關(guān)于倉(cāng)央嘉措一度流連酒肆、行為放蕩的風(fēng)流韻事，后世研究者歷來多有爭(zhēng)議，但如果僅僅據(jù)此就把倉(cāng)央嘉措在其他方面尤其是他后半生在文化發(fā)展和宗教弘揚(yáng)方面的巨大功績(jī)一筆抹殺，那是非常不公平的，也是不符合歷史事實(shí)的。倉(cāng)央嘉措出生的門隅地區(qū)向來以信仰寧瑪派即紅教為主。這一教派相當(dāng)于最原本的藏傳佛教，其僧人相信，佛祖從來沒有限制過你做這做那，佛祖教人的就是解脫，而解脫的道路不止一條，要看個(gè)人的緣法。比如，有人在寺廟附近吹奏樂器，有人說清修之地怎能有俗聲，但也有人認(rèn)為入世才能更好地出世，所以這種音樂反而是更好的“修習(xí)工具”。

寧瑪派不重戒律，強(qiáng)調(diào)現(xiàn)世成佛，自我速成，自己修身得道。而后來的達(dá)賴、班禪所屬的格魯派強(qiáng)調(diào)漸進(jìn)漸悟，強(qiáng)調(diào)要經(jīng)過累世的修行和積累，所以，強(qiáng)化僧團(tuán)組織才有可能興盛并政教合一。寧瑪派的喇嘛甚至可以結(jié)婚。格魯派的僧人雖然不能結(jié)婚，但一般來說，出家的喇嘛也不會(huì)看不起在家的喇嘛。

有人甚至認(rèn)為，倉(cāng)央嘉措的骨子里更多的是寧瑪派的傳承。有專家引述《隆多喇嘛全集》和《秘傳》（指《倉(cāng)央嘉措傳》）的記載，說他是宗教世家、寧瑪派傳承。比如，《秘傳》不僅提到倉(cāng)央嘉措的寧瑪世系，還具體說到他研習(xí)寧瑪經(jīng)典的情況：“總之，凡一切藏土所有的教派如薩迦、格魯、寧瑪?shù)龋淠芩熘囗斠约澳芙饷撝畟魇?、?jīng)教、密咒，等等，無論顯密，不分流派，全都加以聞習(xí)。”

著名藏學(xué)家于乃昌先生認(rèn)為，根據(jù)史料所記，五世達(dá)賴本人也奉行紅教密法，并有論述紅教傳統(tǒng)的著作傳世。五世達(dá)賴對(duì)桑結(jié)嘉措有一定的影響，而第巴桑結(jié)嘉措是五世達(dá)賴傳統(tǒng)的堅(jiān)定的維護(hù)者，也是選擇六世達(dá)賴的決定性人物。鑒于他的思想傾向，“他在紅教世家中選定信仰紅教的倉(cāng)央嘉措為新達(dá)賴是不足奇怪的”。

德國(guó)人H. 霍夫曼所寫《西藏的宗教》引述大衛(wèi)· 德尼爾的論證也說：“倉(cāng)央嘉措很顯然是被傳授了一些密法，這允許他甚至是鼓勵(lì)他過一種在我們看來是放蕩的生活。這種生活對(duì)一個(gè)不學(xué)密法的人說來的確意味著放蕩。”

作者還舉出在清朝檔案中有一份準(zhǔn)噶爾王子旺拉布登（即策妄阿喇布坦）給康熙的信件。這封信責(zé)難六世達(dá)賴和桑結(jié)嘉措支持寧瑪教派。信中還控告這位年輕的達(dá)賴不僅在拉薩木魯寺，甚至還在布達(dá)拉宮的那個(gè)扎倉(cāng)舉行紅教儀式，在大昭寺寺內(nèi)褻瀆覺臥佛，在上述兩個(gè)圣地內(nèi)樹立佛像作為射箭和穿刺的靶子。據(jù)說準(zhǔn)噶爾王的使者曾經(jīng)親眼見到上述情形。

關(guān)于策妄阿喇布坦上書清廷，對(duì)第巴桑結(jié)嘉措和倉(cāng)央嘉措的指責(zé)，在《清圣祖實(shí)錄》和魏源的《圣武記》中均有記載?！妒ノ溆洝肪砦逵涊d：“策妄疏曰：??（五世）達(dá)賴圓寂之后，第巴匿之不宣??而自尊其身，別奉紅教喇嘛謂即達(dá)賴化身，詐傳法旨，擾亂諸部?！?

無論如何，倉(cāng)央嘉措名義上是藏傳佛教格魯派的最高領(lǐng)袖，也是全藏的法王。格魯派是藏傳佛教諸派中形成最晚但戒律最嚴(yán)的一個(gè)教派，“格魯”在藏語(yǔ)里的意思即是“戒律精嚴(yán)”。不過，作為大乘佛教，格魯派盡管有戒律，但也認(rèn)為為了眾生的根本目的，可以變通采取各種方法，包括為了懲惡揚(yáng)善的殺戮等，認(rèn)為教化和榜樣引導(dǎo)不是唯一手段。

在佛教界，一直以來都有一種意見，認(rèn)為戒律只對(duì)小乘教徒有約束，而大乘教徒要從輪回中解救靈魂，應(yīng)該享有權(quán)巧方便，有更靈活的方式。所以，很多人  認(rèn)為，戒律的本質(zhì)是為了斷除惡念，而不是為了持戒而持戒。真正的戒律在人心，目標(biāo)比形式更加重要，戒律從來不是死板的教條。