1775年4月，列克星頓的槍聲揭開了美國獨立戰(zhàn)爭的序幕。同年5月，杰斐遜一行來到費城，出席第二屆大陸會議 他和富蘭克林等民主派政治領(lǐng)袖的到會給大陸會議帶來了新的氣象。1776年，他被指定進入一個五人委員會，起草一份宣布獨立的文件。委員會中的富蘭克林、約翰·亞當(dāng)斯等人的政治經(jīng)歷和聲望當(dāng)時遠(yuǎn)在杰斐遜之上，卻一致推舉比他們更為年輕的杰斐遜充當(dāng)執(zhí)筆人。杰斐遜用其如椽之筆，幾乎是一氣呵成地寫出了這個美國歷史上最重要的官方文件 《獨立宣言》，經(jīng)大陸會議討論和修改后，于7月4日被正式批準(zhǔn)?！缎浴肥紫戎赋?/p>

人人生而平等，都被造物主賦予了某些不可讓渡的權(quán)利，其中有生命權(quán)、自由權(quán)和追求幸福的權(quán)利。 如果遇有任何形式的政府損害了這種目的，人民就有權(quán)去改變或廢除它。

這段后來膾炙人口的名言為北美人民提供了反對專制暴政、爭取自由解放的政治理論。接著，《宣言》歷數(shù)了英國在北美犯下的罪行，以說明英王政府已經(jīng)變成了壓迫北美人民的專制政府。《宣言》以雄辯的事實告訴世人：北美脫離英國獨立是理所應(yīng)當(dāng)?shù)?。《宣言》語言雄渾典雅，邏輯雄辯，充分表達了美利堅民族要求獨立自由的愿望和他本人的真實情感，對于號召和動員北美人民同英國殖民者進行斗爭起了巨大作用。

《宣言》的發(fā)表為杰斐遜贏得了國際性的聲譽，但他深深地懂得，寫在紙上的東西必須通過腳踏實地的行動甚至流血犧牲才能夠?qū)崿F(xiàn)。為了推進弗吉尼亞的民主改革，以實現(xiàn)自己的美好社會理想，杰斐遜于1776年10月返回弗吉尼亞議會。

杰斐遜認(rèn)為，法律應(yīng)該在保障公民平等和自由權(quán)利方面發(fā)揮重要作用。為此，他做了大量艱苦而細(xì)致的工作。他促使州議會通過了一項他草擬的法案，廢除了旨在保護封建大地產(chǎn)制的長子繼承法和限定嗣續(xù)法。通過他的大力宣傳和不懈努力，終于通過了禁止奴隸貿(mào)易的法律。此外，他還提出了普及知識、發(fā)展教育事業(yè)等進步的法案，其中一些后來被正式批準(zhǔn)生效。在很長一段時期里，他為在弗吉尼亞通過他制定的《弗吉尼亞宗教自由法案》進行了艱苦的斗爭，以鏟除 精神專制 。杰斐遜認(rèn)為，這是他此時期獨立擬定的最著名的一個法案。該法案的精神后來被載入《聯(lián)邦憲法》的《權(quán)利法案》之中。

在家鄉(xiāng)工作時期，杰斐遜遇到了少年時代的兩位校友詹姆斯·麥迪遜和詹姆斯·門羅，發(fā)現(xiàn)他們不僅才華橫溢，而且政治主張也與自己十分相近，遂在學(xué)識和政治方面盡力幫助提攜他們，并從此結(jié)下了深厚的友誼。

1779年，弗吉尼亞議會選舉他為該州州長。杰斐遜本想利用這一機會進一步落實他的社會改造方案，但由于獨立戰(zhàn)爭打得十分艱苦，使他的許多設(shè)想未能很好實施。這一時期（1779～1781），他主要致力于為大陸軍隊提供后勤保障和保護地方等工作。此時，英軍和美軍叛將阿諾德大舉攻入弗吉尼亞，燒殺劫掠，蒙蒂賽洛也慘遭浩劫。杰斐遜責(zé)任重大，但他沒有軍事指揮的權(quán)力，也不具備這種才能，受到議會的重重牽制。雖然他兢兢業(yè)業(yè)，如履薄冰，但仍受到責(zé)難甚至詆毀，這使他萌生了賦歸之念。州長任期結(jié)束后，他便回到了蒙蒂賽洛私邸。

賦閑期間（1781～1783），杰斐遜讀書、吟詩、會友，管理農(nóng)作，與妻子女兒盡享天倫之樂。這段隱居生活并非全封閉的，其間，他深入考察了弗吉尼亞的自然和人文環(huán)境，撰寫了一部使他在美國文學(xué)史和自然史領(lǐng)域頗負(fù)盛名的著作《弗吉尼亞紀(jì)事》。1785年該書首先在法國出版。該書表面上記述了弗吉尼亞州的資源、宗教、風(fēng)俗習(xí)慣和社會，實際上擴展到整個美洲，并涉及憲法、經(jīng)濟、種族等重大問題，充分體現(xiàn)了杰斐遜的博學(xué)多才和一個偉大的民主主義思想家的胸懷。

這種田園詩般的生活一直持續(xù)到1782年9月6日 這一天妻子瑪莎去世。他悲慟欲絕，十年伉儷情深使他無法忘懷，發(fā)誓永不再娶。他遵守了誓言。睹物思人使他長期郁郁寡歡，只得重回公職。