在石山合戰(zhàn)爆發(fā)的同時(shí)，朝倉和淺井又一次南下，他們這次的目標(biāo)是宇佐山城。正在應(yīng)付石山御坊的信長猝不及防，只好留下柴田勝家與和田惟政兩人斷后，并匆忙趕回京都。雖然如此，朝倉和淺井還是以最快的速度攻克了宇佐山城，同時(shí)攻入近畿地區(qū)大肆放火，森可成戰(zhàn)死。森可成是信長的親信之一，他的死對信長是很大的打擊。惱羞成怒的信長再次出兵，在比山布陣，要求延歷寺方面給予支援。在遭到拒絕后，信長切斷了朝倉的后路，十一月二十六日，雙方再度發(fā)生接觸戰(zhàn)，信長一方?jīng)]有占到半點(diǎn)便宜，而且損失慘重。不過朝倉并不想和信長再次決戰(zhàn)，他們急著回家，所以信長搬出足利義昭來，以征夷大將軍的名義進(jìn)行調(diào)停。朝倉以犧牲淺井家的利益為條件，把江北的三分之二劃給了信長，換回了一條回家的通道。這使淺井直接面對信長軍隊(duì)的騷擾，不過朝倉管不了那么多，他們素來只注重眼前的利益。所以信長又一次幸運(yùn)地占了便宜，但這個(gè)便宜占得苦澀之至。

十一月，由于長島一向一揆爆發(fā)，而信長正在應(yīng)付朝倉和淺井，信長的弟弟、尾張國小木江城主織田信興因城破而自殺。長島一向一揆開始蔓延。元龜元年（1570），已經(jīng)徹底成為信長一生中最為頭疼最為倒霉的一年。

二、佛敵信長

元龜元年（1570）很快就過去了，在這一年里，信長面前似乎怒潮洶涌，勢單力孤的信長奔前跑后，就像正在修補(bǔ)千瘡百孔的堤壩的民工。足利義昭似乎是信長麻煩的最大來源。正是他一手策劃了信長包圍網(wǎng)，征夷大將軍的頭銜在某種程度上還是有用的，但周圍的一群野心家更多的不是看重足利義昭的號召力，畢竟這個(gè)將軍只是一個(gè)窮得只剩下名號的光桿將軍。他們更看重的是控制近畿所帶來的政治意義。就是在這種情況下，信長作為現(xiàn)任的近畿控制者，自然就成了周圍大批野心家獵取的對象，而足利義昭的號召不過正好切合了他們的想法而已。

長島位于木曾川、揖斐川和長良川三條河流的交匯口，這里是本愿寺勢力的核心地帶之一，信徒的勢力遍布尾張國的西南部、美濃國南部和伊勢國北部。長島一向一揆對信長來說是心腹之患，北方的朝倉和淺井并沒有再次決戰(zhàn)的能力和決心，何況在上一輪交鋒中，信長大占便宜，淺井自顧不暇。武田雖然蠢蠢欲動(dòng)，但畢竟還有德川作為屏風(fēng)擋著。三好三人眾則并不能成氣候。只有一向一揆是最麻煩的，早在永祿六年（1563），信長的忠實(shí)盟友德川家康領(lǐng)地里發(fā)生一向一揆，差點(diǎn)把德川打掉了半條命。前車之鑒也使信長對長島一向一揆格外重視，況且這次的長島一向一揆殺死了信長一個(gè)弟弟，伊勢桑名城主瀧川一益也戰(zhàn)敗退走，這使信長更認(rèn)識到一向一揆威力的強(qiáng)大。

元龜二年（1571），淺井的佐和山城守將磯野員昌被羽柴秀吉等人說降，事實(shí)上，佐和山城早已成為孤城一座，橫山城的陷落和元龜元年淺井朝倉聯(lián)軍的妥協(xié)，使佐和山城徹底看不到援軍到來的希望。磯野員昌也被迫做出抉擇。

佐和山城的陷落使信長暫時(shí)不用“照顧”淺井方面的軍隊(duì)。元龜二年（1571）五月，信長發(fā)動(dòng)了征討長島一向一揆的戰(zhàn)爭，氣勢洶洶的信長可以說是傾巢而出，兩萬大軍分兵三路殺向長島。信長本陣位于津島；佐久間信盛、淺井新八、山里三左衛(wèi)門、長谷川丹波、和田新介、中島豐后率軍從中筋口進(jìn)攻；柴田勝家、市橋九郎左衛(wèi)門、氏家卜全、伊賀平左衛(wèi)門、稻葉一鐵、不破光治、丸毛兵庫、本小大膳、飯沼勘平出太田口進(jìn)攻；長島本愿寺派出了最兇悍的雇傭軍--雜賀眾前往應(yīng)戰(zhàn)。雜賀地區(qū)是日本鐵炮流傳的最早地區(qū)之一，雜賀國人眾以擅長運(yùn)用鐵炮聞名，同時(shí)手里還有一隊(duì)數(shù)目頗大的鐵炮軍團(tuán)。這次信長遇見的就是著名的雜賀眾，本愿寺一方面發(fā)揮雜賀眾游擊戰(zhàn)的優(yōu)勢，東打一槍西開一炮，一方面控制住了伊勢灣的制海權(quán)，兩面夾擊，給氣勢洶洶的信長當(dāng)頭一棒。太田口一方以柴田勝家為主將的軍隊(duì)受到沉重打擊，柴田勝家受重傷，美濃三人眾之一的氏家卜全負(fù)責(zé)殿后，不幸陣亡，另有數(shù)名家臣戰(zhàn)死。

這次的失敗是對信長的又一次打擊，由于長島一向一揆，信長失去了一員猛將和一個(gè)弟弟，同時(shí)近畿地區(qū)受到了嚴(yán)重威脅。痛定思痛的信長決定改變策略，先平定南近江一向一揆。八月，信長再次出陣，從南近江的中島砦進(jìn)入佐和山城，九月朔，信長進(jìn)攻一揆勢的志村城，在佐久間信盛、柴田勝家、丹羽長秀和中川八郎右衛(wèi)門四人的瘋狂攻擊下，志村城陷落，殺敵670余人。通向比山的道路被打開，南近江一向一揆基本平定。

比山跟信長是有舊仇的，當(dāng)初信長和朝倉淺井聯(lián)軍激戰(zhàn)的時(shí)候，要求延歷寺支援，延歷寺一口拒絕。同時(shí)，在平定一向一揆的過程中，信長也增加了對佛教徒的厭惡情緒，他認(rèn)為佛教徒就該好好待在廟里吃齋念佛，有事沒事拿刀舞槍地干涉大名的事務(wù)，那就是不老實(shí)的和尚。本愿寺是如此，延歷寺也是如此。