在隱匿五世達(dá)賴?yán)飯A寂的消息敗露后，第巴桑結(jié)嘉措不僅僥幸過關(guān)，而且還順利地把六世達(dá)賴倉央嘉措迎入布達(dá)拉宮坐床。在這一過程中，他不僅沒有喪失以往的權(quán)力，而且得以繼續(xù)控制年輕的新達(dá)賴?yán)?，似乎掌握了更大的?quán)柄。西藏的蒙古和碩特汗廷的統(tǒng)治面臨更加嚴(yán)重的威脅，蒙古汗與第巴的權(quán)力爭斗日趨激烈。這一斗爭在拉藏汗即位后到了白熱化的程度。

同時(shí)，第巴桑結(jié)嘉措對前世達(dá)賴秘喪不報(bào)、長期獨(dú)斷專權(quán)，也激發(fā)了西藏內(nèi)部一些僧俗權(quán)勢人物的不滿。新坐床根基未穩(wěn)的倉央嘉措夾在中間，在這些錯(cuò)綜復(fù)雜的矛盾和爭斗中不免常常無端受到牽連。

倉央嘉措于1697 年被迎入布達(dá)拉宮成為達(dá)賴?yán)铮ㄟ_(dá)賴即蒙古語“海洋”之意）后，對日益尖銳的政治斗爭十分不屑，消極厭倦，“對內(nèi)外各種行為，尊者（倉央嘉措）心如火燎，十分煩躁，并說‘現(xiàn)在似乎不必學(xué)經(jīng)’， 精神渙散，無心學(xué)習(xí)。第司（第巴）和身邊等人雖多次勸告，但無濟(jì)于事”。

作為在宗教意義上至高無上的六世達(dá)賴?yán)?，倉央嘉措雖被第巴桑結(jié)嘉措扶上法王寶座，但實(shí)際權(quán)力仍由第巴桑結(jié)嘉措獨(dú)攬。由于要隨時(shí)充當(dāng)政治斗爭的工具，他無法潛心學(xué)經(jīng)向佛，這也增加了他對現(xiàn)實(shí)的不滿和厭煩。一度，他不但不聽第巴和班禪的教誨，而且還拒絕接受進(jìn)一步的受戒，甚至還聲稱要把原先所受沙彌戒還給他的剃度師父班禪，這就等于公開聲稱自己要還俗。面對這一始料不及的變故，足智多謀的第巴桑結(jié)嘉措也顯得有些無可奈何。

那是1702 年，倉央嘉措好不容易聽從了第巴的勸說，前往后藏扎什倫布寺朝拜四世班禪的靈塔。倉央嘉措的老師、五世班禪想借機(jī)為他授喇嘛序列中比較高級的比丘戒，被倉央嘉措堅(jiān)決拒絕。這位年輕的法王當(dāng)場表示，如果強(qiáng)逼他受戒，他寧愿選擇死。

班禪大師在《五世班禪羅桑益西自傳· 明晰品行月亮》中記載：倉央嘉措“皆不首肯，決然站起身來出去，從日光殿外向我三叩首，說‘違背上師之命，實(shí)在感愧’，把兩句話交替說著而去。當(dāng)時(shí)弄得我束手無策。以后（我）又多次呈書，懇切陳詞，但仍無效驗(yàn)。反而說‘若是不能交回以前所授出家戒及沙彌戒，我將面向扎什倫布寺而自殺。二者當(dāng)中，請擇其一，清楚示知’。休說受比丘戒，就連原先授的出家戒也無法阻擋地拋棄了。最后，以我為首的眾人皆請求其不要換穿俗人服裝，以近事男戒而授比丘戒，再轉(zhuǎn)法輪。但終無效應(yīng)”。    關(guān)于倉央嘉措在20 歲左右時(shí)的種種離經(jīng)叛道的言行，五世班禪在其自傳中的記載非常詳細(xì)。比如有一段寫道：“第司仁波切（指第巴桑結(jié)嘉措）來函稱，對圣尊（指倉央嘉措）之行為一再規(guī)勸，未蒙采納，且言難從，知懷異眾之志。蠢想您若當(dāng)面相勸，可能會(huì)聽。遂再三察告，僅答曰，當(dāng)見上師。問其時(shí)間，卻未明示，故延至今??在當(dāng)月底，遍知一切（指倉央嘉措）也來信講，‘正如給您歷次來信的回復(fù)一樣，我對繼承達(dá)賴法位不感興趣’?！?

五世班禪寫道：“??請他（倉央嘉措）盡可能多住些日子，為我們傳經(jīng)作法，但均不應(yīng)允。圣尊在此仍舊我行我素，對此我不僅盡力規(guī)勸，以第司（即第巴）為首的達(dá)賴母親、三大寺的代表也給以苦心勸說。這正如我先前祈求的那樣——請像以往一切解脫之遍知大德一樣，對所有能教化之眾生，不要拋棄慈悲之心，請轉(zhuǎn)動(dòng)神圣法輪。雖如此三揖三拜祈求，但未聽從?！?

“甚至說以前授過的出家和沙彌戒如果不能收回，就面向扎寺自殺。這一切令我無所適從，難以作出選擇。第司仁波切、三大寺的軌范師及總管等人來幫助規(guī)勸，然而無論他們是一起進(jìn)諫，還是個(gè)別勸導(dǎo)，其結(jié)果愈來愈糟。遍知的種種言行，以及讓人必須作出抉擇的命令，這一切不要說回心轉(zhuǎn)意，連曾接受的剃度出家也難以維持??我把一切情況向第司仁波切作了詳細(xì)匯報(bào)，遍知在日喀則住了一十七天便回去了?！?

當(dāng)時(shí)去扎什倫布寺的哲蚌寺代表果芒札倉的堪布阿旺尊珠一世（喇嘛廟的各個(gè)部門叫“札倉”，各札倉的住持叫“堪布”），在自己的傳記中也記載說，他曾對圣尊三拜，懇切地勸道：“您是雪域眾生唯一的皈依處，不要這樣下去了”，但是 “由于徒眾無福分，（他）也未聽勸告”。