從發(fā)展的角度看，這個組織還面臨著以下幾個基本的矛盾。

一、擴容與目標集中的矛盾。

隨著印度、伊朗和巴基斯坦進入該組織，不僅大大擴展了該組織的地理范圍，而且還將該組織帶入了國際“深水區(qū)”，使該組織面臨著更為復雜的國際政治環(huán)境。

比如，印巴關系一直很緊張，雖然近來有緩和的趨勢，但是對于這樣的緩和，是不可寄太高希望的。再比如，伊朗核問題的走向目前還難以把握，存在著失控的可能。這些問題，都將為上海合作組織確立明確的目標帶來困難。這三個國家成為上海合作組織的準成員國，為組織目標的形成和實現(xiàn)，帶來了困難，為該組織的行動能力，帶來了一定限制。例如，在發(fā)生諸如“顏色革命”之類的事件后，上海合作組織如何采取行動，就是很大的問題。

二、穩(wěn)定與變革的矛盾。

上海合作組織十分重視地區(qū)穩(wěn)定。它一再強調(diào)這個原則?？梢哉f，穩(wěn)定已經(jīng)成為該組織成員或準成員政府的共識。目前對穩(wěn)定的強調(diào)，還有著特別的含義。原因是在中亞地區(qū)發(fā)生了“顏色革命”，這場革命有可能進一步?jīng)_擊哈薩克斯坦、塔吉克斯坦和土庫曼斯坦，甚至俄羅斯也被認為有發(fā)生顏色革命的可能性。在顏色革命的沖擊下，普京總統(tǒng)構想的“穩(wěn)定弧”，有可能變成“革命弧”。

中亞的穩(wěn)定符合中國的戰(zhàn)略利益。不過，從面對“顏色革命”事件該組織的表現(xiàn)來看，在強調(diào)穩(wěn)定的同時，還要為應對變革留下政策空間。對穩(wěn)定的追求，不應變成對穩(wěn)定的僵化理解。

應當說，中亞諸國，客觀上都面臨著實實在在的變革的內(nèi)在壓力。蘇聯(lián)解體以來，這些中亞國家，經(jīng)濟體制和政治體制，基本上沒有進行改革。在要求變革的呼聲越來越強烈的情況下，如果只是一味地主張穩(wěn)定，忽視變革，那么，這個組織就有可能在變革出現(xiàn)時，被邊緣化。一個國際組織，需要在穩(wěn)定的目標和變革的目標之間，保持適度的彈性，否則這個組織將不會有活力。由于缺少預見性，也不可能長期生存下去。

三、大國與小國的矛盾。

上海合作組織是總部設在中國的國際組織，也是中國參與創(chuàng)立的國際組織。客觀而言，在這個組織中，中國有條件成為主導國。

目前的跡象顯示，中國與這個組織的關系，越來越與中國和東盟的關系（即10＋3模式）類似。在與東盟的關系上，中國并不謀求對該組織的主導，而是選擇“小球推大球”的方式。由于上海合作組織特定的歷史淵源，中國在其中特殊的身份，短期內(nèi)還不可能按“東盟方式”來運作。但是隨著擴容，隨著印度等的加入，大國主導的局面，有可能出現(xiàn)一定程度的變化。中國有可能借用東盟方式處理同上海合作組織成員國的關系。

推動中國這樣做的原因，是中國追求的基本目標首先不是主導一個國際組織，而是通過這個組織增進雙邊互信，加深與成員國之間的戰(zhàn)略合作，確保成員國不成為中國在解決核心問題時的阻力。這是中國在該組織中的政策底線。這一政策顯然是正確的。但是，在上海合作組織中，小國是否能夠像東盟國家那樣，設定議程？小國是否可以“玩轉”大國？