第巴桑結(jié)嘉措利用五世達(dá)賴?yán)锏膱A寂，秘而不宣，集西藏政教大權(quán)于一身，隨后又通過(guò)扶立倉(cāng)央嘉措和拉攏麻痹新即位的蒙古汗王，企圖鞏固既得權(quán)勢(shì)。但是，一方面?zhèn)}央嘉措拒不合作，另一方面拉藏汗又野心勃勃且技高一籌，最終謀敗身亡。在這一過(guò)程中，在世俗爭(zhēng)斗漩渦中一時(shí)因?yàn)閰捑攵菜瞥撩跃粕膫}(cāng)央嘉措，似乎與老謀深算的拉藏汗走得更近一些。

對(duì)于他的放蕩行為，第巴桑結(jié)嘉措自然是嚴(yán)加勸誡，而拉藏汗則一方面縱容姑息，陪他放槍射箭，騙取信任，另一方面又暗中告密，詆毀其六世達(dá)賴轉(zhuǎn)世靈童的身份，指責(zé)其為“假達(dá)賴”并將矛頭直指?jìng)}央嘉措背后的第巴。

殺死第巴以后，拉藏汗迫切需要得到清廷的認(rèn)可和支持，所以他在第一時(shí)間即向清廷陳奏事變緣由，懇請(qǐng)?jiān)诖文昶咴鲁跻蝗绽_蒙藏僧俗大會(huì)時(shí)，康熙皇帝能夠頒下良旨，對(duì)他表示支持和保護(hù)。在綜合考慮西藏局勢(shì)后，清廷站在了拉藏汗一邊。康熙四十五年十二月（1707年初），早就對(duì)第巴操縱西藏實(shí)權(quán)感到不滿的清廷封其為“翊法恭順汗”。

在取得權(quán)力斗爭(zhēng)的勝利之后，拉藏汗所做的另外一件事情，就是立即拋棄了昔日密切相處的倉(cāng)央嘉措。1706年，在清廷的默許下，拉藏汗宣布廢黜倉(cāng)央嘉措六世達(dá)賴?yán)锏纳矸?，并于次年拉攏新任第巴隆索，新立他一手培養(yǎng)的阿旺益西嘉措為“六世達(dá)賴?yán)铩?。這樣，拉藏汗在已經(jīng)控制了西藏地方政府政權(quán)的情況下，還試圖通過(guò)自己控制的新達(dá)賴，達(dá)到其集政教大權(quán)于一身的目的。

然而，拉藏汗暫時(shí)的勝利并未給他帶來(lái)絕對(duì)的權(quán)威，匆匆新立為“六世達(dá)賴?yán)铩钡囊嫖骷未敫鞘艿搅宋鞑厣椎牡种啤Ｒ嫖骷未腚m住布達(dá)拉宮達(dá)11 年之久，但西藏人從未認(rèn)可他是真達(dá)賴。蒙古汗王與西藏上層貴族的矛盾，也并未就此終結(jié)。拉藏汗面臨的，實(shí)際上是一個(gè)更加復(fù)雜兇險(xiǎn)的局面。

也正是因?yàn)閷?duì)所面臨的危險(xiǎn)的察覺(jué)，拉藏汗在處理倉(cāng)央嘉措善后問(wèn)題上矛盾重重。一方面，他希望把倉(cāng)央嘉措控制在自己手里，所以一開(kāi)始拒絕了康熙皇帝要求將倉(cāng)央嘉措押解到京的命令。可是后來(lái)，他又不得不主動(dòng)把倉(cāng)央嘉措送往北京，希望把這塊燙手的山芋交到康熙皇帝手里。然而此時(shí)，康熙皇帝也改變了主意，不愿意沾惹這一棘手的難題。

在對(duì)退位后的倉(cāng)央嘉措的處理上，雖然拉藏汗和康熙皇帝各懷心事，但由于倉(cāng)央嘉措的六世達(dá)賴身份業(yè)已根深蒂固深入人心，誰(shuí)也不敢輕易起殺害之心，以免激化矛盾招致災(zāi)難。而這一心態(tài)，也為后來(lái)倉(cāng)央嘉措所謂“病死青海湖”的官方結(jié)論埋下了伏筆——因?yàn)檫@樣一個(gè)結(jié)局，是官方最希望看到的。

由于拉藏汗自行所立的益西嘉措得不到格魯派寺院集團(tuán)上層當(dāng)權(quán)者的認(rèn)可，西藏的局勢(shì)人心浮動(dòng)，康熙皇帝認(rèn)為這是削弱拉藏汗的地位、強(qiáng)化中央政府對(duì)西藏直接統(tǒng)治的一個(gè)機(jī)會(huì)。于是，在欽派侍郎赫壽進(jìn)藏協(xié)同拉藏汗辦理藏務(wù)后，他又在康熙五十二年（1713年），正式冊(cè)封五世班禪羅桑益西為“班禪額爾德尼”（滿語(yǔ)尊稱，“珍寶”之意），同樣頒賜了金冊(cè)、金印和諭旨，以期在格魯派與蒙古汗王之間取得新的政治平衡。此后，歷世班禪額爾德尼的轉(zhuǎn)世繼位，都必須經(jīng)過(guò)中央政府的冊(cè)封和批準(zhǔn)。而班禪也從此取得了和達(dá)賴幾乎同等的宗教地位。

康熙四十九年（1710年），拉薩三大寺喇嘛和青海蒙古首領(lǐng)察罕丹津等人根據(jù)倉(cāng)央嘉措在詩(shī)作中的暗示，從康區(qū)理塘尋訪到倉(cāng)央嘉措的轉(zhuǎn)世靈童格桑嘉措?？滴跷迨迥辏?716年），格桑嘉措被送往塔爾寺出家受戒。此時(shí)倉(cāng)央嘉措已經(jīng)退位，拉藏汗所立的益西嘉措得不到西藏僧俗的認(rèn)可，所以清廷對(duì)倉(cāng)央嘉措的轉(zhuǎn)世靈童格桑嘉措采取了默認(rèn)的策略。

康熙五十六年（1717年）秋天，在噶爾丹兵敗自殺20 年后，其侄兒策妄阿喇布坦東山再起，打著“拯救黃教”和為桑結(jié)嘉措報(bào)仇的旗號(hào)，向西藏大舉進(jìn)犯，并于年底攻占拉薩，擒殺拉藏汗，囚禁并廢黜了拉藏汗所立的從未獲得廣泛承認(rèn)的六世達(dá)賴益西嘉措。至此，蒙古和碩特部從固始汗起在西藏近80 年的統(tǒng)治宣告結(jié)束。蒙古青海派勢(shì)力聯(lián)合西藏桑結(jié)嘉措集團(tuán)的殘余勢(shì)力執(zhí)殺拉藏汗后，清朝中央政府承認(rèn)格桑嘉措為倉(cāng)央嘉措轉(zhuǎn)世化身。

康熙五十七年和五十九年，清廷兩次出兵征討準(zhǔn)噶爾。期間，原屬拉藏汗舊部的康濟(jì)鼐、頗羅鼐等也組織后藏地區(qū)軍民配合清軍行動(dòng)。在清軍與西藏地方武裝的夾攻下，康熙五十九年（1720年）八月，準(zhǔn)噶爾軍被驅(qū)除出藏。不過(guò)，為了穩(wěn)定局面，平衡各方勢(shì)力，青海派所立的倉(cāng)央嘉措的轉(zhuǎn)世靈童格桑嘉措繼續(xù)獲得承認(rèn)，并被清廷派兵從青海護(hù)送返回西藏坐床。

雖然康熙皇帝曾正式下詔敕封格桑嘉措為“弘法覺(jué)眾第六輩達(dá)賴?yán)铩?，但因?yàn)閭}(cāng)央嘉措為六世達(dá)賴?yán)锏挠^念在西藏僧俗兩界根深蒂固，到了乾隆四十八年（1783 年），乾隆皇帝敕封格桑嘉措的轉(zhuǎn)世靈童強(qiáng)白嘉措時(shí)，就通過(guò)認(rèn)定強(qiáng)白嘉措為“八世達(dá)賴”的方式，默認(rèn)了格桑嘉措為七世達(dá)賴、倉(cāng)央嘉措為六世達(dá)賴的事實(shí)。

在驅(qū)逐蒙古準(zhǔn)噶爾軍、結(jié)束“以蒙治藏”的歷史之后，西藏地方政府中獨(dú)攬大權(quán)的第巴一職亦遭廢止，改由新設(shè)置的眾噶倫共同處理西藏政務(wù)。18世紀(jì)中葉以后，西藏建立噶廈政權(quán)，逐步確立了延續(xù)到上個(gè)世紀(jì)中葉的政教合一的體制。