蔡元培認(rèn)為人才難得，擇才要從大處著眼，“對于教員，以學(xué)詣為主”。正像前述對待陳獨(dú)秀一樣，對于個別私行失檢的人，只要不荒廢功課和“不誘學(xué)生而與之墮落”，也不求全責(zé)備，但對于那些不學(xué)無術(shù)、德行又差者，則決不姑息遷就，不論資歷不論中外，一律辭退。1919年前后，北大就解聘了好幾個學(xué)問雖高而生活糜爛的教授，如當(dāng)時北大有一品行不端的自號為“深艷團(tuán)”團(tuán)長的年輕英文教員徐佩銑，就被解聘掉了。另一些由外國使館介紹過來的不稱職的教員，也被蔡元培解聘。個別英藉教員胡攪蠻纏，先是要求續(xù)聘，被拒絕，繼而又想敲詐兩年薪俸，仍被拒絕，最后動用英國公使朱爾典威脅蔡元培：“我看你蔡元培還能做幾天校長？”蔡元培一笑置之。另一法國教員竟要和蔡元培對薄公堂，蔡請王寵惠出庭，大獲全勝，于是洋人不得不口服心服。

蔡元培的兼容并包思想更重要地還體現(xiàn)在對待各種學(xué)術(shù)文化思想方面，即思想自由、學(xué)術(shù)自由，這是他兼容并包主義的支柱和核心。正是有了這一點(diǎn)，囊括大典和網(wǎng)羅眾家才有了實(shí)際的內(nèi)容。他認(rèn)為，學(xué)術(shù)上的各種派別，都是相對的，不是絕對的。所以每一種學(xué)科的教員，即使主張不同，只要言之成理，持之有故，就應(yīng)該讓他們存在，使學(xué)生有選擇余地。“一己之學(xué)說，不得束縛他人；而他人之學(xué)說，亦不束縛一己。誠如是，則科學(xué)、社會學(xué)等，將均任吾人自由討論矣。”他非常欣賞古人所說的“萬物并育而不相害，道并行而不相?！边@兩句話，主張對于教師，“茍其確有所見，而言之成理，則雖在一校之中，兩相反對之學(xué)說，不妨同時并行”，“此大學(xué)之所以為大也”。他在后來追憶在北京大學(xué)的經(jīng)歷時還說：“我對于各家學(xué)說，依各國大學(xué)通例，循思想自由原則，兼容并包。無論何種學(xué)派，茍其言之成理，持之有故，尚不達(dá)自然淘汰之命運(yùn)，即使彼此相反，也聽它們自由發(fā)展?！?

兼容并包，不是隨便說出并可以做到的，它反映了一種氣度、一種胸懷，需要一往無前的勇氣和必勝的信念。在新舊勢力激烈交鋒的當(dāng)時來說，更反映了推行者對新文化的一種堅(jiān)定的自信。

在政治舞臺上摸爬滾打過多年的蔡元培，深知政治和學(xué)術(shù)的關(guān)系，因而能夠把政治和學(xué)術(shù)分得很開。他知道學(xué)術(shù)不同于政治，其興衰變遷，不能簡單對待，知道海納百川、有容乃大的道理，因而對于各種學(xué)術(shù)思想、主張之存亡消長，保持一種超然的態(tài)度。這種超然是一種大度，但決不是騎墻或和稀泥。蔡元培自己的學(xué)術(shù)觀點(diǎn)鮮明，支持新文化運(yùn)動的觀點(diǎn)亦很鮮明，但作為一校之長，他沒有簡單地對待他所不贊成的東西，而是讓它們在與新事物的競爭中自然淘汰。這種辦法，比對不同觀點(diǎn)采取簡單批判、打倒的辦法高明了許多。思想文化上的東西，并不是說打倒就打倒的，有的是打而不倒；或者一時打倒了，不久又活過來。簡單打倒的毛病還有一點(diǎn)，就是對于舊事物合理的東西一時不易發(fā)現(xiàn)和繼承下來，就像倒洗澡水把孩子和臟水一并倒掉一樣，而新思想不能在與舊思想斗爭過程中得到鍛煉，發(fā)現(xiàn)問題。簡單對待某種思想的做法，是基于一種對其他人不信任的心理，以個人或幾個人的價值判斷，代替其他人的選擇，因而毛病甚多。

蔡元培的兼容并包思想，也使一些舊派教員折服。五四運(yùn)動爆發(fā)后，蔡元培被迫辭職，當(dāng)局欲找一些北大的舊派作些落井下石的文章，而向來大罵新派的黃侃卻站在了挽留蔡元培的行列。他對人說：“余與蔡孑民志不同，道不合；然蔡去余亦決不愿留。因環(huán)顧中國，除蔡孑民外，亦無能用余之人?！秉S老先生也應(yīng)算蔡元培的知音。