面對擁蔣的強大勢力，作為一介書生，胡適的諍諫顯得孤掌難鳴?！靶姓涸洪L”陳誠希望胡適放棄自己的意見，另一政治要人王世杰也勸胡適不要與蔣介石“公開決裂”。
　　
　　和此事相關的還有《自由中國》呼吁反對黨降生的組黨事件。雷震和他的戰(zhàn)友均一致認為：要成立反對黨，黨魁非胡適莫屬。只要他答應，在野人士必然集合在他的旗幟之下?？衫现\深算的胡適不贊成雷震把負責監(jiān)督的在野黨弄成完全與政權對抗的反對黨，更不贊成他去碰“反攻大陸”這根敏感的神經；重要的是他怕下海后打濕衣領，一再推托不當反對黨的黨魁。
　　
　　果然不出所料，成立反對黨一事遭官方彈壓，雷震被“臺灣警備司令部”拘捕判刑十年。作為雷震的老友，胡適不能見死不救，由此開始一連串的營救活動。他在與陳誠多次來往的電文中，均表示希望對于雷震免予處罰和治罪。可當局除掉雷震的決心已無法改變。胡適也不讓步。他不懼怕當局殺雞儆猴的伎倆，仍“不諳世故”，“大放厥詞”。1961年1月18日上午，當胡適在張群陪同下拜謁蔣介石時，胡適警告蔣介石對雷震采用專政措施會在島外造成極壞影響。這種壞影響，當局難于負起嚴重后果。蔣介石答道：“我對雷震能十分容忍。如果他背面沒有匪諜，我決不會辦他……我也曉得這案子會在國外發(fā)生不利的反響，但一個國家有它的自由，有它的自主權，我們不能不照法律辦?！焙m針鋒相對地說：“關于雷案與匪諜的關系，是法庭的問題。我所以很早就盼望此案能夠交司法審判，正是為了全世界無人肯信軍法審判的結果。這個案子的量刑十四年加十二年，加五年，總共三十一年徒刑，是一件很重的案子。軍法審判的日子（10月3日）是10月1日才宣告的，被告律師只有一天半的時間可以查卷，可以調查事實材料。10月3日開庭，這樣重大的案子，只開了八個半鐘點的庭，就宣告終結了，就定8日宣判了，這是什么審判？我在國外，實在見不得人，實在抬不起頭來。所以8日宣判，9日國外見報，10日是雙十節(jié)，我不敢到任何酒會去，我躲到普林斯頓去過雙十節(jié)，因為我抬不起頭來見人?！?br>　　
　　胡適對雷震因提倡自由民主而完全失去自由一事，抱恨在身，一直郁郁不樂，就像老了二十歲。1961年7月26日，在雷震六十五壽辰之際，病中的胡適仍手抄南宋詩人楊萬里的《桂源鋪》紀念雷震：
　　
　　萬山不許一溪奔，
　　
　　攔得溪聲日夜喧。
　　
　　到得前頭山腳盡，
　　
　　堂堂溪水出前村。
　　
　　當雷震關押十年提前釋放后，他再也見不到胡適，因胡適已長眠地下八年了。
　　
　　為振興學術四處奔波
　　
　　胡適回臺還有一個重要因素，是他讀中國公學時的老師王云五力勸其歸臺任“中央研究院”院長。
　　
　　胡適對“中央研究院”情有獨鐘。還在大陸時期，胡適就是研究院歷史語言研究所的通訊研究員。流亡海外后，胡適受朱家驊之托，為研究院爭來一筆可觀的資助金。他還于50年代中期，在紐約主持召開過研究院海外院士會議。正因為胡適對“中央研究院”建樹良多，故當1956年12月臺灣在“炮轟”胡適時，“中央研究院”卻反其道而行之，出版《慶祝胡適先生六十五歲論文集》，為其大唱贊歌。
　　
　　1958年4月10日，胡適正式就任“中央研究院”院長。本來，這時的胡適已過了退休年齡一年半，理應享受老人應有的權利，靜下心來著書立說，做自己喜歡做的事情。但他為了公眾的學術事業(yè)，還是舍棄了個人利益。
　　
　　在簡樸的就職典禮上，胡適還和前來祝賀的蔣介石產生了小小的摩擦。蔣介石在祝詞中除希望“中央研究院”配合政府的“反共抗俄”使命外，大加贊揚胡適“個人之高尚品德”。胡適聽后不以為然，直陳道：“‘總統(tǒng)’夸獎我的話是錯誤的。我被共產黨清算，并不是清算個人的所謂道德。他們清算我，是我在大陸上，在中國青年的思想上、腦筋里留下許多‘毒素’。我們在年青的時候，受到了新學問、新文化、新思想、新思潮、新的思想方法的影響……”胡適敢于藐視最高統(tǒng)治者，一直堅持實話實說的原則，這體現(xiàn)了一個知識分子的獨立人格。
　　
　　胡適在就職致辭中，還對大陸的批胡運動作出回應。他說，“共產黨要清算胡適，便是胡適在幾十年來提倡科學方法”，這個科學方法的要點是“拿出證據(jù)來”，即“什么東西都要拿證據(jù)”。據(jù)胡適的解釋，大陸最怕的是他這個科學方法，清算他的目的就是要消除這個方法所造成的“流毒”。因為長期以來，胡適總是對學生說，他考證《紅樓夢》、《水滸傳》，就是要借這種人人掌握的小說材料提倡一種科學方法，教年輕人掌握這種方法，等于孫行者身上有三根救命毫毛，保證他們不受任何人欺騙。什么東西都要拿證據(jù)來，大膽地假設，小心地求證。這種方法可以打倒一切教條主義、盲從主義，不被人“牽著鼻子走”。胡適這里強調什么都要講究證據(jù)，是正確的。大陸在批判他時，連這一點都加以否認，這正是教條主義和盲從主義的表現(xiàn)。
　　
　　對蔣介石要胡適把“中央研究院”辦成“反共抗俄”的陣地一事，他也委婉地作出回應：“我個人認為，我們學術界和‘中央研究院’挑起‘反共復國’的任務，我們做的工作還是在學術上，我們要提倡學術?！焙m鄭重聲明：“我的話并不是反駁‘總統(tǒng)’，‘總統(tǒng)’對我個人頗有偏私，說的話我實在不敢當。我覺得我們的任務，還是應該走學術的路?！卑抵覆蛔呤Y介石所指定的政治之路。胡適不愿意政治主宰學術，把眾多院士捆綁在國民黨的政治戰(zhàn)車上，一再強調獨立發(fā)展學術，建立獨立的學術環(huán)境，表現(xiàn)了他作為最高學術機構一院之長的學術良心。
　　
　　胡適不僅自己在學術上獨樹一幟，而且在做學術領導工作方面，也顯出很高的才能。他痛感人才流失嚴重：出去深造的學生中，百分之九十五不愿回來服務。在中國香港、新加坡各地大學，也爭相向臺灣各大專院校高價競聘教授。為了改變這種狀況，胡適草擬了十一條措施加以補救，其中有撥?？?、設立“研究補助費”、所有研究機構的學術刊物經費由政府承擔等項。幾經力爭，“行政院”在核準這筆預算時，還是壓縮了一大半。
　　
　　無論是學術威望還是領導才能，胡適均有巨大的號召力。臺灣文化界在胡適所標舉的科技振興工程的感召下，個個雄心勃勃。胡適也果然不負眾望，他在海內外積極搜羅各種人才，并為年輕一代新任院士耗盡心血。舉凡申請經費乃至會務安排，他都要親自過問。他最大的目標是把“中央研究院”辦成普林斯頓研究院那樣有國際聲望的學術機構。
　　
　　為了實現(xiàn)這一計劃，胡適從上到下、從內到外，對“中央研究院”實行了一系列改革。他從小事做起，以身作則作出示范：按照傅斯年在研究院留下的好習慣，不準研究人員在研究院宿舍打麻將，并把喜愛打麻將的胡夫人安排在別的地方打。他對研究院發(fā)的充滿官腔官調的文件很不滿。他說：“這班院士是我的老朋友，我想在稿子上添上‘吾兄’兩字，卻無法添入。他們都是學術界的人士，也看不慣這樣的公文。這樣的公文連一點人情味也沒有，而且我們的‘中央研究院’不是機關，應盡量避免用公文?！痹诤m的指示下，院部文件多用私函發(fā)出，并由他親自簽署。他還提醒下屬凡用他的名字簽發(fā)的普通回信，不要用衙門氣十足的“胡院長”，而改稱“胡適之先生”。他這種不是黨辦院而是同仁辦院和自由主義思想辦院的作風，體現(xiàn)了一種在學術面前人人平等的精神，有利于防止政治入侵學術和溝通上下級之間的關系，使學術研究不受任何外界干擾得到健康發(fā)展。
　　
　　作為一位自由主義者，胡適的用人標準不是政治第一，而是學問第一。研究院數(shù)學研究所有一位出類拔萃的研究人員劉登勝，1960年赴美深造時，因其父反對現(xiàn)政權而被國民黨鎮(zhèn)壓，“臺灣警備司令部”不許這位有問題的兒子出境。胡適得知這一消息后，親自向陳誠寫信，要求實行“罪人不孥”的法意，“不可因為父親犯罪而剝奪他的兒子出國進修的難得機會”。另有一青年數(shù)學家項武忠獲美國普林斯頓大學研究所每年三百美元的獎學金，另有兩千四百美元的銀行存款作保證金，可美方認為此人財力不足，不能赴美。胡適聞此消息后，親自為其作擔保，使項武忠順利實現(xiàn)赴美深造的美夢。胡適如此愛惜人才和提拔后進，不怕花自己的時間為他人作嫁衣，使臺灣學術界許多人都稱贊他辦事秉公和不拘一格降人才的作風。