當(dāng)黃興在南京組織討袁軍后，江蘇都督程德全陽為贊成，陰存觀望，于7月17日托病由南京赴上海。迨7月25日，袁軍已攻下江西湖口，程德全乃發(fā)出通電，向袁輸誠，電云：“南京獨立，系黃興及第八師師長陳之驥所為，現(xiàn)已另刊關(guān)防，召集水陸軍警，亟圖恢復(fù)云云?！边@時，上海的討袁軍因受外人干涉，司令部被解散，南京無以為恃。馮國璋、張勛乃各率大軍沿津浦路南下，黃興于是功敗垂成，退出南京，陳之驥亦取消獨立，以師長名義維持南京秩序。8月11日何海鳴重組討袁軍于南京，與馮、張兩軍作殊死戰(zhàn)凡20日，9月1日袁軍大舉進(jìn)攻，何兵外無奧援，孤軍苦戰(zhàn)，困疲萬分，不能再守，南京遂被袁軍攻占。張勛和他的辮子軍攻城時，曾下令城下之日大掠三日以為獎賞，于是南京城被辮子軍攻下后，遂遭浩劫。
北洋軍對南京的作戰(zhàn)任務(wù)，是由張勛部攻打太平門，雷震春部攻打南門，馮國璋部攻打北門。張勛使用掘地道、埋地雷種種方法，轟倒了一段城墻，于9月1日攻進(jìn)了太平門。城破后，北洋軍放火燒了下關(guān)，城內(nèi)還有三五成群的討袁軍殘部在巷戰(zhàn)，這時的討袁軍總司令何海鳴，躲在馬棚草堆下得以乘機(jī)逃脫。從9月1日至3日，張勛大縱兵士任意地奸淫搶劫，他于9月4日才進(jìn)城。洗城的那三天中，雷震春軍在南門，張勛軍在北門，好像劃分勢力范圍一樣，挨家挨戶地?zé)龤寭?，上自天花板，下至陰溝都不放過。許多婦女投秦淮河自殺。由于討袁軍總司令黃興是湖南人，堅守南京的部隊也絕大部分是湖南人，因此張勛對湖南人恨得最厲害，湖南會館先被查封，湖南人被殺的也不計其數(shù)。在搶劫過程中，城內(nèi)大街小巷出現(xiàn)了各式各樣的怪現(xiàn)象，有些兵士脫下軍衣，把步槍當(dāng)作扁擔(dān)來搬走他們的“戰(zhàn)利品”，有的強(qiáng)迫人力車替他們搬運(yùn)，有的則因搶奪贓物而互相槍擊。張勛雖然打了一次勝仗，可是等到士兵們歸隊點名時，卻少了很多，這些士兵不是戰(zhàn)死而是失蹤，他們?yōu)槭裁词й櫮?？原來他們打完了仗，老總們都飽擄滿載，發(fā)了一筆不小的財，于是他們便開小差回家去享福了。
南京市民用罷市運(yùn)動來抗議辮子軍的罪行，張勛用武力對付，強(qiáng)迫商人開市，他認(rèn)為開門七件事最要緊，乃勒令柴、米、油、鹽、醬、醋、茶店鋪首先開門，其余的則一概不理。
9月9日，滬寧火車首次通車，南京市民們扶老攜幼，不約而同地都趕到火車站，想搭車離京康德主義，對資本主義關(guān)系作抽象的超階級的解釋，把資本，以逃避辮子軍暗無天日的洗劫。火車站上人山人海，擁擠不堪，人人都爭先恐后要離開南京這座黑地獄。因為辮子軍在南京的洗劫，毫無終止的跡象，同時又聽說張勛且要駐節(jié)南京，遂使南京市民們一傳十、十傳百，這是由于張勛過去治理南京的余悸還深印在大家心上。
提起張勛實在是中國近代史上的一個怪物，他的辮子軍殺人放火無所不為。當(dāng)清帝退位前，他曾率軍勤王，勤王軍在天津被洋兵擋阻，他才怏怏回到德州。這次聽到革命黨又在南京“造反”，“袁宮保”又要和革命軍打仗，他乃自告奮勇率兵剿“匪”。袁派他會同馮國璋攻南京，這正給他恢復(fù)自己因辛亥革命而失去的江南地盤的大好機(jī)會。
張勛和辮子軍攻下南京后，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震動，連袁世凱聽了也為之驚訝，于是發(fā)電給南京各軍師，全電如下：
“閱路透電，稱南京城內(nèi)住宅商店，茅舍草屋，無不被搶，婦女老小貧富是物質(zhì)的固有屬性，并對運(yùn)動作了分類，但他所理解的運(yùn)動，多被奸淫，其余均入外人家避難，各軍皆然，而張部藍(lán)衣兵實占多數(shù)。各官長目睹不理，所謂不傷一人，不驚一戶之宣告，完全背棄。日本民居，亦多被害，有自日領(lǐng)署出者，被兵槍斃三人，受傷一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此強(qiáng)暴行為，如果盡確，則是喪盡名譽(yù)，大干軍律。查各國軍人素尚文明，即俘虜亦無凌虐。吾國削平內(nèi)亂，自殘同類，已屬可矜，況無辜良民，久困匪中，日望援救，聞?wù)邏嫓I，見者痛心。若以盜賊之行為，尤而效之，各國傳布報紙，目為野蠻，于立國大勢，所關(guān)非細(xì)。且亂黨乘間抵隙，執(zhí)為口實，更足以煽動人心，東南大局，何時可定？各弁目等，誰無身家妻子，入伍為兵，退伍即民，易地以觀，忍乎不忍？民納稅以給餉，兵出力以衛(wèi)民，不能衛(wèi)之，而反擾之，天良何在？為之官長者，目睹何忍？本大總統(tǒng)治軍數(shù)十載，素以保民為宗旨，聞此情形，不禁泣下。仰即傳集各該官長，剴切誥誡，并明查暗訪，得有奸搶實據(jù)，立按軍法嚴(yán)辦，以期湔洗于萬一。至保護(hù)外人生命財產(chǎn)，更屬文明通例，尤應(yīng)格外留意，勿因細(xì)故，敗壞大局為要?！?br/>
張勛復(fù)袁電一：“大總統(tǒng)鈞鑒：魚電謹(jǐn)悉。此次南京城下之日，各軍爭功，蜂擁而進(jìn)，與匪軍巷戰(zhàn)一二晝夜，全城鼎沸，子彈紛馳。嗣后匪軍逃竄，乘機(jī)搶掠，土匪助虐，益肆兇殘，多有假冒官軍情事。當(dāng)此之時，秩序已紊，加以各軍號令不一，非以嚴(yán)刑，難期整飭。勛因破除情面，隨派干練弁兵，巡行街市，隨地正法者二百余名，截留衣物無算。然后始得漸就平復(fù)，此金陵各國旅居洋人之所共見。今路透電，乃以藍(lán)衣兵獨占多數(shù)為言。查勛軍入城，僅占東北一隅，此處荒僻，民戶無多，其余各處繁盛之區(qū)，均由各軍分扎，孰搶孰否，不難按戶而稽。且前次我軍奪取天保城各要隘時，匪軍屢次喬扮勛軍裝服，希圖混進(jìn)。且藍(lán)衣之說，亦難據(jù)為確實證據(jù)，亦何所用其回護(hù)。應(yīng)請簡派公正大員來寧，親赴被難之家，確實調(diào)查，以昭信讞，而全軍譽(yù)?！?br/>
張勛雖復(fù)電給袁，推卸洗劫南京的責(zé)任，可是辮子軍的暴行，中外目睹，所以袁世凱和北京參謀本部、陸軍部都來電徹查，使他也極為傷腦筋，不得不再二再三申復(fù)。下面是張勛的第二、第三次給袁復(fù)電：
張勛復(fù)袁電二：“大總統(tǒng)鈞鑒：拱密。參陸西部陽電，傳奉鈞令，敬悉。此次南京倡亂獨立，城內(nèi)閭閻，本已重遭糜爛過程，人們在改變自己現(xiàn)實生活的同時，也改變著自己的意，迨及城下之日，諸軍萃集，巷戰(zhàn)連朝，土匪潰軍，乘機(jī)焚掠，于時秩序已紊，諸統(tǒng)將專事殺敵，兼顧難周。一二不法軍人，趁各軍號令尚未統(tǒng)一之際，繼匪軍劫掠之余，見物輒取，固所不免，當(dāng)經(jīng)派員率隊巡行街市，但見有持挾衣物搶掠者，無論軍匪，概行立地正法。計共斬決二百余名，截留衣物無算，均交商會分別給主認(rèn)領(lǐng)，并將約束不嚴(yán)之該管官弁斥革。中外商民，皆所共見?，F(xiàn)仍會同諸軍竭力稽查，認(rèn)真根究，務(wù)得實犯，嚴(yán)加懲辦。謹(jǐn)此復(fù)陳，伏乞垂察?！?br/>
張勛復(fù)袁電三：“大總統(tǒng)鈞鑒：魚日電諭敬悉。重承責(zé)問，滋切悚皇。此次叛兵占據(jù)金陵，反復(fù)哄爭，閉關(guān)自毒，地方秩序，業(yè)已破壞不堪。迨海陸各軍，會合圍攻，全城均當(dāng)戰(zhàn)線，攻者愈力，守者愈堅，居民遷徙避藏，受無妄之災(zāi)者亦愈眾。既而逆首知勢不敵，竄匿無蹤，合數(shù)萬之悍賊驍匪，以及失業(yè)游民，麇集一隅，漫無約束，其任意勒索，多方蹂躪，人言鑿鑿，聞?wù)吆?。勛等逆料及此，迭?jīng)通飭營隊，曉諭軍人，務(wù)以恪守紀(jì)律，不擾善良為第一要義。復(fù)傳集各官長剴切告誡，不啻三令五申。惟民匪同困重圍，本屬斷腕求瘳之計。若戰(zhàn)斗中而復(fù)責(zé)以保護(hù)，智勇俱難為力。堅城既破，我軍如墻而進(jìn)，肉搏沖鋒，賊匪梗頑，尚在竭力抵御，黠者褫裝棄械，隨處搜括，紛紛潰逃。地痞流氓，爭取所遺衣械，遂得假冒兵士，乘機(jī)劫奪，快意須臾。與勛前攻天保城時，叛軍多草帽藍(lán)衣，希圖擾亂伎倆，如出一轍。賊倡其先，匪踵其后，荒衢僻巷，亦幾十室九空。其時我軍師旅團(tuán)營，參伍綜錯，注重占領(lǐng)要隘，警備非常，不能遽爾分兵四出剿捕。營壘粗就，始得派遣游騎周匡偵巡，余孽漸次肅清，而公私已蕩然盡矣。勛等馳入寧垣，察視情形，雖不至如路透電所云之甚，然瘡痍遍地，目擊心傷。一面會同出示招集流亡，并分別嚴(yán)申軍令，拿獲搶劫之犯，隨時立正典刑，兵士間有取攜，亦揮涕斬殉不少寬假。連日捕殺約百余人，所有贓物，概發(fā)商會招領(lǐng)，市面略定，人心少安。勛與國璋，督師分道南來，既未能不戰(zhàn)而屈人，又無從臨戰(zhàn)而弭禍，彷徨中夜，內(nèi)疚良多。而路透電竟以賊匪強(qiáng)暴慘虐之行為，獨使我軍蒙其重謗，不惟勛等難甘默認(rèn)，即全軍官長均受有完全教育，詎肯明知故縱，棄隳身名。事實始終，歷歷在目，固非一人一時之言所得掩飾，又豈容悠悠詆毀，淆惑聽聞。應(yīng)請大總統(tǒng)派員來寧，切實調(diào)查，秉公核辦，以息謠諑，而定是非。冒瀆鈞聰，伏希垂鑒?！?br/>
袁世凱在癸丑之役陸續(xù)擊潰了革命軍后，就頒發(fā)了大批勛章和晉級命令。張勛得到勛一位和江蘇都督。袁的本意是要把江蘇都督給他的親信馮國璋的，可是這次南京之戰(zhàn)，首先攻城的，是張勛所統(tǒng)的辮子軍，為了表示大公無私，和嘉獎有功，便不得不改變計劃，把江蘇都督給了張勛。因此，馮國璋在收編南京城內(nèi)外的討袁軍殘部后，便一聲不響地率領(lǐng)他的部隊渡江而去。
張勛做了江蘇都督后，偌大的一個南京城立刻就看不到一點民國氣象，完全恢復(fù)清代的氣氛。他絕對不準(zhǔn)他的兵士們剪掉辮子，因為辮子已成他的軍隊的特別標(biāo)志。他看見穿西裝剪短頭發(fā)的人就生氣，看見留辮子的就引為同志世紀(jì)上半葉叔本華的哲學(xué)中，后由尼采繼承和發(fā)展。標(biāo)榜要，于是，南京城內(nèi)突然流行起拖辮子，扎假辮子的風(fēng)氣盛行一時。他絕對不許用“前清”字樣，他認(rèn)為在他統(tǒng)治下的區(qū)域，應(yīng)該仍是“大清天下”。
江蘇都督府的大柱和棟梁他都涂上一道朱紅色，把舊兩江總督時代的吹鼓手和炮手都找了回來，每天開吹三次，開炮三次。這一切都是清代的官制和排場。他不但恢復(fù)了厘捐總辦、糧臺總辦、督銷總辦、道臺、知府、知縣等等，而且一切都是“扎委”。南京城內(nèi)就有一個知府“江寧府楊”，和兩個知縣“江寧縣左”、“上元縣沈”。知縣的衙門里恢復(fù)了刑名老夫子、差快等等?？h太爺坐堂，恢復(fù)了藤條、小條等刑具。南京城內(nèi)大小官員們都拖著辮子，打轎子上院，謁見時要先遞手本，見了“大帥”要行跪拜禮，要自稱卑職。所有這一切都是兩江總督衙門的規(guī)矩。
辛亥起義，張勛被江浙聯(lián)軍趕出南京城時，城內(nèi)警察曾經(jīng)歡迎革命軍人入城，張勛因此記恨在心，這次他收復(fù)了南京后，首先把所有的南京城內(nèi)的警察一齊革職，用辮子兵代替警察站崗，然后從北方招了一批北洋警察來。辮子兵的各營都用龍頭令箭，官長們則穿的是清代的藍(lán)制服，軍營中不許懸掛中華民國的軍旗，而要懸掛紅色白邊的蜈蚣旗。民國的國旗也不許懸掛，江蘇都督府門前大桅桿上掛的是一個斗大的“張”字紅旗。所有這些怪現(xiàn)象，袁都裝做不曾曉得，可是外國使節(jié)們對此非常驚訝，他們曾質(zhì)問南京城不掛民國國旗的原因。袁待外國人抗議了，才打電報責(zé)備張勛不該禁止懸掛國旗。
9月17日，南京城內(nèi)才有五色國旗出現(xiàn)。
當(dāng)張勛在南京胡鬧時，辮子兵亂燒、亂殺、亂搶，無所不為。有一天殺錯了人，殺傷了三個日本人，日本全國為之震動，軍人們竟向日本外相牧野請愿出兵中國。日本駐華公使山座向袁政府提出了嚴(yán)重抗議，要求中國政府向日本謝罪，同時黜免張勛。袁派張勛的同鄉(xiāng)李盛鐸到南京來調(diào)查，李勸張對日本人讓步，以免引起兩國關(guān)系惡化。張乃和日本駐南京領(lǐng)事船津直接談判，談判的結(jié)果是張勛親自到日本領(lǐng)事館道歉（9月28日），日本放棄了要求撤換張勛的要求?？墒侨毡締栴}雖告解決，美國和英國也一而再提出了撤換張勛的要求。由于外國人有這樣的要求，正好給袁撤換張勛的好借口，何況袁這時在外交上正親美英，使他對美國和英國的建議愈加認(rèn)真。10月上旬，他派張勛的老友阮忠樞前來南京，把外交團(tuán)的意見委婉地告訴張勛，要他自動辭職，以免引起外交上的更大壓力。
張勛正興高采烈做他的“兩江總督”，聽了阮忠樞的話，直氣得一佛出世，二佛升天，跺著腳說：“我的這個印把子，是拿自己的性命拼來的，袁宮保要怎辦就怎辦，用不著拿洋人來嚇唬我，也用不著勞你的大駕來勸我?！比顢∨d而歸，把張的一切回報了袁。袁對這位張辮帥也有點傷腦筋，又派李盛鐸、劉恩源、錢能訓(xùn)、段芝貴陸續(xù)前往南京勸張，接受新命——長江巡閱使。段芝貴最長辭令，他說：“總統(tǒng)確有苦衷，不愿意惹起外交上困難?！比缓笏麄鬟_(dá)袁的意旨，請張改任長江巡閱使，他描繪巡閱使在官職上是比都督大一級，都督只管一省的軍事，而巡閱使卻管好幾省的軍事。
張果然動心了，同時他也沒有能力敢于抗命，于是提出了三個調(diào)職條件：一是他在江蘇都督任內(nèi)開支的65萬元準(zhǔn)予報銷；二是調(diào)職后請再撥開拔費(fèi)50萬元；三是他奉調(diào)長江巡閱使必需有實際的權(quán)力，要節(jié)制湖南、湖北、江西、安徽、江蘇五省的水上警察。
段芝貴把張勛的條件回報給袁，袁毫不考慮便全部接受。12月16日，袁發(fā)表了新的人事命令，調(diào)張勛為長江巡閱使，任命馮國璋為江蘇都督。巡閱使這個官位，在袁最初的意思，也同于屯墾使、檢查使之類，徒有空名的大頭銜，怎知張勛手中有兵，又預(yù)約了條件就職，于是巡閱使這個官位后來竟成為凌駕都督之上，割據(jù)數(shù)省的大軍閥。
在二次革命期間，浙江都督朱瑞是中立的。朱瑞，字介人，武昌起義后，他是清軍協(xié)統(tǒng)，領(lǐng)導(dǎo)浙軍，參加江浙聯(lián)軍攻打南京，負(fù)責(zé)進(jìn)攻紫金山，因為沒有大炮，所以攻打不下。滬軍都督陳英士的參謀丁懷瑾率領(lǐng)滬軍先鋒隊助攻，特自上海討來炮兵一隊，并使用江邊炮臺，發(fā)炮三枚入城，目標(biāo)地是城內(nèi)北極閣，恰遇兩江總督張人俊、提督張勛及各司道在北極閣會議，聞炮聲駭散，不二日，道員江某和英領(lǐng)事奉命懸白旗向革命軍要求停戰(zhàn)，南京遂告光復(fù)。丁懷瑾有詩紀(jì)事，中有句云：“兩張（即張人俊和張勛）心膽應(yīng)驚碎，一炮聲威欲避難。”
民國成立，朱瑞任浙江都督，二次革命時，朱瑞和云南都督蔡鍔都是宣告中立的。
朱瑞雖然保持中立，袁對中立的也要整肅，因此，他于9月25日電令朱瑞克日來京商洽要公。朱奉到電報，乃遄赴北京，換了一套軍服，按照疆吏入覲大總統(tǒng)的儀式，在總統(tǒng)府承啟處等候召喚。忽然有一個承啟官悄悄走到朱身邊說：“總統(tǒng)吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形跡，請換便衣來見。”朱聽了就站起身要回去換裝，又被承啟官加以阻止，同時引領(lǐng)他走進(jìn)一間更衣室，拿出一套現(xiàn)制的狐皮袍子和馬褂給朱，朱穿上身，對著鏡子一照，簡直是“增之一分則長，減之一分則短”，完全好像量了身訂做的。承啟官恭而敬之地說：“總統(tǒng)知道朱都督初次來京，一定還沒有訂制，所以先給您準(zhǔn)備的?！敝爝€來不及說謝字，承啟官已把他領(lǐng)到了居仁堂，一個矮矮胖胖須胡皆白的老頭子，和顏悅色地坐在大廳的中間，也穿著一套狐皮袍子和馬褂，顏色、花樣、質(zhì)料都和朱身上的那套一式一樣。朱還是初次謁見袁，他知道這位老頭便是威名赫赫的袁大總統(tǒng)，緊張得連話也說不出，那料到這位大總統(tǒng)卻像老熟人一樣，請他就坐，然后東南西北，海闊天空地胡扯一通，談到高興時則哈哈大笑，使得朱慢慢地松弛了緊張情緒。朱正感輕松時，袁突然把話題轉(zhuǎn)到南方討袁運(yùn)動，并出其不意地問朱：“介人（朱瑞字）你若是反對我，就應(yīng)該宣布獨立，若是反對敵黨，就該明白表示，你宣告中立是何用意？”朱對這問題顯現(xiàn)得很為難，一句話也答不出來。袁看出朱很窘，馬上用別的話岔開，臉上也一直和善而親切，好像對朱中立這問題毫不介意，談到末了，站起身來說：“你應(yīng)該早點回去，地方治安要緊。”
過了幾天，朱瑞仍然穿了袁所賜狐皮袍子和馬褂到總統(tǒng)府向總統(tǒng)辭行，到了總統(tǒng)府后，氣象為之一變，三步一哨，五步一崗，戒備嚴(yán)密，像在進(jìn)行大典一樣。朱走進(jìn)了居仁堂，那兒也站滿了全身披掛的武裝士兵，袁世凱穿了一套金邊耀眼的大元帥服，巍然高坐，還沒待朱開口，袁便聲色俱厲地告誡了朱一場，什么“軍人不可無紀(jì)律”，“軍人應(yīng)以服從為天職”。這一番話完全是長官訓(xùn)斥部下的口吻，朱在下面所了，嚇得一個字也說不出，頭也不敢抬起來，渾身淌著大汗，內(nèi)衣內(nèi)褲都濕透了。
朱這次在北京，就只見了袁兩次，兩次的見面徹底相反，弄得朱如同丈二金剛，摸不著頭腦。
袁慣會做戲以玩弄他的部下，“懷之以德，然后臨之以威”，使得他的部下很吃他這一套手法。
和朱瑞采取中立立場的，還有云南都督蔡鍔。
袁于民國2年9月25日下了一道命令：“蔡鍔準(zhǔn)給病假三月，著來京調(diào)養(yǎng)。調(diào)唐繼堯署理云南都督。派劉顯世為貴州護(hù)軍使?！?br/>
蔡鍔于10月10日把都督印信交由軍長謝汝翼代管，沒有和任何人告別，悄悄地離開了美麗而四季如春的昆明。民政長羅佩金也隨他離滇。本來袁對云南有鞭長莫及之苦，現(xiàn)在袁軍事上已膨脹至長江以南，聲勢上已統(tǒng)一了全國，因此就不把云南放在眼中，所以他用給假三月來調(diào)蔡鍔入京。
蔡鍔到了北京，袁依樣葫蘆，用對付朱瑞那套戲法來對付蔡?？墒遣体姴皇侵烊穑心懹凶R，頭腦又冷靜，意志又堅強(qiáng)，因此袁的戲法在蔡身上完全不發(fā)生作用，袁真的也好，假的也好，蔡根本完全置之不理。袁拿這個“寶古老”（湖南人稱寶慶人為寶古老）沒有辦法，深感難于對付，因此不放他離京，并且派密探監(jiān)視蔡的一舉一動。
袁本來有一個計劃下蔡的毒手，制造了一份假情報，誣蔑蔡在云南計劃脫離中國版圖，另建一國，自封為“大漢王”。袁在這個假情報上親批“應(yīng)查”兩個字歸檔。這個舉動是寓有深意的，因為他發(fā)覺蔡是個長于治軍而嚴(yán)肅不茍的人，很想爭取蔡為心腹干部，如果蔡在云南抗命不交出都督大印，或是不就范聽話，他便隨時可以抽出這件檔案來加蔡一個叛國罪名，這就是所謂“不用則殺”的辦法。
蔡在北京期間，袁派為陸軍部編譯處副總裁，總裁是段祺瑞。11月奉派與李經(jīng)羲、梁敦彥、樊增祥、寶熙、馬良、楊度、趙惟熙等組織政治會議，李經(jīng)羲為會長，又和閻錫山、張紹曾、尹昌衡、蔣方震等11人組織軍事研究會。
當(dāng)國民黨二次革命失敗后，有一件政治秘密，除了極少數(shù)袁的親信外，是很少有人知道的。原來袁在對南方用兵前，就決定要逐步進(jìn)行“廢省改道”的計劃。這個計劃是廢除省一級，而以省以下的道（一省可以分為幾個道）為地方行政的最高單位。道設(shè)道尹管理民政，又設(shè)鎮(zhèn)守使管理軍政。這個計劃準(zhǔn)備先在幾個省區(qū)實行，然后全面推廣，達(dá)到全國廢省改道的目的。為什么他要決定這樣一個縮小行政區(qū)域的計劃呢？他是為了避免藩鎮(zhèn)之禍。他在用兵初期，就不露聲色地進(jìn)行這個計劃，他任命李純?yōu)榻髯o(hù)軍使、王占元為湖南護(hù)軍使、張勛為江北鎮(zhèn)撫使、倪嗣沖為皖北鎮(zhèn)守使、龍濟(jì)光為廣東鎮(zhèn)守使。這一連串的人事命令中沒有一個都督名義，他初意在這些地區(qū)都不設(shè)立都督。此外黑龍江只有護(hù)軍使朱慶瀾，后來貴州都督唐繼堯調(diào)任云南都督后，也只提升劉顯世為貴州護(hù)軍使而不給以都督名義，福建都督劉冠雄調(diào)任海軍總長后，就派李厚基以鎮(zhèn)守使名義統(tǒng)率該省軍隊，這三省不設(shè)都督，就是先廢都督以達(dá)到第二步廢省設(shè)道的目的。
可是，袁這個計劃對北洋系軍人來說，是遭受到徹底反對的。他們過去“只知有袁宮保，而不知有大清朝”，后來“只知有袁大總統(tǒng)，而不知有民國”，他們所以如此，是為了“水漲船高”，“大哥做皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他們打天下，他們則利用袁作為個人取得功名富貴的橋梁。
在對南方用兵開始時，就有人勸袁對廢省廢督問題不應(yīng)操之過急，因為可能影響到前方將領(lǐng)的士氣。袁自然更懂得這個道理。待到南方軍事勝利后，又有人勸他不能執(zhí)行這個計劃，因為統(tǒng)一的局面還不夠穩(wěn)定，如果使到北洋軍將領(lǐng)情緒低落，豈不是給了國民黨重振旗鼓的大好機(jī)會，因為這一個做法是降低北洋軍人的地位和削減他們權(quán)力，在天下未徹底穩(wěn)定以前，是需要從長計議的。于是這個計劃便無限期地拖延下去了。
秘密逐漸泄漏了，慢慢地傳到北洋系軍人耳中，他們開始對他們的“老頭子”不滿了，于是大家都抓緊了自己的軍隊，并且在大圈圈中（北洋系）制造小圈圈（后來的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牽涉到有關(guān)利害權(quán)位問題時，他們對袁并不完全服從，同時采取強(qiáng)硬的態(tài)度，如張勛調(diào)離南京時提出條件就是一個例子。
袁在贛寧之役戰(zhàn)勝國民黨后，表面上他是統(tǒng)一了中國，軍事力量由北方達(dá)到了南方，可是也就是從此開始，北洋軍系已不是可以稱心如意，由他擺布。他在外形上好像是威望提高了，其實他的控制力卻相對地減弱了。
北洋軍對南京的作戰(zhàn)任務(wù)，是由張勛部攻打太平門，雷震春部攻打南門，馮國璋部攻打北門。張勛使用掘地道、埋地雷種種方法，轟倒了一段城墻，于9月1日攻進(jìn)了太平門。城破后，北洋軍放火燒了下關(guān)，城內(nèi)還有三五成群的討袁軍殘部在巷戰(zhàn)，這時的討袁軍總司令何海鳴，躲在馬棚草堆下得以乘機(jī)逃脫。從9月1日至3日，張勛大縱兵士任意地奸淫搶劫，他于9月4日才進(jìn)城。洗城的那三天中，雷震春軍在南門，張勛軍在北門，好像劃分勢力范圍一樣，挨家挨戶地?zé)龤寭?，上自天花板，下至陰溝都不放過。許多婦女投秦淮河自殺。由于討袁軍總司令黃興是湖南人，堅守南京的部隊也絕大部分是湖南人，因此張勛對湖南人恨得最厲害，湖南會館先被查封，湖南人被殺的也不計其數(shù)。在搶劫過程中，城內(nèi)大街小巷出現(xiàn)了各式各樣的怪現(xiàn)象，有些兵士脫下軍衣，把步槍當(dāng)作扁擔(dān)來搬走他們的“戰(zhàn)利品”，有的強(qiáng)迫人力車替他們搬運(yùn)，有的則因搶奪贓物而互相槍擊。張勛雖然打了一次勝仗，可是等到士兵們歸隊點名時，卻少了很多，這些士兵不是戰(zhàn)死而是失蹤，他們?yōu)槭裁词й櫮?？原來他們打完了仗，老總們都飽擄滿載，發(fā)了一筆不小的財，于是他們便開小差回家去享福了。
南京市民用罷市運(yùn)動來抗議辮子軍的罪行，張勛用武力對付，強(qiáng)迫商人開市，他認(rèn)為開門七件事最要緊，乃勒令柴、米、油、鹽、醬、醋、茶店鋪首先開門，其余的則一概不理。
9月9日，滬寧火車首次通車，南京市民們扶老攜幼，不約而同地都趕到火車站，想搭車離京康德主義，對資本主義關(guān)系作抽象的超階級的解釋，把資本，以逃避辮子軍暗無天日的洗劫。火車站上人山人海，擁擠不堪，人人都爭先恐后要離開南京這座黑地獄。因為辮子軍在南京的洗劫，毫無終止的跡象，同時又聽說張勛且要駐節(jié)南京，遂使南京市民們一傳十、十傳百，這是由于張勛過去治理南京的余悸還深印在大家心上。
提起張勛實在是中國近代史上的一個怪物，他的辮子軍殺人放火無所不為。當(dāng)清帝退位前，他曾率軍勤王，勤王軍在天津被洋兵擋阻，他才怏怏回到德州。這次聽到革命黨又在南京“造反”，“袁宮保”又要和革命軍打仗，他乃自告奮勇率兵剿“匪”。袁派他會同馮國璋攻南京，這正給他恢復(fù)自己因辛亥革命而失去的江南地盤的大好機(jī)會。
張勛和辮子軍攻下南京后，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震動，連袁世凱聽了也為之驚訝，于是發(fā)電給南京各軍師，全電如下：
“閱路透電，稱南京城內(nèi)住宅商店，茅舍草屋，無不被搶，婦女老小貧富是物質(zhì)的固有屬性，并對運(yùn)動作了分類，但他所理解的運(yùn)動，多被奸淫，其余均入外人家避難，各軍皆然，而張部藍(lán)衣兵實占多數(shù)。各官長目睹不理，所謂不傷一人，不驚一戶之宣告，完全背棄。日本民居，亦多被害，有自日領(lǐng)署出者，被兵槍斃三人，受傷一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此強(qiáng)暴行為，如果盡確，則是喪盡名譽(yù)，大干軍律。查各國軍人素尚文明，即俘虜亦無凌虐。吾國削平內(nèi)亂，自殘同類，已屬可矜，況無辜良民，久困匪中，日望援救，聞?wù)邏嫓I，見者痛心。若以盜賊之行為，尤而效之，各國傳布報紙，目為野蠻，于立國大勢，所關(guān)非細(xì)。且亂黨乘間抵隙，執(zhí)為口實，更足以煽動人心，東南大局，何時可定？各弁目等，誰無身家妻子，入伍為兵，退伍即民，易地以觀，忍乎不忍？民納稅以給餉，兵出力以衛(wèi)民，不能衛(wèi)之，而反擾之，天良何在？為之官長者，目睹何忍？本大總統(tǒng)治軍數(shù)十載，素以保民為宗旨，聞此情形，不禁泣下。仰即傳集各該官長，剴切誥誡，并明查暗訪，得有奸搶實據(jù)，立按軍法嚴(yán)辦，以期湔洗于萬一。至保護(hù)外人生命財產(chǎn)，更屬文明通例，尤應(yīng)格外留意，勿因細(xì)故，敗壞大局為要?！?br/>
張勛復(fù)袁電一：“大總統(tǒng)鈞鑒：魚電謹(jǐn)悉。此次南京城下之日，各軍爭功，蜂擁而進(jìn)，與匪軍巷戰(zhàn)一二晝夜，全城鼎沸，子彈紛馳。嗣后匪軍逃竄，乘機(jī)搶掠，土匪助虐，益肆兇殘，多有假冒官軍情事。當(dāng)此之時，秩序已紊，加以各軍號令不一，非以嚴(yán)刑，難期整飭。勛因破除情面，隨派干練弁兵，巡行街市，隨地正法者二百余名，截留衣物無算。然后始得漸就平復(fù)，此金陵各國旅居洋人之所共見。今路透電，乃以藍(lán)衣兵獨占多數(shù)為言。查勛軍入城，僅占東北一隅，此處荒僻，民戶無多，其余各處繁盛之區(qū)，均由各軍分扎，孰搶孰否，不難按戶而稽。且前次我軍奪取天保城各要隘時，匪軍屢次喬扮勛軍裝服，希圖混進(jìn)。且藍(lán)衣之說，亦難據(jù)為確實證據(jù)，亦何所用其回護(hù)。應(yīng)請簡派公正大員來寧，親赴被難之家，確實調(diào)查，以昭信讞，而全軍譽(yù)?！?br/>
張勛雖復(fù)電給袁，推卸洗劫南京的責(zé)任，可是辮子軍的暴行，中外目睹，所以袁世凱和北京參謀本部、陸軍部都來電徹查，使他也極為傷腦筋，不得不再二再三申復(fù)。下面是張勛的第二、第三次給袁復(fù)電：
張勛復(fù)袁電二：“大總統(tǒng)鈞鑒：拱密。參陸西部陽電，傳奉鈞令，敬悉。此次南京倡亂獨立，城內(nèi)閭閻，本已重遭糜爛過程，人們在改變自己現(xiàn)實生活的同時，也改變著自己的意，迨及城下之日，諸軍萃集，巷戰(zhàn)連朝，土匪潰軍，乘機(jī)焚掠，于時秩序已紊，諸統(tǒng)將專事殺敵，兼顧難周。一二不法軍人，趁各軍號令尚未統(tǒng)一之際，繼匪軍劫掠之余，見物輒取，固所不免，當(dāng)經(jīng)派員率隊巡行街市，但見有持挾衣物搶掠者，無論軍匪，概行立地正法。計共斬決二百余名，截留衣物無算，均交商會分別給主認(rèn)領(lǐng)，并將約束不嚴(yán)之該管官弁斥革。中外商民，皆所共見?，F(xiàn)仍會同諸軍竭力稽查，認(rèn)真根究，務(wù)得實犯，嚴(yán)加懲辦。謹(jǐn)此復(fù)陳，伏乞垂察?！?br/>
張勛復(fù)袁電三：“大總統(tǒng)鈞鑒：魚日電諭敬悉。重承責(zé)問，滋切悚皇。此次叛兵占據(jù)金陵，反復(fù)哄爭，閉關(guān)自毒，地方秩序，業(yè)已破壞不堪。迨海陸各軍，會合圍攻，全城均當(dāng)戰(zhàn)線，攻者愈力，守者愈堅，居民遷徙避藏，受無妄之災(zāi)者亦愈眾。既而逆首知勢不敵，竄匿無蹤，合數(shù)萬之悍賊驍匪，以及失業(yè)游民，麇集一隅，漫無約束，其任意勒索，多方蹂躪，人言鑿鑿，聞?wù)吆?。勛等逆料及此，迭?jīng)通飭營隊，曉諭軍人，務(wù)以恪守紀(jì)律，不擾善良為第一要義。復(fù)傳集各官長剴切告誡，不啻三令五申。惟民匪同困重圍，本屬斷腕求瘳之計。若戰(zhàn)斗中而復(fù)責(zé)以保護(hù)，智勇俱難為力。堅城既破，我軍如墻而進(jìn)，肉搏沖鋒，賊匪梗頑，尚在竭力抵御，黠者褫裝棄械，隨處搜括，紛紛潰逃。地痞流氓，爭取所遺衣械，遂得假冒兵士，乘機(jī)劫奪，快意須臾。與勛前攻天保城時，叛軍多草帽藍(lán)衣，希圖擾亂伎倆，如出一轍。賊倡其先，匪踵其后，荒衢僻巷，亦幾十室九空。其時我軍師旅團(tuán)營，參伍綜錯，注重占領(lǐng)要隘，警備非常，不能遽爾分兵四出剿捕。營壘粗就，始得派遣游騎周匡偵巡，余孽漸次肅清，而公私已蕩然盡矣。勛等馳入寧垣，察視情形，雖不至如路透電所云之甚，然瘡痍遍地，目擊心傷。一面會同出示招集流亡，并分別嚴(yán)申軍令，拿獲搶劫之犯，隨時立正典刑，兵士間有取攜，亦揮涕斬殉不少寬假。連日捕殺約百余人，所有贓物，概發(fā)商會招領(lǐng)，市面略定，人心少安。勛與國璋，督師分道南來，既未能不戰(zhàn)而屈人，又無從臨戰(zhàn)而弭禍，彷徨中夜，內(nèi)疚良多。而路透電竟以賊匪強(qiáng)暴慘虐之行為，獨使我軍蒙其重謗，不惟勛等難甘默認(rèn)，即全軍官長均受有完全教育，詎肯明知故縱，棄隳身名。事實始終，歷歷在目，固非一人一時之言所得掩飾，又豈容悠悠詆毀，淆惑聽聞。應(yīng)請大總統(tǒng)派員來寧，切實調(diào)查，秉公核辦，以息謠諑，而定是非。冒瀆鈞聰，伏希垂鑒?！?br/>
袁世凱在癸丑之役陸續(xù)擊潰了革命軍后，就頒發(fā)了大批勛章和晉級命令。張勛得到勛一位和江蘇都督。袁的本意是要把江蘇都督給他的親信馮國璋的，可是這次南京之戰(zhàn)，首先攻城的，是張勛所統(tǒng)的辮子軍，為了表示大公無私，和嘉獎有功，便不得不改變計劃，把江蘇都督給了張勛。因此，馮國璋在收編南京城內(nèi)外的討袁軍殘部后，便一聲不響地率領(lǐng)他的部隊渡江而去。
張勛做了江蘇都督后，偌大的一個南京城立刻就看不到一點民國氣象，完全恢復(fù)清代的氣氛。他絕對不準(zhǔn)他的兵士們剪掉辮子，因為辮子已成他的軍隊的特別標(biāo)志。他看見穿西裝剪短頭發(fā)的人就生氣，看見留辮子的就引為同志世紀(jì)上半葉叔本華的哲學(xué)中，后由尼采繼承和發(fā)展。標(biāo)榜要，于是，南京城內(nèi)突然流行起拖辮子，扎假辮子的風(fēng)氣盛行一時。他絕對不許用“前清”字樣，他認(rèn)為在他統(tǒng)治下的區(qū)域，應(yīng)該仍是“大清天下”。
江蘇都督府的大柱和棟梁他都涂上一道朱紅色，把舊兩江總督時代的吹鼓手和炮手都找了回來，每天開吹三次，開炮三次。這一切都是清代的官制和排場。他不但恢復(fù)了厘捐總辦、糧臺總辦、督銷總辦、道臺、知府、知縣等等，而且一切都是“扎委”。南京城內(nèi)就有一個知府“江寧府楊”，和兩個知縣“江寧縣左”、“上元縣沈”。知縣的衙門里恢復(fù)了刑名老夫子、差快等等?？h太爺坐堂，恢復(fù)了藤條、小條等刑具。南京城內(nèi)大小官員們都拖著辮子，打轎子上院，謁見時要先遞手本，見了“大帥”要行跪拜禮，要自稱卑職。所有這一切都是兩江總督衙門的規(guī)矩。
辛亥起義，張勛被江浙聯(lián)軍趕出南京城時，城內(nèi)警察曾經(jīng)歡迎革命軍人入城，張勛因此記恨在心，這次他收復(fù)了南京后，首先把所有的南京城內(nèi)的警察一齊革職，用辮子兵代替警察站崗，然后從北方招了一批北洋警察來。辮子兵的各營都用龍頭令箭，官長們則穿的是清代的藍(lán)制服，軍營中不許懸掛中華民國的軍旗，而要懸掛紅色白邊的蜈蚣旗。民國的國旗也不許懸掛，江蘇都督府門前大桅桿上掛的是一個斗大的“張”字紅旗。所有這些怪現(xiàn)象，袁都裝做不曾曉得，可是外國使節(jié)們對此非常驚訝，他們曾質(zhì)問南京城不掛民國國旗的原因。袁待外國人抗議了，才打電報責(zé)備張勛不該禁止懸掛國旗。
9月17日，南京城內(nèi)才有五色國旗出現(xiàn)。
當(dāng)張勛在南京胡鬧時，辮子兵亂燒、亂殺、亂搶，無所不為。有一天殺錯了人，殺傷了三個日本人，日本全國為之震動，軍人們竟向日本外相牧野請愿出兵中國。日本駐華公使山座向袁政府提出了嚴(yán)重抗議，要求中國政府向日本謝罪，同時黜免張勛。袁派張勛的同鄉(xiāng)李盛鐸到南京來調(diào)查，李勸張對日本人讓步，以免引起兩國關(guān)系惡化。張乃和日本駐南京領(lǐng)事船津直接談判，談判的結(jié)果是張勛親自到日本領(lǐng)事館道歉（9月28日），日本放棄了要求撤換張勛的要求?？墒侨毡締栴}雖告解決，美國和英國也一而再提出了撤換張勛的要求。由于外國人有這樣的要求，正好給袁撤換張勛的好借口，何況袁這時在外交上正親美英，使他對美國和英國的建議愈加認(rèn)真。10月上旬，他派張勛的老友阮忠樞前來南京，把外交團(tuán)的意見委婉地告訴張勛，要他自動辭職，以免引起外交上的更大壓力。
張勛正興高采烈做他的“兩江總督”，聽了阮忠樞的話，直氣得一佛出世，二佛升天，跺著腳說：“我的這個印把子，是拿自己的性命拼來的，袁宮保要怎辦就怎辦，用不著拿洋人來嚇唬我，也用不著勞你的大駕來勸我?！比顢∨d而歸，把張的一切回報了袁。袁對這位張辮帥也有點傷腦筋，又派李盛鐸、劉恩源、錢能訓(xùn)、段芝貴陸續(xù)前往南京勸張，接受新命——長江巡閱使。段芝貴最長辭令，他說：“總統(tǒng)確有苦衷，不愿意惹起外交上困難?！比缓笏麄鬟_(dá)袁的意旨，請張改任長江巡閱使，他描繪巡閱使在官職上是比都督大一級，都督只管一省的軍事，而巡閱使卻管好幾省的軍事。
張果然動心了，同時他也沒有能力敢于抗命，于是提出了三個調(diào)職條件：一是他在江蘇都督任內(nèi)開支的65萬元準(zhǔn)予報銷；二是調(diào)職后請再撥開拔費(fèi)50萬元；三是他奉調(diào)長江巡閱使必需有實際的權(quán)力，要節(jié)制湖南、湖北、江西、安徽、江蘇五省的水上警察。
段芝貴把張勛的條件回報給袁，袁毫不考慮便全部接受。12月16日，袁發(fā)表了新的人事命令，調(diào)張勛為長江巡閱使，任命馮國璋為江蘇都督。巡閱使這個官位，在袁最初的意思，也同于屯墾使、檢查使之類，徒有空名的大頭銜，怎知張勛手中有兵，又預(yù)約了條件就職，于是巡閱使這個官位后來竟成為凌駕都督之上，割據(jù)數(shù)省的大軍閥。
在二次革命期間，浙江都督朱瑞是中立的。朱瑞，字介人，武昌起義后，他是清軍協(xié)統(tǒng)，領(lǐng)導(dǎo)浙軍，參加江浙聯(lián)軍攻打南京，負(fù)責(zé)進(jìn)攻紫金山，因為沒有大炮，所以攻打不下。滬軍都督陳英士的參謀丁懷瑾率領(lǐng)滬軍先鋒隊助攻，特自上海討來炮兵一隊，并使用江邊炮臺，發(fā)炮三枚入城，目標(biāo)地是城內(nèi)北極閣，恰遇兩江總督張人俊、提督張勛及各司道在北極閣會議，聞炮聲駭散，不二日，道員江某和英領(lǐng)事奉命懸白旗向革命軍要求停戰(zhàn)，南京遂告光復(fù)。丁懷瑾有詩紀(jì)事，中有句云：“兩張（即張人俊和張勛）心膽應(yīng)驚碎，一炮聲威欲避難。”
民國成立，朱瑞任浙江都督，二次革命時，朱瑞和云南都督蔡鍔都是宣告中立的。
朱瑞雖然保持中立，袁對中立的也要整肅，因此，他于9月25日電令朱瑞克日來京商洽要公。朱奉到電報，乃遄赴北京，換了一套軍服，按照疆吏入覲大總統(tǒng)的儀式，在總統(tǒng)府承啟處等候召喚。忽然有一個承啟官悄悄走到朱身邊說：“總統(tǒng)吩咐，朱都督是自己人，不要拘泥形跡，請換便衣來見。”朱聽了就站起身要回去換裝，又被承啟官加以阻止，同時引領(lǐng)他走進(jìn)一間更衣室，拿出一套現(xiàn)制的狐皮袍子和馬褂給朱，朱穿上身，對著鏡子一照，簡直是“增之一分則長，減之一分則短”，完全好像量了身訂做的。承啟官恭而敬之地說：“總統(tǒng)知道朱都督初次來京，一定還沒有訂制，所以先給您準(zhǔn)備的?！敝爝€來不及說謝字，承啟官已把他領(lǐng)到了居仁堂，一個矮矮胖胖須胡皆白的老頭子，和顏悅色地坐在大廳的中間，也穿著一套狐皮袍子和馬褂，顏色、花樣、質(zhì)料都和朱身上的那套一式一樣。朱還是初次謁見袁，他知道這位老頭便是威名赫赫的袁大總統(tǒng)，緊張得連話也說不出，那料到這位大總統(tǒng)卻像老熟人一樣，請他就坐，然后東南西北，海闊天空地胡扯一通，談到高興時則哈哈大笑，使得朱慢慢地松弛了緊張情緒。朱正感輕松時，袁突然把話題轉(zhuǎn)到南方討袁運(yùn)動，并出其不意地問朱：“介人（朱瑞字）你若是反對我，就應(yīng)該宣布獨立，若是反對敵黨，就該明白表示，你宣告中立是何用意？”朱對這問題顯現(xiàn)得很為難，一句話也答不出來。袁看出朱很窘，馬上用別的話岔開，臉上也一直和善而親切，好像對朱中立這問題毫不介意，談到末了，站起身來說：“你應(yīng)該早點回去，地方治安要緊。”
過了幾天，朱瑞仍然穿了袁所賜狐皮袍子和馬褂到總統(tǒng)府向總統(tǒng)辭行，到了總統(tǒng)府后，氣象為之一變，三步一哨，五步一崗，戒備嚴(yán)密，像在進(jìn)行大典一樣。朱走進(jìn)了居仁堂，那兒也站滿了全身披掛的武裝士兵，袁世凱穿了一套金邊耀眼的大元帥服，巍然高坐，還沒待朱開口，袁便聲色俱厲地告誡了朱一場，什么“軍人不可無紀(jì)律”，“軍人應(yīng)以服從為天職”。這一番話完全是長官訓(xùn)斥部下的口吻，朱在下面所了，嚇得一個字也說不出，頭也不敢抬起來，渾身淌著大汗，內(nèi)衣內(nèi)褲都濕透了。
朱這次在北京，就只見了袁兩次，兩次的見面徹底相反，弄得朱如同丈二金剛，摸不著頭腦。
袁慣會做戲以玩弄他的部下，“懷之以德，然后臨之以威”，使得他的部下很吃他這一套手法。
和朱瑞采取中立立場的，還有云南都督蔡鍔。
袁于民國2年9月25日下了一道命令：“蔡鍔準(zhǔn)給病假三月，著來京調(diào)養(yǎng)。調(diào)唐繼堯署理云南都督。派劉顯世為貴州護(hù)軍使?！?br/>
蔡鍔于10月10日把都督印信交由軍長謝汝翼代管，沒有和任何人告別，悄悄地離開了美麗而四季如春的昆明。民政長羅佩金也隨他離滇。本來袁對云南有鞭長莫及之苦，現(xiàn)在袁軍事上已膨脹至長江以南，聲勢上已統(tǒng)一了全國，因此就不把云南放在眼中，所以他用給假三月來調(diào)蔡鍔入京。
蔡鍔到了北京，袁依樣葫蘆，用對付朱瑞那套戲法來對付蔡?？墒遣体姴皇侵烊穑心懹凶R，頭腦又冷靜，意志又堅強(qiáng)，因此袁的戲法在蔡身上完全不發(fā)生作用，袁真的也好，假的也好，蔡根本完全置之不理。袁拿這個“寶古老”（湖南人稱寶慶人為寶古老）沒有辦法，深感難于對付，因此不放他離京，并且派密探監(jiān)視蔡的一舉一動。
袁本來有一個計劃下蔡的毒手，制造了一份假情報，誣蔑蔡在云南計劃脫離中國版圖，另建一國，自封為“大漢王”。袁在這個假情報上親批“應(yīng)查”兩個字歸檔。這個舉動是寓有深意的，因為他發(fā)覺蔡是個長于治軍而嚴(yán)肅不茍的人，很想爭取蔡為心腹干部，如果蔡在云南抗命不交出都督大印，或是不就范聽話，他便隨時可以抽出這件檔案來加蔡一個叛國罪名，這就是所謂“不用則殺”的辦法。
蔡在北京期間，袁派為陸軍部編譯處副總裁，總裁是段祺瑞。11月奉派與李經(jīng)羲、梁敦彥、樊增祥、寶熙、馬良、楊度、趙惟熙等組織政治會議，李經(jīng)羲為會長，又和閻錫山、張紹曾、尹昌衡、蔣方震等11人組織軍事研究會。
當(dāng)國民黨二次革命失敗后，有一件政治秘密，除了極少數(shù)袁的親信外，是很少有人知道的。原來袁在對南方用兵前，就決定要逐步進(jìn)行“廢省改道”的計劃。這個計劃是廢除省一級，而以省以下的道（一省可以分為幾個道）為地方行政的最高單位。道設(shè)道尹管理民政，又設(shè)鎮(zhèn)守使管理軍政。這個計劃準(zhǔn)備先在幾個省區(qū)實行，然后全面推廣，達(dá)到全國廢省改道的目的。為什么他要決定這樣一個縮小行政區(qū)域的計劃呢？他是為了避免藩鎮(zhèn)之禍。他在用兵初期，就不露聲色地進(jìn)行這個計劃，他任命李純?yōu)榻髯o(hù)軍使、王占元為湖南護(hù)軍使、張勛為江北鎮(zhèn)撫使、倪嗣沖為皖北鎮(zhèn)守使、龍濟(jì)光為廣東鎮(zhèn)守使。這一連串的人事命令中沒有一個都督名義，他初意在這些地區(qū)都不設(shè)立都督。此外黑龍江只有護(hù)軍使朱慶瀾，后來貴州都督唐繼堯調(diào)任云南都督后，也只提升劉顯世為貴州護(hù)軍使而不給以都督名義，福建都督劉冠雄調(diào)任海軍總長后，就派李厚基以鎮(zhèn)守使名義統(tǒng)率該省軍隊，這三省不設(shè)都督，就是先廢都督以達(dá)到第二步廢省設(shè)道的目的。
可是，袁這個計劃對北洋系軍人來說，是遭受到徹底反對的。他們過去“只知有袁宮保，而不知有大清朝”，后來“只知有袁大總統(tǒng)，而不知有民國”，他們所以如此，是為了“水漲船高”，“大哥做皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他們打天下，他們則利用袁作為個人取得功名富貴的橋梁。
在對南方用兵開始時，就有人勸袁對廢省廢督問題不應(yīng)操之過急，因為可能影響到前方將領(lǐng)的士氣。袁自然更懂得這個道理。待到南方軍事勝利后，又有人勸他不能執(zhí)行這個計劃，因為統(tǒng)一的局面還不夠穩(wěn)定，如果使到北洋軍將領(lǐng)情緒低落，豈不是給了國民黨重振旗鼓的大好機(jī)會，因為這一個做法是降低北洋軍人的地位和削減他們權(quán)力，在天下未徹底穩(wěn)定以前，是需要從長計議的。于是這個計劃便無限期地拖延下去了。
秘密逐漸泄漏了，慢慢地傳到北洋系軍人耳中，他們開始對他們的“老頭子”不滿了，于是大家都抓緊了自己的軍隊，并且在大圈圈中（北洋系）制造小圈圈（后來的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牽涉到有關(guān)利害權(quán)位問題時，他們對袁并不完全服從，同時采取強(qiáng)硬的態(tài)度，如張勛調(diào)離南京時提出條件就是一個例子。
袁在贛寧之役戰(zhàn)勝國民黨后，表面上他是統(tǒng)一了中國，軍事力量由北方達(dá)到了南方，可是也就是從此開始，北洋軍系已不是可以稱心如意，由他擺布。他在外形上好像是威望提高了，其實他的控制力卻相對地減弱了。
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