在民國建立后，段祺瑞繼續(xù)受到袁世凱的重用。盡管當(dāng)時內(nèi)閣總理像走馬燈一樣地更換，但段祺瑞擔(dān)任的陸軍總長卻一直巋然不動。在“二次革命”的時候，段祺瑞還親自代理國務(wù)總理，組織戰(zhàn)時內(nèi)閣并一舉擊敗南方革命黨人。

中國有句古話說得好：“飛鳥盡，良弓藏；狡兔死，走狗烹”，在袁世凱鞏固了自己的勢力后，他發(fā)現(xiàn)段祺瑞在北洋軍中也已經(jīng)自成一派，而且段祺瑞為人剛愎自用，很多事情不向袁世凱請示便自行決定，提拔的軍官也大多是自己的學(xué)生部屬。長此以往，恐有軍權(quán)旁落的危險。

1901年，在段祺瑞的原配夫人去世后，袁世凱為了籠絡(luò)這位干將，將自己視同己出的義女張佩蘅介紹給段祺瑞作續(xù)弦，兩家女眷來往非常密切，袁世凱的子女有時候也叫段祺瑞姐夫。但在民國以后，段祺瑞與“太子”袁克定的關(guān)系一直不和，他對于袁克定試圖插手軍隊的企圖十分反感，而袁克定則利用各種機會在袁世凱的面前詆毀段祺瑞“擅權(quán)”、“圖謀自立”等。時間久了，袁世凱終于起了疑心，后來便設(shè)立了陸海軍大元帥統(tǒng)帥辦事處，委派其侍從武官蔭昌、陸軍總長段祺瑞、海軍總長劉冠雄、海軍司令薩鎮(zhèn)冰、參謀次長陳宦等人為辦事員，并請出王士珍出來主持常務(wù)，一切軍政要務(wù)均需報袁世凱定奪。

段祺瑞也是個聰明人，他知道袁世凱這是在有意削奪自己的兵權(quán)，于是他就干脆找各種借口不參加統(tǒng)帥辦事處的會議，對于陸軍部的事務(wù)也多交給次長徐樹錚處理。有一次，袁世凱將段祺瑞召至總統(tǒng)府查問一件公事，段祺瑞不太清楚，說還要到部里去查一下。袁世凱很生氣，說：“你們部里的呈文都上來了，你還去部里查什么呢？”

原來，段祺瑞根本就沒有處理過這事，而呈文也是次長代他簽名送上去的。由此，袁世凱見人就大發(fā)牢騷：“你看看，我們北洋的人都成了什么樣子！芝泉不到部里去辦公，華甫（馮國璋的字）身為地方大員，每天睡到中午十二點才起床！這像什么樣子！”

在一些重大問題上，袁世凱與段祺瑞也產(chǎn)生了尖銳的矛盾，比如袁世凱對陸軍次長徐樹錚非常反感（此人有才，但人緣極差，比段祺瑞的脾氣還要大），幾次想把他調(diào)走，但段祺瑞一直袒護徐樹錚，并聲稱：“要撤徐樹錚的職也可以，那就將我也一起撤了！”

由于段祺瑞經(jīng)常稱病，袁世凱也就順勢讓他養(yǎng)病休息，改由王士珍代理了陸軍總長一職。袁世凱稱帝前，段祺瑞曾召集心腹徐樹錚、曾毓雋等人，十分悲憤地說：“項城看來真是要做皇帝了，無可救藥??！想當(dāng)年，我領(lǐng)銜諸位將領(lǐng)發(fā)擁護共和之通電，如今我要是擁項城為帝的話，我在國人眼中還算人嗎？試問二十四史，還能找出我這樣的人物嗎？所以無論公與私，我都寧死也不參與帝制，我打算歸隱山林，決不多發(fā)一言。”

不過話說回來，像段祺瑞這等人物，本就是*的開國元勛，倘若按照民國政治的運作，他是完全有機會接袁世凱班的。如今袁世凱要搞“家天下”，斷了段祺瑞等人做國家元首的念想不說，如今還要做袁家特別是那個袁克定的臣屬，這就是降志辱身，令人難以容忍了。不過，段祺瑞畢竟跟了袁世凱這么多年，他當(dāng)時并無反袁之心，不過以消極怠工加以杯葛，而袁世凱還是領(lǐng)著帝制的戰(zhàn)車不斷前沖，最后一哄而散，悔之晚矣。

“開弓沒有回頭箭”，世界上終究沒有后悔藥可吃。在后來取消帝制的當(dāng)天晚上，袁世凱把張一麐找來談話，極其悔恨地說：“我當(dāng)時沒有聽你和范孫（嚴(yán)修的字）的話，現(xiàn)在想來真是又悔又愧?。》秾O跟隨我多年，從來沒有跟我提起過什么官階升遷；你在我的幕府中也有十幾年了，也是從來沒有提過什么個人要求?？梢娔切┑礃s華富貴、功名利祿的人是多么的可貴，這才是真正的國士啊！那些曾經(jīng)推戴我的人，難道他們真的是為國為民嗎？他們今天推戴我為皇帝，明天就可能反對帝制，這種人真是比比皆是哪！總之，我辦事情的時候多，讀書的時候少，這也是咎由自取，怪不得別人?！?/p>

最后，袁世凱沉痛地說：“只是誤我事小，誤國事大，當(dāng)國者不能不引以為戒??！”

李商隱有詩云，“嫦娥應(yīng)悔偷靈藥，碧海青天夜夜心”，蒼天明月，故園秋風(fēng)，想必老袁亦是愧悔自知，然往事不可追，雖悔何益？