248頁上的地圖。
?。?3］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第21、27頁?！蹲笪南骞ぷ喔濉罚?6第65頁；卷37第12—13、59頁。
?。?4］ 《左文襄公全集·書牘》，卷11第33頁。《左文襄公全集·奏稿》，卷37第60頁；卷38第3—5頁。秦翰才：《左文襄公在西北》，第79頁。
?。?5］ 《大清穆宗實(shí)錄》，卷293第17頁；卷309第22—23頁；卷312第10—11頁；卷313第1、11頁；卷315第6頁；卷319第12頁；卷320第12頁；卷321第16頁。1870年12月普列杰瓦爾斯基在庫倫即聽說東干人襲擊了烏里雅蘇臺(tái)。他記述說，一支俄國分遣隊(duì)曾被派往庫倫，并且停留了一年多時(shí)間；見他的《蒙古，唐古特和北藏》，卷1第16、62頁。
?。?6］ 關(guān)于左宗棠的告示，見《回民起義》，第4冊第1頁（圖版）。按照乾隆時(shí)代的前例，清帝沒有批準(zhǔn)左宗棠在全帝國實(shí)施這條禁令的奏請；《大清穆宗實(shí)錄》，卷310第15—16頁。
?。?7］ 馬霄石：《西北回族革命簡史》，第46—47頁。
?。?8］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷41第5—10、36、61—64頁。
?。?9］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷42第50—51頁；卷43第24—25頁。
［30］ 《左文襄公全集·書牘》，卷13第23、32頁。陳其田：《左宗棠：促進(jìn)中國船政和羊毛紡織業(yè)發(fā)展的先驅(qū)》，第51—53頁。
?。?1］ 朱文長：《中國西北的回民叛亂》，第149—155頁。秦翰才：《左文襄公在西北》，第78頁。
?。?2］ 《左文襄公全集·奏稿》，卷43第65、85—86頁?！蹲笪南骞鵂?，卷13第34—35頁。
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