尤卡坦的瑪雅人被征服的那些年中，260天制的歷法依然被遵循著。圣芳濟(jì)會(huì)的傳教士坐船順著溪流而下，帶著天主教判決儀式和法庭的命令來(lái)到這里。對(duì)于不知道“唯一神圣信仰”（One Holy Faith）的異教徒，他們懷著深深的偏見。迭戈?迪?蘭達(dá)主教（Bishop Diego de Landa）就是這些早期福音主義者之一，他不遺余力地試圖使這些異教徒轉(zhuǎn)變信仰。他的目的是遏制魔鬼崇拜，結(jié)果卻毀滅了本土天才。

1562年迪?蘭達(dá)在瑪尼（Mani）的尤卡坦瑪雅村莊焚書即是這種極端狂熱的行為。成百上千的瑪雅書籍成堆成堆地被付之一炬。今天，已為人知的只有四本書幸存下來(lái)：《德雷斯頓》（Dresden）、《馬德里》（Madrid）、《巴黎》（Paris）和《格羅列爾》（Grolier codices）。尤卡坦本地歷法也同樣遭到了破壞。這樣的行為對(duì)于基督教徒來(lái)說(shuō)并不稀奇。公元391年，羅馬皇帝西奧多修斯（Theodosius）也同樣下令將“異教”寺廟摧毀，包括亞歷山大藝術(shù)博物館和收藏了亞歷山大圖書館大部分書籍的薩拉皮雍（Serapeum）神廟。由于缺乏古瑪雅人知道什么和信仰什么的直接證據(jù)，偏見和誤解不斷加深。直到今天，瑪雅人不懂科學(xué)這樣根深蒂固的偏見在西方宗教界和科學(xué)界都依然廣泛存在，這阻礙了對(duì)于瑪雅文化本身的全面評(píng)估。

有人認(rèn)為迪?蘭達(dá)也部分地彌補(bǔ)了瑪雅文明，因?yàn)樗涗浐捅４媪爽斞艢v的日期和象形文字。強(qiáng)烈的好奇心一度戰(zhàn)勝了他的厭惡，他從不同知情人口中收集了很多信息，試圖解釋瑪雅歷的日名（day-signs），他認(rèn)為這些日名是瑪雅字母體系的拼音字母。盡管迪?蘭達(dá)遠(yuǎn)沒有成功，但他的《尤卡坦風(fēng)物志》（Relaci　n de las Cosas de Yucat　n）保存了瑪雅文字和語(yǔ)言的一些重要方面。300年后，法國(guó)學(xué)者布赫布爾發(fā)現(xiàn)并出版了此書。依靠這本至關(guān)重要的書，早期的瑪雅學(xué)者得以開始重構(gòu)曾經(jīng)失去的知識(shí)，如瑪雅歷的循環(huán)方式，神秘的象形文字體系等。

16世紀(jì)，一場(chǎng)神學(xué)爭(zhēng)論在圣芳濟(jì)會(huì)中風(fēng)行——瑪雅人有靈魂嗎？為什么我們努力把基督教信仰傳遞給沒有靈魂、令人憎惡無(wú)比的異教徒？動(dòng)物可以進(jìn)入天堂嗎？這些是16世紀(jì)中期典型的爭(zhēng)論，表現(xiàn)了盛行的觀點(diǎn)和官方教會(huì)政策的形成過(guò)程。今天，盡管土著人可以擁有精神信仰，人們對(duì)他們的偏見還是根深蒂固。