6月7日，羅振玉據(jù)情上奏溥儀，并代遞了一封遺折，這封遺折在當(dāng)時(shí)掀起了軒然大波，人們對(duì)王國(guó)維的死因眾說(shuō)紛紜。其實(shí)這封遺折是羅振玉感念他與王國(guó)維的友誼，對(duì)于兩人失和之事甚感愧疚，為了彌補(bǔ)自己的歉意，不惜冒著欺君的罪名為他謀求謚法，因此讓他的第四個(gè)兒子模仿王國(guó)維的筆跡作了個(gè)“遺折”。

溥儀看過(guò)“遺折”后大受感動(dòng)，發(fā)出一道上諭，說(shuō)王國(guó)維“孤忠耿耿，深惻朕懷”，于是特“著加恩予謚忠愨”。派貝子溥伒當(dāng)天前往祭奠，賞給陀羅經(jīng)被和兩千銀圓治喪。三個(gè)月前，康有為猝死青島，門生們?cè)蜾邇x申請(qǐng)謚號(hào)“仁忠”，但遭拒絕?？梢?jiàn)溥儀對(duì)王國(guó)維的“殉清”相當(dāng)看重。

王國(guó)維的家人遵照他的遺命，于陰歷五月十七日（公歷6月16日）申刻卜吉營(yíng)葬將靈柩下葬。當(dāng)天下雨，道路非常泥濘。由于正值暑假期間，研究院很多學(xué)生都放假回家了，送葬的只有包括校長(zhǎng)在內(nèi)的幾十人。

墓地選在了清華園往東二里的七間房，在田間高處的麥壟中，深約六七尺，寬三四尺、長(zhǎng)約丈余，以西門汀筑成。棺木放在中間，上面放了一塊石板，用泥土堆起來(lái)，葬禮完全是按照北方的習(xí)俗辦的。墳是由清華的泥水匠做的，上面立了一個(gè)碑，上書宣統(tǒng)皇帝的謚號(hào)“王忠愨公”，墳地四面都種上了樹。

羅振玉又在天津設(shè)“忠愨公”靈位公祭，隨后赴京，參與處理后事，并送上一份在親友中間數(shù)額最高的葬禮銀1000元。

事后，羅振玉主持了王國(guó)維遺著的校理和編輯出版工作，一年內(nèi)，將其已刊和未刊的著作分編四集，以《海寧王忠愨公遺書》為書名出版。

兩年后，清華研究院同仁請(qǐng)陳寅恪為王國(guó)維撰寫碑文。陳為王國(guó)維寫下墓志銘：“先生之著述，或有時(shí)而不章；先生之學(xué)說(shuō)，或有時(shí)而可商，惟此獨(dú)立之精神，自由之思想，歷千萬(wàn)祀與天壤同久，共三光而永光。”

此后，中國(guó)戰(zhàn)禍連綿，國(guó)將不國(guó)，人人自危，一代大師魂魄飄零，伶仃于昆明湖上。然而，到底是什么原因讓一個(gè)正當(dāng)盛年的天才學(xué)者如此決絕地走向不歸路呢？