就在倉央嘉措出生的前一年，西藏歷史上功績最為顯赫的五世達賴喇嘛羅桑嘉措抱憾離世。五世達賴曾借助蒙古和碩特部勢力統(tǒng)一西藏核心地區(qū)，確立了藏傳佛教格魯派在雪域高原的主導(dǎo)地位。 1636 年，駐牧在天山南麓的和碩特部蒙古首領(lǐng)固始汗起兵南下，先后消滅了盤踞在青海與格魯派為敵的卻圖汗部和康區(qū)的白利土司，并隨后進軍西藏，在以五世達賴喇嘛為首的格魯派的支持下，推翻了藏巴汗政權(quán)，建立起和碩特汗王與達賴喇嘛共同領(lǐng)導(dǎo)的管理西藏地方事務(wù)的“甘丹頗章政權(quán)”，格魯派最終取得了在西藏社會一枝獨大的局面。

隨后，為了鞏固局勢，西藏的蒙、藏領(lǐng)袖們積極地向新崛起的清政權(quán)靠攏。1644 年，清軍入關(guān)定都北京，順治皇帝派員入藏迎請達賴入覲。順治九年（1652年）二月，五世達賴及隨從三千人從拉薩動身，清廷派了專員和護軍沿途照料。十二月，五世達賴至京師，順治皇帝在南苑設(shè)宴洗塵，此后不但令親王、郡王依次設(shè)宴款待，還特地修建了黃寺作為達賴留京時的駐錫之所。

達賴在京逗留兩個月，于順治十年（1653年）二月請辭回藏。順治帝準其所請，在太和殿賜宴餞行，又賜鞍馬、金銀、珠寶、緞匹等物，命和碩承澤親王等親率八旗兵丁護送達賴至代噶。是年五月，清帝敕封五世達賴為“西天大善自在佛所領(lǐng)天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”封號，并將頒給他的金冊、金印派專人送往代噶。自此，達賴喇嘛的封號和在西藏的宗教地位，得到了清朝的正式確認，以后歷世達賴都必須經(jīng)過中央政府冊封，遂成了一項制度。

在冊封達賴喇嘛為宗教領(lǐng)袖的同時，清朝冊封西藏實際的政治掌權(quán)人固始汗為“遵行文義敏慧固始汗”，也頒賜了金冊、金印，讓他“作朕屏輔，輯乃封圻”。宗教和政治兩大領(lǐng)袖雙峰并存的格局，也為日后蒙藏集團的權(quán)力爭斗埋下了伏筆。隨著西藏局勢的穩(wěn)定和格魯派地位的鞏固，五世達賴喇嘛對蒙古人總攬西藏行政大權(quán)的現(xiàn)狀日益不滿，利用各種手段對固始汗的權(quán)力進行侵蝕。

五世達賴得到清朝的冊封回西藏后，一面向皇帝上表謝恩，一面憑借清政府的支持，繼續(xù)擴大格魯派寺院集團勢力，強化自己的影響，并在甘丹頗章地方政權(quán)中進行滲透。

實際上，和碩特蒙古人在西藏的統(tǒng)治地位之所以能夠形成，很重要的一個前提是西藏格魯派在政治、軍事上對他們的依賴。藏傳佛教格魯派自15 世紀誕生以來，一直和西藏其他教派進行競爭和斗爭。通過三世達賴索南嘉措以來與俺答汗的聯(lián)盟以及對和碩特蒙古人刀槍的仰仗等，格魯派最終在西藏得到了不可侵犯的神圣地位，而和碩特蒙古人則登上了藏王寶座，兩者似乎都如愿以償。

但是，昔日號令西藏佛教諸宗的噶瑪噶舉派被趕下臺以后，長期不甘心失敗，召聚自己的信徒和施主們一再反抗，把矛頭指向達賴喇嘛與和碩特蒙古汗。同時，臨近的不丹法王兼國王主巴噶舉首領(lǐng)時附時叛，西藏局勢并不穩(wěn)固。在聯(lián)合抗擊內(nèi)外反對勢力的過程中，藏傳佛教格魯派僧侶集團與和碩特蒙古貴族在一個比較長的時期里保持著密切的關(guān)系?！　∪欢?jīng)過和碩特蒙古部固始汗、達延汗和達賴巴圖爾等汗王的經(jīng)營，后藏復(fù)辟勢力完全被擊敗，格魯派在西藏的地位越來越穩(wěn)固。同時，通過打擊和征服域外反對勢力，收復(fù)阿里地區(qū)，西藏呈現(xiàn)出穩(wěn)定的局勢。在這種情況下，對以達賴喇嘛為首的西藏勢力來講，和碩特人似乎已經(jīng)完成了他們的歷史使命，蒙藏統(tǒng)治集團聯(lián)盟日趨瓦解。

1668 年初，固始汗之子達延汗去世后，其六弟達賴巴圖爾行使汗權(quán)。這年5月，當(dāng)時擔(dān)任第巴的丕凌列札木蘇去世。由于汗位空缺，按照汗廷的慣例，第巴之位也空懸了一年。由于第巴是具體負責(zé)行政事務(wù)的，不能不設(shè)，于是1669 年8月，五世達賴喇嘛乘機命其崔本羅卜藏圖多布為第巴，并從此掌握了最高辦事官員“第巴”的任命權(quán)。對此，蒙古達賴汗于1671 年即位后，也只好予以承認。