“第巴”又稱“第司”，原為酋長之意，是當(dāng)時西藏地方政府設(shè)置的管理行政事務(wù)的最高官階。任命第巴之權(quán)的旁落，是汗權(quán)的一大損失。蒙古人雖然控制著衛(wèi)藏地區(qū)的統(tǒng)治權(quán)，可是具體負(fù)責(zé)行政事務(wù)的首席大臣又都是五世達(dá)賴派來的親信，蒙古人的權(quán)力遂受到公開挑戰(zhàn)。

1679 年，五世達(dá)賴?yán)锶蚊约阂皇峙囵B(yǎng)的桑結(jié)嘉措（1653－1705）為第巴。桑結(jié)嘉措是前任第巴丕凌列札木蘇的侄子，8歲時即被送進(jìn)布達(dá)拉宮，在五世達(dá)賴?yán)锷磉呴L大。五世達(dá)賴?yán)镌f，桑結(jié)嘉措“在處理政教二規(guī)事務(wù)方面也與其他第巴有所不同，處事做事與我親自所辦相同”，可見五世達(dá)賴?yán)飳λ男湃?。五世達(dá)賴?yán)镞€把寫有這些內(nèi)容的條例交由“眾護(hù)法神”保管，并把其中的一份掛在樓梯頭上，甚至還在上面按上自己雙手的印記。

桑結(jié)嘉措出任第巴后，憑借五世達(dá)賴的寵信和自身卓越的綜合才能，一面在暗中進(jìn)一步強(qiáng)化了擺脫和碩特蒙古汗王對西藏控制的努力，一面私下同另一股蒙古勢力準(zhǔn)噶爾部的首領(lǐng)噶爾丹建立聯(lián)系，謀圖借助噶爾丹的軍事力量拔除和碩特蒙古在西藏的既有根基。

準(zhǔn)噶爾部與和碩特部同屬衛(wèi)拉特蒙古，原在天山北麓一帶駐牧，后實(shí)力不斷擴(kuò)大，四方攻擊侵?jǐn)_，與清朝為敵。該部首領(lǐng)噶爾丹（1644 －1697）曾于17 世紀(jì)末葉在拉薩學(xué)經(jīng)，與五世達(dá)賴、桑結(jié)嘉措多有聯(lián)系。噶爾丹從康熙二十七年（1688 年）起屢次直接與清朝發(fā)生軍事對抗。清廷曾派人到西藏，敦請五世達(dá)賴派人說服噶爾丹降清。當(dāng)時五世達(dá)賴實(shí)際已經(jīng)圓寂，第巴桑結(jié)嘉措秘不發(fā)喪，假借達(dá)賴名義，表面勸說噶爾丹罷兵歸順，暗中卻挑唆噶爾丹繼續(xù)向蒙古各部襲擾。

康熙二十九年（1690 年），清軍大敗準(zhǔn)噶爾部于烏蘭布通（今赤峰）。身陷絕境的噶爾丹也是借助桑結(jié)嘉措派來軍中的僧人向清軍假意求和，才借機(jī)逃脫了清兵的追擊。

1682 年，時年65 歲的五世達(dá)賴悄然圓寂。當(dāng)此之時，羽翼未豐的西藏地方政府尚處于與鄰近的拉達(dá)克（今克什米爾東南部地區(qū)）的交戰(zhàn)之中，而工程浩繁的布達(dá)拉宮仍未能最后完工。在內(nèi)憂外患的情況下，五世達(dá)賴在西藏地方政權(quán)中的代理人桑結(jié)嘉措為了穩(wěn)定局勢，確保自身已取得的權(quán)勢與地位，對五世達(dá)賴的圓寂秘而不宣，對外謊稱五世達(dá)賴?yán)铩叭攵ā?，除第巴外不見任何人。這樣一來，唯有桑結(jié)嘉措一人能“覲見”達(dá)賴?yán)铮瑒e人不得接近，達(dá)賴?yán)锏摹胺ㄖ肌庇缮＝Y(jié)嘉措傳達(dá)，實(shí)際上等于桑結(jié)嘉措自己掌握了大權(quán)。

根據(jù)史籍記載，為了讓人相信五世達(dá)賴仍舊健在，桑結(jié)嘉措和一干心腹每天照常出入達(dá)賴寢宮，有時在不得不接見某些重要人物時，還會讓年齡和長相與達(dá)賴相像的僧人裝扮成五世達(dá)賴代為接見。期間，第巴還指令重要宗教人物時不時散布五世達(dá)賴?yán)锏南ⅲ源蛳找鏉庵氐奈鞑氐胤秸賳T中的懷疑氣氛。　　就這樣，在五世達(dá)賴?yán)飯A寂后的不利形勢下，桑結(jié)嘉措不僅保住了格魯派的一切既得權(quán)勢，而且變本加厲，和碩特汗權(quán)旁落大半。 不過，另一方面，精明的桑結(jié)嘉措也開始著手尋訪五世達(dá)賴的轉(zhuǎn)世靈童，以備日后政治應(yīng)對之需。倉央嘉措就是在這種情況下，被認(rèn)定為五世達(dá)賴轉(zhuǎn)世靈童，在兩三歲的時候即被秘密保護(hù)起來，直到15 歲時才詔告天下，坐床繼位。