在回到七十七軍后，曾多次暗中幫助新四軍，如掩護地下黨員、護送黨的干部通過蔣管區(qū)，幫助新四軍李先念部送軍用物資，給新四軍以槍彈、藥品支援；籌款一萬元，派地下黨員項廼光送往李先念部等。

何基灃還曾根據(jù)八路軍、新四軍政治工作經(jīng)驗，寫成改造舊軍隊的萬言書，交給馮治安，馮就此事與張自忠通了氣，把此事“隱”了下來。

何的活動、言論，引起軍內(nèi)一些反共人士的懷疑與攻擊，并引起重慶的關(guān)注。張自忠赴重慶述職，蔣介石曾問及何，張自忠 極力為其辯白。

1939年底由于項迺光被捕叛變，何基灃也因送款給新四軍一事受牽連，以涉嫌私通共軍案將其調(diào)渝審查。張自忠、馮治安對何曾去延安、上萬言書等事都秘而不宣，隱瞞下來，保護了何基灃。所以后來張自忠殉國，遺體運回重慶，正在接受審查的何基灃，不顧國民黨當局的阻攔，趕到北碚，“叩棺痛哭”，誓言要為張總司令報仇殺敵。

抗日戰(zhàn)爭進入相持階段后，國共關(guān)系逐漸惡化，但張自忠與中共仍保持良好關(guān)系，還曾聘請共產(chǎn)黨員張執(zhí)一為集團軍總部參議；會見中共竹溝地委干部劉放，會談合作抗日事項；規(guī)避蔣介石向新四軍開槍的命令，從不與新四軍發(fā)生沖突，始終堅持團結(jié)抗日的立場。一直到他殉國，三十三集團軍始終未向新四軍開過一槍。所以張自忠深受鄂北新四軍官兵的敬仰。他犧牲后，新四軍豫鄂挺進縱隊派代表見一八○師副師長李百年（字樹人）說：“因為張總司令對我們好，如果你們?yōu)閺埧偹玖铋_追悼會，請通知我們，我們一定要來參加?！?/p>