在回到七十七軍后，曾多次暗中幫助新四軍，如掩護(hù)地下黨員、護(hù)送黨的干部通過(guò)蔣管區(qū)，幫助新四軍李先念部送軍用物資，給新四軍以槍彈、藥品支援；籌款一萬(wàn)元，派地下黨員項(xiàng)廼光送往李先念部等。

何基灃還曾根據(jù)八路軍、新四軍政治工作經(jīng)驗(yàn)，寫(xiě)成改造舊軍隊(duì)的萬(wàn)言書(shū)，交給馮治安，馮就此事與張自忠通了氣，把此事“隱”了下來(lái)。

何的活動(dòng)、言論，引起軍內(nèi)一些反共人士的懷疑與攻擊，并引起重慶的關(guān)注。張自忠赴重慶述職，蔣介石曾問(wèn)及何，張自忠 極力為其辯白。

1939年底由于項(xiàng)迺光被捕叛變，何基灃也因送款給新四軍一事受牽連，以涉嫌私通共軍案將其調(diào)渝審查。張自忠、馮治安對(duì)何曾去延安、上萬(wàn)言書(shū)等事都秘而不宣，隱瞞下來(lái)，保護(hù)了何基灃。所以后來(lái)張自忠殉國(guó)，遺體運(yùn)回重慶，正在接受審查的何基灃，不顧國(guó)民黨當(dāng)局的阻攔，趕到北碚，“叩棺痛哭”，誓言要為張總司令報(bào)仇殺敵。

抗日戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)入相持階段后，國(guó)共關(guān)系逐漸惡化，但張自忠與中共仍保持良好關(guān)系，還曾聘請(qǐng)共產(chǎn)黨員張執(zhí)一為集團(tuán)軍總部參議；會(huì)見(jiàn)中共竹溝地委干部劉放，會(huì)談合作抗日事項(xiàng)；規(guī)避蔣介石向新四軍開(kāi)槍的命令，從不與新四軍發(fā)生沖突，始終堅(jiān)持團(tuán)結(jié)抗日的立場(chǎng)。一直到他殉國(guó)，三十三集團(tuán)軍始終未向新四軍開(kāi)過(guò)一槍。所以張自忠深受鄂北新四軍官兵的敬仰。他犧牲后，新四軍豫鄂挺進(jìn)縱隊(duì)派代表見(jiàn)一八○師副師長(zhǎng)李百年（字樹(shù)人）說(shuō)：“因?yàn)閺埧偹玖顚?duì)我們好，如果你們?yōu)閺埧偹玖铋_(kāi)追悼會(huì)，請(qǐng)通知我們，我們一定要來(lái)參加?！?/p>